隶福建行省都司。二十年，命江夏侯周德兴入福建抽兵防倭，移置卫所当要害处，筑城十六，增设巡简司四十五，分隶诸卫。二十一年，又命信国公汤和行视闽粤，筑城增兵。置福建沿海五卫：曰福宁、曰镇东、曰平海、曰永宁、曰镇海；千户所十二，曰大金、定海、梅花、万安、莆禧、崇武、福全、金门、高浦、六鳌、铜山、元锺。置福州中卫。二十四年，置武平千户所、将乐千户所。景泰五年，调邵武卫后千户所置永安守御，隶延平。六年，上杭草寇窃发，命选行都指挥守御汀、漳二府。成化七年，抽调漳州卫中所、镇海卫后户置守御千户所于龙岩，曰中中千户所。十三年，调拨建宁右卫前所置浦城。宏治十七年，调漳州后所置南诏。
嘉靖四十二年，以闽中连岁苦倭，议设总兵镇守，春秋二季驻福州，夏冬二季驻镇东。设五寨钦依把总，以烽火、南日、浯屿三寨为正兵，小埕、铜山二寨为奇兵。复分福建地方为三路：以福宁为北路，辖福宁卫所军并陆营兵，烽火、小埕二寨；兴化为中路，辖福州、兴化、平海、泉州、永宁各卫所军并南日寨、兴泉二府陆营客兵；漳州为南路，辖漳州、镇海二卫所军并浯屿、铜山二寨及漳州陆兵。各设立参将驻札。寻改中、北二路参将为守备，以都指挥行事。隆庆间，设浯铜、海坛二游兵把总。万历四年，以南澳属闽广之交，设副总兵专驻，协守漳潮。又设元锺游兵隶焉。北路守备，万历二十年仍改为参将。二十二年，仍改建宁行都司为守备。二十三年，复题改中路守备为游击将军。
镇守寨游（俱据闽书）
督抚军门标下游击管领四营二游：曰标前营、曰标左营、曰标右营、曰标后营、曰标前游、曰标左游，皆名色把总领之。
镇守总兵标下坐营官统领一营二游：曰新前营、曰标前游、曰标右游，皆名色把总领之。
分守北路参将标下，浙营一、土营二，俱住福宁州，名色把总领之。烽火寨（水寨，北界浙江蒲门，南界连江濂澳）、小埕寨（水寨，在连江定海所，为省会门户），俱钦依把总一员。台山游（地属福宁，孤岛也，当闽之上游）、仑山游（与台山相峙外海，福宁门户也）、五虎游（在大海中），俱名色把总一员。
分守中路游击标下兴化前营（在兴化南门外，浙兵）、兴化左营（在府城北门外，浙兵）、平海右营（在平海城南门外，浙兵）、泉州旧营（在泉城东门外）、泉州新营（在泉城北门外），俱名色把总一员。南日寨（水寨，故在兴化青山巡司之东，环屿二十里，在海中，成化末移吉了），钦依把总一员。海坛游（在福清海坛山，为最冲）、湄州游（湄州屿在莆禧东海岛间，为最冲），俱名色把总一员。
分守南路参将标下前部中营（在漳州西门外，浙兵）、前部左营（浙兵，防守铜山）、前部右营（土兵，在六鳌所），俱名色把总一员。铜山寨（水寨，在诏安县铜山所西门澳），钦依把总一员。
泉南游击（天启初，以红夷设）辖浯屿、浯铜二游。浯屿寨（水寨，在同安极南，孤悬大海中，为漳州、海澄、同安门户，后以其孤远，移入厦门，而寨名仍旧），钦依把总一员。浯铜游（在同安县东嘉禾屿中左所）、鸿江游，俱名色把总一员。澎湖游（晋江海外绝岛），南路、泉南俱辖之，名色把总一员。
建宁守备（土兵营在建宁府城），建安、瓯宁、建阳、崇安四县地方，其汛地也。
汀漳守备，旧设，听南赣参将节制。宏治三年，议驻武平千户所，往来上杭督捕。
协守漳潮南澳副总兵（澳在漳、潮二州海岛中，四面阻水，可三百里）标下福营把总一员（营在镇城，与广营协守城池）。南澳游，钦依把总一员（官署二：一在南澳镇，一在元锺所）。
郡国利病书福州兵制论寨与游之初设：寨必用世冑及勋升者，欲尊其体统，令有以御舟师、慑众志也。游第用材官及良家于，所以便吾鞭弭，可使飞伏应援耳。故寨为正兵，而游为奇兵。寨可以分疆言，游难以汛地执也。近概题请钦依，一游一寨，相间以居，俾分疆不淆，而汛地各守。夫臂指不联，则秦越异视，辅车既隔，将唇齿莫依，殆与先臣请立之意异矣。
各府巡简司（卫所军，凡隙地、支地控驭所不及者更置巡司以承其弥缝焉）
福州府巡简司十二：闽县五虎门官母屿、闽安镇、侯官县竹崎、五县寨、长乐县松下、石梁焦山、小祉山、连江县北茭、永福县■〈氵〈癶上示下〉〉门、福清县壁头山、牛头山、泽朗山。旧有古田县榖口、杉洋各巡简司，后革。
兴化府巡简司七：莆田县迎仙寨、冲沁寨、嵌头、青山寨、吉了寨、大洋、仙游县白岭寨。
建宁府巡简司十：建安县筹岭、瓯宁县营头、崇安县分水关、浦城县盆亭、高泉、溪源、政和县赤岩、松溪县东关、二十四都、寿宁县渔溪。
延平府巡简司十：南平县沧峡、大历、将乐县万安、大田县桃源店、花桥、沙县北乡寨、尤溪县高才坂、顺昌县仁寿、永安县安砂、湖口。
汀州府巡简司八：长汀县古城寨、宁化县安远寨、武平县象洞寨、永平寨、清流县铁石矶头、连城县北团
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