南京光复的消息传至上海，那程德全、汤寿潜、陈其美等，议决以南京为临时政府所在地，并约独立各省代表投票选举黄兴为暂定大元帅，黎元洪为暂定副元帅兼任鄂军都督，并发表通电说：
现在南京光复，鄂军务适紧，援鄂之师北伐之师待发，急需统一。今同人公议不如暂定南京为临时政府所在地，举黄君兴为暂定大元帅，黎君元洪为暂定副元帅兼任鄂军都督，藉动摇而牵大局，俟赴鄂代表返沪同到南京再行发表，所有编制日内并力准备俾进行无滞，事机紧急，不得不从权议决，务乞鉴原。
黄兴已于南京光复的前一天由武昌到达上海。
各省代表议决大元帅主持临时政府职权。陈其美、程德全并于江苏教育总会发起欢迎黄大元帅大会。程德全在欢迎大会上致词：
“昨日自大元帅举定后，即邀同陈君其美亲往黄大元帅行辕道欢迎意，恭请莅会，大元帅谦辞不肯承认，以德全等再三劝驾，仅允到会重行选举。”
陈其美的致词则是另一层含义：“昨日之选举，万不可无效，况大元帅责任重大，关系全国，方今北虏未灭，军事旁午，非有卧薪尝胆之坚忍力者，不足肩任巨任，故其美以为舍克强先生外，无足当此者。”
黄兴则主张选黎元洪为大元帅，再由各都督中选一副元帅，自己愿领兵北伐。至于组织临时政府，托词不能胜任。
各代表坚请之后，黄兴称：“孙中山先生将回国，可当此任。”
代表们说：“方今军务倥偬，时间异常宝贵，孙君诚为数十年热心革命之大伟人，然对外非常紧急，若无临时政府，一切交涉事宜俱形棘手，况大元帅为一时权宜之计，将来中华底定，自当由全国公选大总统。”
因众代表坚请黄兴不必推让，黄兴才答应暂时勉强担任。他负责筹组临时政府之后，即电请胡汉民北上，商组临时政府事宜。因黄兴收到汪精卫为袁世凯说项的电报，便复电汪精卫，请其促袁世凯与民军一致行动：
来电敬悉。此时民军已肃清十余省，所未下者才二三耳。北京不早日戡定，恐招外人干涉，项城雄才英略，素色全国重望，能顾及大局与民军为一致之行动，迅速推倒满清政府，全国大势早定，外人早日承认，此全国人人所仰望，中华民国大统领一位，断推举项城无疑。但现在事机迫切，中外皆注意民军举动，不早成立临时政府，恐难维持现状，策画进行。现已有各省代表拟举兴为大统领，组织临时政府，兴正力辞尚未允许。万一辞不获已，兴只得从各省代表之请，暂充临时大元帅，专任北伐，以待项城举事后，即行辞职，便请项城充中华民国大统领，组织完全政府，此非兴一人之言，全国人心均有此意。惟项城举易速，易须令中国为完全民国，不得令孤儿寡妇尚拥虚位，万一迁延不决，恐全国人皆有恨项城之心，彼时民国临时政府如已经巩固，便非他人所能动摇。总之，东南人民希望项城之心，无非欲早日恢复完全土地，免生外人意外之干涉。项城若肯从民之请英断独行，中华民国大统领，兴知全国人民决无有怀挟私意欲与之争者。此时盼速成功，民国幸甚。以弟尝与兄谈心之‘难可自我发，功不必自我成’一语为证。朔风冰肌，伏维珍重。
黄兴刚着手筹组临时政府，便遭到黎元洪的反对。黎元洪致电各省都督：“忽据来电称沪上有14省代表推举黄兴为大元帅，元洪为副元帅之说，情节甚为支离，如确有其事，请设法声明取消，以免淆乱耳目。”
那些被黎元洪邀去武昌的各省代表，亦不满，认为此举事先瞒着他们，不令闻之，是荒谬行为，表示不予承认。
在上海的浙江代表章太炎也反对举黄兴为大元帅。他在会上发言说：“克强功虽高，已受黎督委任为汉阳总司令，不得以部将先主帅；且前已推武昌为中央，焉得背之。”
除章太炎外，浙江司令朱瑞亦强烈反对黄兴为大元帅，说黄兴在武汉打了败仗。尽管同盟会陈其美、宋教仁等力主黄兴为大元帅，坚持同盟会的领导权，但黄兴崭露头角，其声望尚未居于统率全党的地位，尚未成为核心人物，还不能指望，由他来制御那些附和于革命党的旧官吏和地方缙绅。那立宪派人，也想猎取临时政府的权力，因而各持己见、互不协调的现象，屡见不鲜。
1911年12月13日，独立各省代表先后由上海、武汉齐集南京，开会选举议长，先后在日本、德国留学回国的浙江代表、34岁的汤尔和被选为议长；先后在日本、美国留学，获法学博士的同盟会会员、30岁的王宠惠被选为副议长。并议决在16日选举临时大总统。
但是，情况有了变化。15日，胡瑛、王正廷来电：“务乞稍缓。俟唐、伍会商后再举，必得美满结果。此事关系极重，乞诸公极力维持。”
代表会议便承认上海选出的大元帅与副元帅，并于《临时政府组织大纲》中增加一条：”大总统未举定以前，其职权由大元帅任之。“但是，黄兴因受到黎元洪和少数人的反对，坚不就职，并于12月17日通电力辞暂定大元帅，建议推黎元洪为暂定大元帅。黄兴看起来很谦虚，把政权拱手让给旧官吏黎元洪，他根本不知道，政权问题对革命党人是多么得重要。在这个
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