。黄宗羲接受了王守仁心外无理的哲学，但又肯定了“理在气中”的观点。他的最突出的贡献是在政治思想方面，在他的名著《明夷待访录》中，对专制的暴君政治进行了激烈的批判。他指出皇帝把天下作为自己的产业，“以天下之利尽归于己，天下之害尽归于人”，任意“敲剥天下之骨髓，离散天下之子女”，“然则为天下之大害者君而已矣” 。又指出臣对君的关系不是奴仆而应是师友，治天下“不在一姓之兴亡，而在万民之忧乐”。尽管黄宗羲还不是从根本反对专制的君主制度，而是企图通过法治、加强学校舆论和恢复丞相制等办法来限制君权，但他敢于痛快淋漓地揭发了专制皇帝的罪恶本质，并且从“万民之忧乐”来考虑改革，说明他在当时已具有一定的民主主义的思想。此外，反映当时商品经济的高度发展，黄宗羲还提出了“工商皆本”的看法。
顾炎武（1613—1682年）字宁人，号亭林，江苏昆山人，是与王、黄同时的大学者。清兵下江南时，他也曾举兵抗清，以后往来南北，终身不仕，所著有《日知录》、《天下郡国利病书》等。顾炎武在哲学思想上继承二程和朱熹，也宣扬了张载“理在气中”的观点。他学识广博，在经学、音韵学、历史学和地理学方面用力尤深。顾炎武反对当时专制的政治，认为“天下兴亡，匹夫有责”，他在治学方面主张“博学于文”和“行己有耻”，提倡实事求是、踏实钻研的学风并强调民族的气节。后世学者称“古学之兴也，顾氏始开其端” ，对有清一代学术影响很大。
稍晚于以上三大思想家的唐甄（1630—1704年），字铸万，四川达州人，是阳明学派（即王学）学者。在他的《潜书》中提出了“自秦以来凡为帝王者皆贼也”和“杀人者众手，天子实为之大手”，“若上帝使我治杀人之狱，我则有以处之矣” 等等看法，他对专制君主的批判，与黄宗羲是不谋而合的。
在清朝的统治稳定以后，程朱理学又占据支配的地位。康熙极力标榜程朱，把程朱理学作为巩固统治的工具，他编写了《性理精义》，又重新刊行了《性理大全》等书。同时笼络了一批程朱派的学者如魏象枢、汤斌、李光地等人，给他们官作，称为“理学名臣”。另一方面，由于学风从空疏走向朴实，清朝政府又严禁王学，对王学尽力压迫摧残，王学就走向没落了。
但是在清代又有一些学者，如颜元、李塨和戴震等人，既反对程朱学派也反对王学。
颜元（1635—1704年），号习斋，河北博野人，他的学生李塨（1659—1733年），号恕谷，蠡县人，他们都坚决反对程朱和王学，主张实用、实行，当时人称为颜李学派。
戴震（1724—1777年），字东原，安徽休宁人，是乾隆时期的考据学家，有广博的科学知识。他认为气是世界的物质基础，世界就是无止无休的气化过程，他说：“天地之气化，流行不已，生生不息”，“道犹行也，气化流行，生生不息，是故谓之道”。在认识论方面，他比王夫之“气者，理之依也”的观点更进一步，认为人类的感官本来就是为了适应外在世界而生成的。“耳目鼻口之官接于物，而心通其则”，这即肯定了物质世界是人们感觉的来源。戴震在所著《孟子字义疏证》中还提出了以法杀人犹可救，以理杀人无可活的看法，这是对程朱理学的一个重大打击。
从宋以来中国学者就有人考订古书，明末清初的顾炎武、黄宗羲等人在这方面都有广博精湛的研究。顾炎武治经兼及音韵，黄宗羲治经兼通史学。顾黄两人都主张治学是为了“经世致用”，反对空谈，以此引导人们正视现实，来反抗清朝的统治。顾、黄两人所提倡的这种学风，对清代学术的发展有深远的影响，他们也成为清朝学术的开山。
稍晚于顾、黄的考据学者有阎若璩和胡渭。阎若璩（1636—1704年），字百诗，山西太原人，世居淮安，他主张对古书大胆怀疑，考证要力求确实。所著《古文尚书疏证》，即采用了比较科学的考据方法，证明古文尚书是一部伪书。胡渭（1635—1714年），字朏明，浙江德清人，所著《禹贡锥指》和《易图明辨》，在辨别古书真伪和提倡疑古精神上都有一定的贡献。清朝的考据从阎、胡开始，但是他们治学的目的已从“经世”转入“避世”，从要求社会改革转入“为考据而考据”，这是清朝专制统治和民族高压政策所造成的。
