，礼部尚书黄道周和郑芝龙等复立唐王于福州，先后建立了鲁王和唐王两个政府。张国维、黄道周等人都主张坚决抗清，他们得到广大人民的支持。但是这两个统治集团之间，为了争“正统”，彼此互相水火，各自的内部也纠纷很多，以致不能配合作战。清王朝乘机采取分化离间的策略，先后诱降了鲁王政府拥重兵的方国安和唐王政府的郑芝龙。顺治三年（1646年）六月，两浙失守，张国维自杀，鲁王逃亡海上。鲁王兵败后，清兵又打败黄道周的义兵，并先后占领福建的很多城市，覆灭了唐王政府。这时，除去张名振、张煌言等奉鲁王在浙江沿海一带继续抗清外，守两广的瞿式耜、丁魁楚又在肇庆拥立桂王，成立了桂王政府。
桂王政府成立的时候，清军已控制了黄河流域和长江下游地区。顺治三年（1646年）九月，清军分三路向西南进攻，企图一举消灭明朝的残余势力。在这个紧急时期，李自成的部将李过、高必正、郝摇旗等人率领农民军出现在湘鄂战场。他们和驻守湖南的明军将领何腾蛟等合作，联兵抗击清军，挫败了清军的攻势。
顺治四年（1647年），清兵陷广州，攻肇庆，桂王政府辗转奔逃两广间。郝摇旗部护桂王居柳州，并出击桂林的清兵。顺治五年（1648年），郝摇旗、李过与何腾蛟、瞿式耜的军队，连续大败清兵于岳州、全州，收复了衡阳、长沙等地。这时，在广东、四川等地的农民军也起来响应。已经投降了清朝的明将领，如江西金声桓和广东李成栋等人又背叛了清朝。在清军的后方，榆园军、吕梁山的起义军和关中农民军都发动广泛的攻势，曾经参加过农民起义的陕甘回民也在米喇印、丁国栋领导下举行了反清起义。于是南北呼应，势相连结，在南明时期出现了第一次抗清的高潮。
桂王政府的当权派并没有利用这种有利的形势举行反攻，而是分党分派，争权夺利。以降将李成栋为首的楚党，和由桂王亲近组成的吴党，彼此攻讦无虚日，都想援引外镇的武力来控制桂王政府。桂王政府内部的不团结，就给清军以喘息的机会，不久清军得以重新占领湖广和广西。顺治六七年间（1649—1650年），何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘不屈而死。以后李过病亡，他的儿子李来亨和郝摇旗、高必正、刘体纯等被迫率领农民军回到巴东荆襄等地，组成了夔东十三家军，独立抗击清军。反清的斗争又转入低潮。
在抗清形势再度恶化，桂王政府放弃肇庆、梧州，仓皇西奔无地容身的时候，李定国等领导的农民军又出现在反清斗争的前线。
李定国是陕西榆林县的农民，从十岁就参加了起义，在年青时代即以赛尉迟的绰号闻名于张献忠的农民军中。张献忠死后，他一直坚持抗清的战争 。顺治九年（1652年）以前，李定国、孙可望等已向桂王表示，愿意同南明政府联合抗清，遭到桂王政府的拒绝。后来南明政府直到走投无路，才接受孙、李的建议，在贵州安隆所投靠了农民军。顺治九年（1652年），李定国发动了大规模的反攻，他统领西南苗、瑶、壮、彝各族人民所组成的军队东出广西，下桂林，反攻湖南，南入广东，“两蹶名王，天下震动” ，前后败敌数十万人，得到桂王政府建立以来空前未有的大捷。同时，刘文秀出兵四川，大败吴三桂，克复了川南各州县，并与夔东十三家军取得了联系。而活动在东南沿海一带的张煌言、张名振等人率领的抗清队伍在此时也开始反攻，并接受桂王的封号，形成了第二次抗清的高潮。
就在此时，桂王政府中的官僚马吉祥等挑拨李定国和孙可望的关系，顺治十三年（1656年），孙可望发动了进攻李定国的内战，兵败后投降清朝。
清朝政府屡次诱降李定国，均被拒绝 。顺治十六年（1659年）正月，吴三桂攻下云南府城，桂王流奔缅甸，李定国倾其全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭吴三桂的追兵，伏兵的全盘计划被内奸泄露，结果失败。顺治十八年（1661年），吴三桂率兵入缅，桂王被俘。次年，李定国在勐腊（今西双版纳东南地区）忧愤而死。李定国反抗民族压迫的斗争在明末的历史上留下了可歌可泣的一页。
