严嵩专政时，北有俺达汗的战争威胁，东南沿海又有倭寇的骚扰。明朝中叶，蒙古瓦剌部衰落，鞑靼部乘势兴起，鞑靼达延汗统一了蒙古各部。嘉靖二十三年（1544年）达延汗死，其孙俺达汗势力独盛。在这一时期内，蒙古各部曾屡次侵入内地，嘉靖二十九年（1550年），俺达率军长驱直入北京城下，明朝拜严嵩党羽大同总兵仇鸾为大将军，仇鸾“愞懦不敢战”，率兵逡巡敌后，听鞑靼所至焚掠。嘉靖时，鞑靼曾三次逼京师，给明朝造成严重的威胁。严嵩义子赵文华奉令督视海防，倾陷御倭督臣张经，于御倭终无实着。
在明朝内部，官僚贪污成风，勋贵官绅兼并土地有加无已。严嵩在北京附近有庄田一百五十余所，又“广置良田美宅于南京、扬州无虑数十所” ，至于他原籍袁州一府四县之田，7/10都被其家侵占 。此外如徐阶在松江占田达6万亩 ，江西安远叶楷占田18万 。由于贪污的盛行和庞大的军费支出，造成明朝财政的困难，政府“每年所入二百万之额，不能充所出之半”。嘉靖三十年（1551年），明朝政府于南畿、浙江等州县增赋120万，叫做“加派”。嘉靖三十六年（1557年）又在江南等地增役银40万，叫做“提编”。以后又出现了箕敛、派括、算税契、折民壮等等加派的名目 。官绅地主有特权免赋免役，贫苦农民的生活更加痛苦，小规模的农民起义在各地不断爆发。
内阁的纷争直到穆宗隆庆时仍在继续进行。当时内阁大学士高拱结党排斥了徐阶，以后徐阶的门生张居正又于穆宗病危时与司礼监太监冯保相结，取高拱而代之。
张居正（1525—1582年），字叔大，湖北江陵人，于穆宗隆庆元年（1567年）入阁，神宗万历元年（1573年）出任首辅，他在当时明朝统治集团中是一个比较有才干的人。为了缓和阶级矛盾，挽救明朝统治的危机，张居正从军事、政治、经济各方面进行了一些整顿，特别是着重于经济的改革，企图扭转嘉、隆以来政治腐败、边防松弛和民穷财竭的局面。
隆庆五年（1571年），明朝政府在兵部尚书王崇古的建议下，奉行了与蒙古俺达汗之间的封贡互市政策，明蒙关系缓解，史称“俺答封贡”。这件事是在明穆宗和内阁大学士张居正的支持下进行的。张居正认为这样做不仅能使北方的农业生产暂免于战争的破坏，更可以借此兴修屯田，加强边备。同时他命戚继光守蓟门，李成梁镇辽东，又在东起山海关，西至居庸关的长城上加修了“敌台”三千余座 。从此北方的边防更加巩固，在二三十年中，明朝和鞑靼没有发生过大战争。
在内政方面，张居正裁撤了政治机构中的冗官冗员，整顿了邮传和铨政。“尊主权，课吏职，行赏罚，一号令”和“强公室，杜私门”是他的为政方针 。他反对因循苟且，奖励官吏的“急公进取”，他更希望统治集团内部的行动能够取得一致，以加强专制皇权的统治。
张居正的成就最突出是在经济方面。他曾任用著名水利学家潘季驯督修黄河，当时黄河常年泛滥，漕运破坏，农田也大量被淹没。潘季驯筑堤塞决，使黄河不再南流入淮，于是“田庐皆尽已出，数十年弃地转为耕桑” ，而漕船也可直达北京，在水利上收到一定的功效。他还任用户部尚书张学颜整顿财政。张学颜“撰会计录以勾稽出纳，又奏列清文（应作丈）条例” ，在丈量土地和从事赋役改革的过程中，以他出力最多。
丈量土地和赋役改革是张居正颁行的重要的经济政策。张居正看到当时土地兼并和赋役负担的不平均会给明朝统治带来危险，他指出：“夫民之亡且乱者，咸以贪吏剥下而上不加恤，豪强兼并而民贫失所故也。”又指出：“私家日富，公室日贫，国匮民穷，病实在此。” 为了解决这个症结性的问题，他不顾豪强地主和勋戚的反对，于万历六年（1578年）下令清丈全国的土地，包括勋戚的庄田和军屯地在内。这次丈量正如他所说的，“在小民实被其惠，而于官豪之家殊为未便” 。经过多年的努力，完成了土地丈量的工作，共丈出土地七百余万顷，一部分被勋戚豪强和军官隐没的庄田、屯田也被清丈出来。尽管这一田亩数额由于各地官吏都改用小弓丈量，有一定的夸张，但毕竟有计划地清出了大批土地，使一些豪强地主多少受到了抑制。