到了乾嘉时期，清朝的统治更加稳定了，考据之风大盛，并且已发展成为一种专门的学问。由于清朝政府屡兴文字狱，也迫使一部分学者不得不在古书中寻章摘句。提倡考据，对于巩固清朝的统治是有利的。考据的对象以经书为主，由于要通经，又不得不精通文字音韵、名物训诂，甚至地理金石，天算乐历，校勘辑佚，再用这些来解经治史，于是各种学问都走向了考据的道路。
当时考据学者主要分吴皖两派。吴派以惠栋（1697—1758年）为代表。惠栋，苏州元和人，著有《古文尚书考》、《九经古义》、《周易述》等书。《九经古义》务在恢复汉人讲经的说法。惠栋的弟子江声、余萧客等，在治经方面也颇有成就。吴派的缺点是对汉人解经达到迷信程度。皖派以戴震为代表。戴震著有《声韵考》、《声类表》、《考工记图》等书。《声韵考》专讲反切、韵书、四声，戴派以后即着重文字音韵和校勘训诂。戴门弟子段玉裁（1735—1815年）所撰《说文解字注》，被称为“千七百年来无此作” ，在文字学方面获得的成就较大。另一弟子王念孙（1744—1832年）撰有《广雅疏证》和《读书杂志》，也是乾嘉时期有关训诂、校勘的代表作。可见皖派的成绩要超过吴派。
乾嘉时期知名的考据学者共有六十余人，除以上所举诸人外，江永的声韵学，王引之的训诂学，王昶、毕沅的金石考订，钱大昕、王鸣盛的史籍整理，皆能名称一时。赵一清的《水经注释》，卢文弨的《群书拾补》，都是第一流的著作。严可均辑的《全上古三代秦汉三国六朝文》，也有很大的学术价值。
乾嘉考据学派在文禁森严的形势下，终日只在书本内下功夫，使学术完全脱离了实际生活，眼光窄隘，思想闭塞，排挤了一切进步思想的发展。但是他们在整理和保存古典文献方面却有一定的功绩。
明清时期的历史学也有相当的发展，除去历朝官修的《明实录》、《清实录》、《元史》、《明史》、《大明一统志》、《大清一统志》以及续三通、清三通等之外，私人著述也极为丰富。编年体有谈迁的《国榷》、毕沅的《续资治通鉴》，纪事本末体有谷应泰的《明史纪事本末》、高士奇的《左传纪事本末》，杂史和笔记有王世贞的《弇州山人别集》和沈德符的《万历野获编》，地方志有顾炎武的《天下郡国利病书》和《肇域志》，学术史有黄宗羲的《宋元学案》和《明儒学案》，特别是学案学术史的编纂，是明清学者在历史学方面的一项重大贡献。
明清之际，在社会各种矛盾错综复杂的局面下，出现了研究当代历史之风。黄宗羲所创的浙东学派，专门研究明史，特别是明末的历史。浙东学派的著名历史学家黄宗羲、万斯同、全祖望等都具有浓厚的民族思想，他们写史的目的是为了表明“国可灭史不可灭”。万斯同（1643—1702年），号季野，鄞县人，所著《明史稿》是清朝官修明史的蓝本。同时，温睿临也编辑了一部专记南明史事的《南疆绎史》。黄宗羲的《南雷集》和全祖望（1705—1755年）的《鲒埼亭集》，表面看是两部文集，其中所写大都是抗清的历史。在清初，谈迁的《国榷》，顾祖禹的《读史方舆纪要》，也受到浙东学派的影响。
随着乾嘉时期考据的盛行，历史学也走向考据的道路。钱大昕（1728—1804年）的《廿二史考异》、赵翼（1727—1814年）的《廿二史札记》、王鸣盛（1722—1796年）的《十七史商榷》是清代三部考史的名著。钱书最详于校勘文字，解释训诂名物，纠正史书谬误。王书则详于典章故实，特别是官制、地理。《廿二史札记》着重论证各代的重大历史事件，被称为“儒者有体有用之学” ，在史学考证方面，独创了一种新的体例。
在考据的影响下，对旧史补表、补志、补注和辑佚的工作也取得较大的成绩。在辑佚方面有各种后汉书和晋书的辑佚等。还有一些学者从《永乐大典》中辑出很多失传的史书，如邵晋涵辑出的《旧五代史》、徐松辑出的《宋会要》稿。