夔东十三家农民军的处境在当时也非常艰苦。他们在荆襄、川东的群山中，“屯种山田，岁收麦种草绵，供粮食衣履” 但仍在李来亨、郝摇旗等的领导下，继续坚持抗清的斗争。顺治十六年（1659年），李来亨等曾由水道进攻重庆支援李定国。在李定国败死后，清朝即调动四川、湖广、陕西三省的兵力，围攻这支抗清的队伍。康熙三年（1664年），李来亨在清兵的重围下粮尽援绝，兵败殉国。史称：“来亨败没，中原无寸土一民为明者，唯郑氏（指郑成功）屯海外。”
当农民军在西南进行艰苦抗清斗争的时候，东南沿海一带的人民也在郑成功的领导下进行抗清活动。郑成功是郑芝龙的儿子，他们父子都在唐王政府为官，后来郑芝龙降清，郑成功则继续抗清。郑成功以厦门、金门为据点，曾先后围攻福州，攻克台州。清朝派人招降，遭到他的严词拒绝。顺治十六年（1659年），郑成功联合浙江张煌言等发动了一次大反攻，从海道溯长江，直达南京近郊，占领了镇江、芜湖等4州3府24县。他们的行动与李定国的起义军遥相呼应，使清廷大为震动。但由于战略上的错误，郑成功在南京被清兵击败。
为了建立根据地，郑成功于顺治十八年（1661年）率大军在台湾登陆，次年，赶走了窃踞台湾的荷兰殖民者，光复了台湾。郑成功在台湾设置府县，建立行政机构，招徕大陆移民，屯田垦荒，又派遣汉族“农师”向高山族人民传播先进的生产技术，加速了台湾地区社会经济的发展。
康熙十二、十三年之交（1673—1674年），原已降清的明朝将领吴三桂、耿精忠和尚之信等又先后起兵反清，这就是所谓的“三藩之乱”。吴三桂起兵云南，尚之信起兵广东，耿精忠起兵福建，郑成功子郑经也乘势攻占了泉、漳、温州等地。吴三桂等三人起兵的目的是为了与清朝分割土地，因而他们得不到广大人民的支持。三藩的叛乱不久即为清兵所平息，而郑经也退回台湾。
康熙二十二年（1683年），清朝政府大举进攻台湾，郑成功孙郑克塽战败投降，坚持了40年的反清武装斗争至此结束。
清统治者在压服了南方的抗清力量之后，便开始向边疆发展，历经康熙、雍正、乾隆三朝，最后统一了全国，建立了一个空前盛大的王朝。
明清之际，在我国西北方居住的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部，厄鲁特蒙古内部分为准噶尔、和硕特、土尔扈特、图尔伯特四部。蒙古族的经济仍以畜牧业为主，但农业也有了发展。在蒙古族社会的内部，土地和牲畜都集中在贵族和寺院喇嘛的手里，蒙古族牧民则在贵族和上层喇嘛的残酷剥削下从事生产。在明朝，蒙古地区的统一局面是比较短暂的，长期处于分裂状态。
还在满族入关以前，漠南蒙古各部早已归附了清朝。清政府赐给蒙古各部首领亲王、郡王、贝勒、贝子等显贵的封爵，同时又世世代代和他们保持婚姻的关系。在清朝政府的笼络下，漠南的蒙古王公已成为清朝巩固全国统治的最得力的助手，并且倚仗他们进一步向西北发展。当时喀尔喀部和厄鲁特蒙古与清政府也有密切的联系。
康熙时，居住在天山北路的厄鲁特准噶尔部的噶尔丹势力日益强大。噶尔丹合并了厄鲁特四部，占据了天山南路的各回城，“威令至于卫藏”，又进兵喀尔喀蒙古。准噶尔是厄鲁特部中比较落后的部落，保存了很浓厚的氏族残余，本身不知务农业，奴役土尔扈特部人为之屯田，以供军粮。准噶尔的骑兵在各处烧杀劫掠，兵锋所至，各部的人民都纷纷迁徙避难。康熙二十七年（1688年），噶尔丹战败土谢图汗，喀尔喀各部“南徙者蔽地而来，前后相望六十余里”，“遗弃牛马，死者相枕” 。喀尔喀蒙古大喇嘛哲布尊丹巴以各部风俗、习惯、宗教信仰皆与满洲相同，决定率各部归附清朝 ，康熙即拨以科尔沁牧地为各部牧放。