神宗万历九年（1581年），张居正又在丈量土地的基础上，把嘉靖初年已在福建、江浙等地施行的一条鞭法，推广在全国范围内实施。实施一条鞭法的目的是为了均平赋役，它的主要内容是把原来按照户、丁派役的办法改为按照丁、粮派役，或丁六粮四，或粮六丁四，或丁粮各半，然后再与夏秋两税和其他杂税合编为一条，无论税粮、差役一律改为征银，差役俱由政府用银雇人充当 。一条鞭法规定按照丁、粮派役，即是把一部分差役逐渐转入地亩之中，使一部分无地或少地的农民，多少减轻一些丁役的负担。它又规定要把赋税和差役合编为一，这就简化了赋役的名目和征收的手续，使官吏不易与豪强地主通同作弊，以致对农民任意勒索。这些对于贫苦的农民都是有些好处的。一条鞭又规定让农民交纳代役银，然后由政府再用银雇役，这种折银制度的确立和从此被稳定下来，不仅在客观上促进了明中叶后商品货币经济的继续发展，也说明农民对封建国家的人身依附关系比以前又有一定的松弛了。
在明穆宗隆庆后期至神宗万历初期前后约20年中，社会矛盾暂时缓和了，社会经济又有了相对的恢复和发展。史载明朝政府太仓的藏粟曾达到一千三百余万石 ，国库积银也有六七百万两之多，因而使明朝政府财政支绌的情况也有所改变。
明朝中叶，农业和手工业的生产水平都超过了前代。在农业方面，犁、锄、杈、镰、水车等主要工具已十分完备。铁工具的数量增加了，质量也有了提高，并且有更普遍的推广。从《农政全书》的记载看，当时的农业生产技术，不论在耕耘、选种、灌溉、施肥、园艺各方面都积累了丰富的经验。福建、浙江等地有了早晚稻兼作的双季稻，在岭南有三季稻，北方直隶地区开垦了更多的水稻田。当时南方一般水稻亩产量到两石或三石，有些地区到五六石。在北方，山东、河北和陕西的关中等地，麦、豆、或谷子或黍或稷的二年三熟制已相当普遍。从美洲引入的番薯和玉蜀黍等高产的作物在此时也开始种植了，如番薯即盛植于江浙、福建等地，这对农作物生产的发展具有重大的意义。在明代，河北、山东、河南、两淮之间已普遍种植棉花，而松江更是“官民军皂垦田凡二百万亩，大半植棉，当不止百万亩” 。烟草在明中叶后从吕宋传入，很快便推广到福建、广东以及长江流域等地，到了明末，“北土亦多种之，一亩之收，可以敌田十亩，乃至无人不用” 。蚕桑业除太湖地区比以前更加发达外，浙江杭、嘉、湖三府也得到发展，其中湖州最盛。江南、闽、广地区的甘蔗、蓝靛、杉漆以及各种油料作物的产量也都有相应的提高。农业经济作物种植面积的日益扩大，不仅使一些荒废的土地充分被利用，而且更直接为手工业生产提供了原料。
在手工业方面，冶铁、铸铁和制瓷业都有了一定的发展。当时全国产铁的地区共达一百余处，在河北遵化、山西阳城、广东佛山、福建尤溪等地已出现了规模较大的冶铁、铸铁业。铁炉用盐泥砌成，大部分已用煤炭为原料。遵化的铁炉深一丈二尺，每炉可熔矿砂两千多斤。景德镇官窑的制瓷业，有58座，而民窑已超过了900座，民窑所烧造的薄胎纯白器、青花以及各种颜色釉等都能与官窑媲美，甚至还超过官窑的水平 。
突出地反映了手工业生产水平和卓越技巧的是当时最发达的丝织业和棉纺织业。在明代，“花楼机”的构造比过去更为复杂。弘治时，福建的机匠已改用了新式的织机，叫做“改机”。万历时，嘉兴濮院镇的机匠也把原有的土机改为新式的“纱绸机”。在明末苏州的市场上，作为商品贩卖的织机就有绫、绢、纱、罗、绸、布六种之多，织出的成品更是巧变百出，花色日新 。
