南京成为清朝政府在长江流域的一座孤城。两江总督张人骏有督署卫队2000人；江南提督张勋率江防军23营，计7000人驻南京。张勋字绍轩，江西奉新人，1884年投军，1891年任广西参将。1895年参加袁世凯小站练兵，充工兵营管带，后随袁世凯镇压义和团，升至总兵。1902年调北京，多次扈从慈禧太后及光绪帝。后调奉天任职，1908年升云南提督，后改任甘肃提督，1910接任江防营，驻浦口，1911年8月任江南提督，思想顽固，极端忠于清朝，是个凶残能战的悍将。张勋部下有两标领，一是王有宏，一是赵会鹏，各领10营，其余3营由张勋直辖，称为亲兵。
武昌首义后，江防军手持大刀，到处搜索革命党人，遇着剪去辫子的青年，立即逮捕，押往小营、一枝园、万关等处刑场。杀人无数，谓之“杀和尚头”，杀后悬首示众，惨不忍睹。南京下关仪凤门等，都有江防兵把守，城内无辫青年不敢出走，吓得戴上假发，坐在家中，不出大门一步。
南京城里驻新军第9镇，统制是徐绍桢。徐绍桢字固卿，广东番禺人，举人出身。曾任福建武备学堂总办，江西常备军统领等职，1905年任新军第9镇统制，倡行征兵制。第9镇属第17、18两协，有第33、34、35、36四标、马队1标、炮兵1标、工程兵1营、辎重1营、宪兵3营，是一支建制完整、装备精良、有较强战斗力的部队。镇司令部、17协司令部、33、34标以及马、炮、工、辎、宪兵各部队驻南京，18协司令部、35标驻镇江，36标驻江阴。
第9镇的革命党人活动，始于著名革命党人赵声担任33标标统时。赵声乃江苏丹徒人，原名毓声，字伯先，号百先。1902年毕业于江南陆军师学堂的理论先驱。主要代表人物有：德国的海德格尔、雅斯贝尔，遂倾向反清革命。次年游日本，与黄兴结识，归国后任两江师范学堂教员，撰写七字唱本《保国歌》，秘密散发，宣传革命，为当局所忌，离南京，赴长沙，任实业学堂监督。1905年，谋于新军在保定秋操时策动革命，未成，到南京任督练公所参谋官，在江阴训练新军。不久辞职，随郭人璋到广西，任巡防营管带。年余，仍回南京，任33标2营管带，旋擢该标标统，曾援引柏文蔚、倪映典、熊成基、林之夏、林述庆、陶骏保、冷遹等人先后来第9镇任军佐。
孙中山派吴旸谷到南京组织同盟会，柏文蔚的岳王会南京分会集体加入同盟会，赵声、林之夏、冷遹、林述庆、伍崇仁、孙麟、韩金声、何遂、杨韵珂等人以次加入，公推赵声为长江盟主，设机关于鼓楼之东，先定玄武湖之湖神庙为会议地点。
赵声进行革命活动，被两江总督瑞方发觉，便赴广州，在新军中担任标统，并筹谋广州新军起义。
虽然赵声等人离开南京新军第9镇，但留下了不少革命种子。
武昌首义后，张人骏、张勋等人严重疑忌新军，便将新军子弹收缴，又收新军炮6挺、机关枪6门。与此同时，将驻浦口的江防军调入南京，人发500颗子弹。新军和江防军，便成冰炭。新军众论沸然，无不发指眦裂，终日聚议，均欲与张勋的江防军作生死拼，因子弹未能得手，是以累欲起事而又累蹶。张人骏、张勋摸透新军用意，乃于狮子山北极阁高架大炮数尊，炮口对准33、34标；水路又于三叉河要道架大炮一尊，炮口对准工、辎两营。新军无子弹，日坐愁城。
张人骏要在新军各标营大事搜捕，召徐绍桢密议。徐特异议，谓是适以激变，张人骏不敢轻举妄动，便将新军5000人调出南京城，移驻城南60华里的秣陵关附近。张人骏答应拨发新军每人枪150发子弹，机关枪1万发子弹，炮弹1000颗，弹药和9月份饷银于10月31日运往出防地点。出防前，各级将校欲先领弹药，后出发。张人骏坚持到防地即发。但部队到了驻防地方，根本不见弹药饷银运来，受了张人骏之骗。
在新军人心愤激、几有不可终日之势的情况下，上海革命党人派柏文蔚来南京。柏文蔚安徽寿县人，字烈武。原任第9镇33标管带，因与孙毓筠等拟炸两江总督端方，事败走东北，任吉林屯田营管带。同冯麟阁、蓝天蔚等计划在东北起义。武昌起义爆发，乃去上海，受同盟会派遣来南京。南京同盟会机关设在内桥，由上江公学校凌毅、李华侬主持，策动新军起义。柏文蔚便住在机关里。新军官兵知道他来到南京。有几十人前来同他联系，皆以新军有枪无弹而虑。
新军革命党人以下级军官和士兵为多，中上级军官害怕，且有逃离军队者。第9镇统制徐绍桢亦惴惴不安。新军移至秣陵关后，柏文蔚便随之前往。徐绍桢得知，约他相见。柏文蔚告诉他，只要他能领导反正，当拥为都督。徐道：“余老矣，汝辈青年，万不可叫我做难题。”第9镇正参谋官史久光、17协协统沈同午、18协协统孙铭在座，反复讨论，决定先上海、以次攻南京的策略。徐绍桢当即命柏文蔚返上海运枪炮子弹来，作起义准备。当天，上海光复。次日，江苏、浙江同时光复。
正在柏文蔚、徐绍桢等准备起义时，南京局势突然变化。由武昌潜回南京的
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