清朝学者研究古史也有成绩。康熙时，马骕著《绎史》，搜集大量古代文献的资料，当时人称他“马三代”。乾嘉时，崔述著《考信录》，他对经书大胆怀疑，考证古史也极精核。明清时期，各地纂修方志之风，比过去更加流行。今传方志六千余种，大部分是明清人所修。乾嘉学者章学诚（1738—1810年），号实斋，浙江会稽人，擅长修志，著有《湖北通志》、《常德府志》、《和州志》、《永清县志》等。他认为“方志如古国史，本非地理专门”，又认为修志更主要是求其实用 。
章学诚不仅精于方志学，而且在所著《文史通义》中，也提出了对史学的一些看法。他主张六经皆史，主张修史贵开创而不必拘于成法，又主张修史要有“史意”，史意即史观的意思。
明清两朝的政府，曾经组织大批学者，编辑了很多卷帙浩繁的类书和丛书，举世闻名的《永乐大典》和《四库全书》，就是在这一时期编成的。
永乐时，明朝政府选派了解缙等儒臣文士共3000人编辑《永乐大典》。《永乐大典》共22937卷（包括目录凡例），装成11095册，约3.7亿字，辑人经、史、子、集、释藏、道经、戏剧、平话、工艺、农艺等图书达七八千种，是我国最大的一部类书。大典所收载的书籍一字不易，完全按照原书整段、整篇乃至整部地抄入。《永乐大典》先后抄录了正副两部，正本早已烧毁，副本曾散失了一部分，在英法联军和八国联军侵入北京时，两次被帝国主义焚毁劫掠，目前存于国内外的仅有三百余册。
康熙、雍正时，清朝政府编辑了《古今图书集成》一万卷。《古今图书集成》共分为历象、方舆、明伦、博物、理学、经济六编，每编又分门别类，搜罗宏富，是《永乐大典》之后的一部大类书。
乾隆时，清朝政府又选派了纪昀等著名学者160余人编辑《四库全书》。《四库全书》分为经、史、子、集四类，所收书共有3457种，79070卷，装订成3.6万余册，是我国最大的一部丛书。在这部书中保存了许多珍贵的文献，有的是采自内府藏本，有的是采自藏书家的进献本，有的是《永乐大典》的辑本。编辑历时十年，书成之后，共抄录七部，分贮于北京、热河、沈阳、扬州、镇江和杭州六地。《四库全书》完整保存下来的还有四部。
此外，明清两朝政府还编辑了实录、正史、政书、会典、方略、方志、目录、诗文总集等各种图书，这些书大部分也收入《四库全书》之内。在《四库全书》开馆时，参加编辑的学者戴震、邵晋涵、周永年、纪昀等人，又把《四库全书》内每一部书的渊源、版本、内容都作有详细的考证，写成《四库全书总目提要》，这是我国一部重要的目录学著作。
《永乐大典》和《四库全书》等都是我国极其宝贵的文化遗产，具有很高的史料价值。但是也应指出，乾隆时，曾借编辑《四库全书》为名，对全国所存的书籍作了一番检查，其中不利于清朝统治的书籍全都没有列入，而在列入的图书中有部分也被删改或抽毁。
明清时代，在文学上表现最辉煌的是小说和戏剧，产生了许多不朽名著，涌现了大批杰出的作家。
《水浒传》是一部长篇英雄传奇小说。作者或谓施耐庵，或谓罗贯中，纷纭莫定。这部书是根据宋元以来有关宋江36人故事的话本和杂剧编写而成的。《水浒传》的原本也失传了，今天留传的有繁本、简本、删削本，繁本是明嘉靖时的刊本。《水浒传》可贵之处在于通过对北宋末年黑暗社会的描写，揭示了“官逼民反”的深刻道理，歌颂了梁山泊好汉替天行道、反奸除暴的正义精神。小说成功地塑造了一批江湖英雄形象，很多情节如鲁智深拳打镇关西、林冲风雪山神庙、武松景阳冈打虎、李逵跳楼劫法场等，都充满了传奇色彩。作者不仅写了这些英雄好汉见义勇为、除暴安良的诸多义举，而且赋予他们舍身报国、立功边陲的理想与抱负。小说的结局构思精妙，梁山好汉虽然接受招安，得以立功边陲，但他们当年被逼上梁山的社会并没有改变，处处受到掣肘与迫害，他们不停地寻
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