袁世凯编练北洋常备军，领全国练兵之风骚。那朝廷满族亲贵担心汉族军阀掌握了全国军事力量，构成威胁，亦为不美，看那湖广总督张之洞所练新军也很不错，遂决定以北洋军与湖北新军为并列的两支主干，使其平行发展，形成两大军事系统，互相牵制制约。令河南、山东、山西各省选派将弁头目赴北洋学习操练。江苏、安徽、江西、湖南各省选派将弁头目赴湖北学习操练。练成后回原省管带新兵。每年由北洋、湖北请旨简派大员分往校阅，按其优劣，严加甄别升降任用。
北洋军离朝廷最近，势力覆盖了北方半个中国。袁世凯并不满足，他以使全国的新军都整齐划一为名，达到操纵指麾无不如志的目的。1903年3月，他拟定了“陆军训练简易章程”，上奏朝廷，建议设立练兵处，作为陆军的参谋本部，督练考察全国新军。那慈禧太后亲自到保定视察。
袁世凯身着黄马褂，头戴珊瑚顶孔雀翎，率领北洋军和陆军学堂师生1000余人跪于路旁，迎接慈禧，太后见这么多穿着军服的彪形大汉整整齐齐地跪在眼前，心中大悦，说：
“赏。”每人一枚银牌，以示恩慰。
慈禧来到军校，坐定之后，便召袁世凯过来问话，这陆军学堂是怎么回事。
袁世凯跪在慈禧脚下：“臣世凯为吾大清敢不肝胆涂地，以报圣慈的恩德之万一。臣接圣谕要办陆军学堂，去年就在保定开办‘行营将弁学堂’，奏派冯国璋督办，雷震春总办，二员倒也尽心。为编练新军培养官佐，非得好好训练他们。这些人主要是从直隶、山东、山西、河南各省官弁学堂学生中抽调而来，因此又名省将弁学堂。同时又设立北洋武备师范学堂、参谋学堂、测绘学堂。臣以为这才是初步，臣曾上奏，拟建武备小学堂、中学堂、大学堂，合计通筹12年卒业，以培养将才。”
慈禧受八国联军之害，迫切感到，在列强的环伺下，强兵才能富国，倒也很支持袁世凯办学堂，培养将才。便道：“唔。这也是好事，你放手办吧。你给学生上什么课呢？”
“臣以为治军之道，首重训兵，其次练兵，训以开其智识，固其心性，练以增其技艺，增其才力。除了军事课程以外，《圣谕广训》、《左传》、《春秋》都是必读的修身课，务使官兵忠君尊孔，以圣教为宗，以艺能为辅。各陆军学堂，都有礼堂一所，供奉圣慈圣上牌位和文武圣牌，圣慈、圣上、文武圣诞日，各总办率领各员生衣冠诣礼堂行三跪九叩礼。”
“很好！”
袁世凯接着禀报：“总叫生员知道忠君报国。各学堂生员不得妄议时政，私著邪说，结党聚会。新闻报纸闲书杂志不经允许，也不准携带入房，总叫外面的乱党邪说绝不污染生员耳目。”
这话说到慈禧最关紧处，忙开口问道：“哦，这里有无乱党分子？江南最近可不安静，那广东就闹过会党造反。哼，听说那帮乱党在美利坚与日本闹腾得挺欢，知道孙文吗？”
“臣听说过。”
“年轻人容易听信那些邪端异说，你小心着点，士兵也是年轻人呢！”
“臣敢保证这里没有一个乱党分子。”
“我信得过你来说话吧。这里有不少日本教官吗？”
袁世凯神色端庄：“这些教官倒还安分，虽然是日本人，倒还知道效忠圣慈圣主。虽然如此，我只让他们教习军事，对他们又多处防范。”
慈禧仰面寻思一会。袁世凯偷眼观看慈禧圣颜。虽然她黑头发中杂伴着白发，但面部皮肤仍白嫩润泽，不失美女风姿。
慈禧低下头来，叹口气说：“我老了，可是老了也得想着变法，我是指望大清能国富民强，老叫洋人瞧不起到底不好，所以要行这些新政，可恨那些饱食终日的官吏不这么想，难得你对新政很上心，办事也得力，”
“臣敢不鞠躬尽瘁，以报圣慈隆恩！”
慈禧大悦：“你很好，你有了闲到宫里去，听你说话很开心，上次叫你在紫禁城骑马，听太监说你很会骑马，下次倒也见一见。”
袁世凯忙跪下叩三个响头：“谢圣慈隆恩！”
慈禧回京让人传下话来，袁世凯忠心办事，着不日即到颐和园觐见。
南方新军都已破获革命党人，倒是袁世凯所练北洋军深为可信，满朝亲贵对袁世凯毁誉参半，赞许他的人说他忠诚能干，反对他的人说他貌似忠诚，其实机诈，将来尾大不掉，不可不防。慈禧对他倒是坚信不疑。
袁世凯得到确信，太后在荣禄死后，内定庆王奕畀入掌军机，掌握政府实权，便赶紧派副官段芝贵到京，夜里给契廛府赠银10万两，奕刲变色道：“这袁宫保是干什么，不能这么做。”原来那奕戢还不知道自己将掌握军机。
段芝贵辞出找到儳的管家，道：“您瞧，这点银子王爷不收，在下便不能回见宫保交差，宫保已经得到确信，王爷就要入掌军机，这实是国家大幸，便差小弟来恭贺。那庚子与八国签订和约，是王爷和李鸿章主持，李鸿章今已不在，惟有仰仗王爷掌理国政，宫保素常对王爷无比钦佩，又深知王爷素常谨慎。这次入掌军机，在宫禁内外必有一大笔开销，不如此，便不足以立威信。这些银子不过是宫保的区区微忱，给王爷准备一些开赏的钱，不算
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