康熙二十九年（1690年），噶尔丹率兵攻入内蒙古，前军至距古北口九百里的乌珠穆沁（今内蒙古自治区克什克腾旗境内），清廷大为震动。这时，清朝在汉族地区的统治已经比较稳固了，康熙得以三次出兵漠北。康熙二十九年（1690年）、三十四年（1695年）、三十六年（1697年）清兵先后在乌兰布通、昭莫多（今蒙古国宗莫德）等地与噶尔丹军进行了激烈的战斗，噶尔丹皆大败。最初，噶尔丹想借俄罗斯火枪兵攻打清朝，没有成功。他在蒙古各部中日益陷于孤立，走投无路，终于在清军围困下，仰药自杀。噶尔丹既失败，喀尔喀各部回到了原来的居住地。从此，喀尔喀蒙古各部也接受了清朝的各种封号，清朝政府把蒙古各部分编为旗，又在科布多、乌里雅苏台等地派驻将军和参赞大臣，加强了对喀尔喀的统治。
噶尔丹死后不久，其侄策妄阿拉布坦又在北疆纠集准噶尔部继续与清为敌。策妄阿拉布坦不仅控制了天山南、北路地区，而且在康熙五十六年（1717年）率兵攻入西藏。西藏的达赖喇嘛在清朝入关前已与皇太极有书信的往还。顺治九年（1652年），达赖五世到北京参谒顺治帝，清廷赐给他金册金印，又敕封他为“西天大善自在佛、所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，达赖从此时才正式得到“达赖喇嘛”的称号。但是西藏“第巴”（行政官）桑结等人，表面上归附清廷，暗地却与准噶尔部噶尔丹勾结。康熙时，达赖五世在西藏逝世，桑结等秘不发丧，立下仓央嘉错为达赖六世。不久，青海各部又在宗喀巴降生的西宁地区另立了一个达赖六世。同时，青海的和硕特部拉藏汗领兵人藏杀掉桑结，清朝即委任他管理藏务。拉藏汗的入藏对准噶尔是不利的，策妄阿拉布坦即乘此时机派兵入藏，杀拉藏汗，又纵兵在西藏各地大肆骚扰。西藏已完全陷于准噶尔之手。
为了驱逐准噶尔的势力，恢复西藏地方的秩序，清朝政府于康熙五十七年至五十九年（1718—1720年）间派兵击败了准噶尔的军队，敕封噶桑嘉错为达赖七世，并护送人藏。达赖七世在拉萨坐床，受到西藏各部僧俗的欢迎，清廷即任命康济鼐和颇罗鼐二人协助达赖、班禅分理前后藏。
雍正、乾隆间，准噶尔部仍不时在西藏策动叛乱。雍正五年（1727年），康济鼐为叛乱分子所杀，但叛乱不久即被颇罗鼐平定，清朝遂以颇罗鼐统理西藏事务，又在西藏设置了两个驻藏大臣。驻藏大臣的设置，标志着西藏地方与中央政府隶属关系的进一步加强。乾隆十五年（1750年），颇罗鼐子朱尔墨特在准噶尔汗策动下又进行了一次叛乱。叛乱平定后，清廷在达赖下面设置了处理地方行政的噶厦，以四噶布伦分理政事，俱统属于达赖喇嘛。这样，达赖喇嘛的权力就提高了，他不仅是西藏地方的宗教首脑，也是西藏地方的政治首脑。清政府也提高了驻藏大臣的职权，西藏长期混乱的局面才稳定下来。
乾隆五十六年（1791年），廓尔喀军队在西藏大农奴主舍玛尔巴的勾引下侵入后藏，攻日喀则，大掠扎什伦布寺。清朝政府立即发兵人藏，将廓尔喀军队击败，廓尔喀请和。廓尔喀入侵以后，清朝政府再次对西藏的军事、政治等各方面实施了一些重大的改革，重新规定了驻藏大臣和达赖喇嘛的职权和地位。在以前，达赖、班禅及各呼图克图的灵童转世，直接由大农奴主操纵，积弊极深，这时清廷就设立了“金瓶掣签”的制度，到时集诸喇嘛当众抽签听选，而由驻藏大臣亲临监视。此外还整饬藏兵组织，加强防务，并进行了一些减轻赋役、限制农奴主任意滥派乌拉等等措施。清朝政府打败廓尔喀，加强对西藏的管理，对稳定西藏当时的社会秩序，密切西藏与内地的联系，以至粉碎殖民者侵略阴谋都有重大的意义 。
被准噶尔部逼往青海的厄鲁特蒙古和硕特部的顾实汗子孙，在康熙时接受了清朝政府的封号。雍正元年（1723年），被清朝政府封为亲王的罗卜藏丹津也在策妄阿拉布坦的煽动下，胁从游牧各部发动了叛乱，并屡次派兵大掠西宁等地。清朝政府以岳钟琪率兵迎战。雍正二年（1724年），清兵大败罗卜藏丹津于柴达木，罗卜藏丹津逃往准部，降者数万。清廷分蒙古族为29旗，又在青海设立土司，加强了对青海各族的管理。
准噶尔部长期与清廷为敌，并煽动西北各地反清，因此，战胜准噶尔是清廷
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