棉纺织业的生产工具比以前也大有改进，出现了脚踏纺车和装脚的搅车。元朝的弹弓用竹弓绳弦，到这时已改为以木为弓，以腊丝为弦。元朝的纺车容三 ，这时已有容四 、五 的纺车。搅车的式样很多，专供轧花去子之用，元朝一般用两人，这时改用一人，其生产量可当三人，句容式的搅车和太仓式的搅车一人可当四人。在明代，棉纺织业已成为普遍的家庭副业，也是当时产量最多销路最广阔的手工业。棉纺织业的发展对经济生活具有重大的影响。尽管棉纺织业的产品主要还是由农民一家一户一手一足的进行操作，但是涓滴成泉，仅在松江一地每人每天可织一匹，积聚起来，就能够“日出万匹”。所以明朝人有“买不尽松江布，收不尽魏塘（在嘉善县）纱”之谣。
明朝中叶，男耕女织仍是社会分工的基本形式。所以《天工开物》说农家“十室之内，必有一机”，在棉织业最称发达的松江，也是“以织助耕”。另一方面，随着社会生产力的提高，手工业脱离农业独立发展的趋势比以前更加显著了。
在江南的某些城镇里，如嘉兴的王江泾镇，“多织绸收丝缟之利，居民可七千余家，不务耕绩” 。濮院镇人“以机为田、以棱为耒” ，而吴江的盛泽、黄溪的居民更是“尽逐绫绸之利，有力者雇人织挽，贫者皆自织，而令其童稚挽花，女工不事纺绩而日夕治丝” 。这说明以织绢为生的机户已愈来愈多，他们有的人已完全从农业中分离出来。棉纺织业的情况也是一样，在松江城郊，有些农民已把织布作为自己的专业。在这里有以织布为业的机户，有专门从事棉花加工的轧花业与弹花业，有专门从事棉花加工的浆染业和踹布业，还有棉布再制品的行业如制袜业等等。
另外有些地区的农民，不少人专门从事农业经济作物的生产，以供应手工业的需要。如湖州的农民大多植桑养蚕。在这里“尺寸之堤，亦树之桑”，“湖丝虽遍天下，而湖民身无一缕” 。山东、河南一带的农田沃壤，也是“半植木棉，乃棉花尽归商贩，民间衣物，率从贸易” ，这些地区的农民也不完全是男耕女织、自给自足的形态。
在这种情况下，原料产地和手工业地区的地域分工已日益明显。夙以丝织业发达著称的苏州和福州，所用的蚕丝主要仰仗湖州。松江棉织业的原料虽然也用本地种植的棉花，但本地所产不足所需，大多数都由山东、河南运来，“北土广树艺而昧于织，南土精织纴而寡于艺，故棉则方舟而鬻于南，布则方舟而鬻于北” 。于是棉花和棉布、蚕丝和织绢都相互成为商品，并形成了商品交换的市场。
在当时，从农业中分离出来的劳动力只有极少人从事手工业，但是从事手工业的人口比以前确实是增加了。除去大量从事个体经营的手工业者如铁匠、木匠、染匠、鞋匠、铜匠、银匠、织匠、窑匠、石匠、铸匠、弹花匠等等“百工杂作”之外，还出现了更多的雇工。如万历时期，分散在苏州“机坊”和“染坊”里的织工和染工就各有数千人。景德镇的制瓷业的佣工，“皆聚四方无籍之徒，每日不下数万人” 。石塘镇的造纸业，“纸厂槽户不下三十余槽，各槽帮工不下一二千（应作十）人” 。至于在各地矿厂内工作的矿工，随着民营矿业的发展，数量也日益增加。徽州的炼铁业每炉需工四五十人，尤溪的炼铁业每炉需工达五七百人，这些都是与市场有紧密联系的手工业，并且本身都具备有比较细密的分工。如造纸业“一槽四人，扶头一人，舂碓一人，检择一人，焙干一人” 。炼铁业：“煽者、看者、上矿者、取钩（矿）砂者、炼生者而各有其任，昼夜轮番，约四五十人，若取炭之夫、造炭之夫又不止是。” 在苏州的丝织业中，有车工、纱工、缎工、织工，在织绸时也要经过“打线、染色、改机、挑花”等等的分工。像这种从农业分离到手工业中的劳动力日益增多和各个手工业部门分工的日益细密的情况，已标志着手工业生产的发展和社会分工的加强。
明朝中叶，农民生产的粮食首先是缴纳租税，其次是为了自给，多余的部分才能作为商品在市场上出卖。但一般是“收成还租之余，仅足食用” ，或是全部产品都被国家和地主取走，“终年勤动，也不免饥寒缧绁之苦” 。在纺织业最发达的江南五府地区，农民的纺织品虽然大部分投入市场，其目的也仍然是为了“
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