启南北朝，还是具有相当高的价值的。它的类目比较齐全，反映的社会典章制度内容比较全面。《食货志》和《刑法志》叙事包罗东汉，可补《后汉书》之不足。《地理志》对研究魏晋之际行政区划变更，州县制的变迁，都很有作用。《晋书》十志，多出于学有所长的专家之手，内容比较精当。《天文志》、《律历志》、《五行志》为著名科学家李淳风所修，一直为世所称，其中《天文》、《律历》二志尤为精审。《天文志》记载了汉魏以来天文学的三大流派；盖天说、宣夜说和浑天说，并对浑天说作了肯定；《律历志》记载魏晋时期几种历法，保存了科技史的重要材料，具有重要价值。
《晋书》的缺点主要有三条：
其一是宣扬了君权神授的神学思想和封建纲常伦理观念。书中对晋朝的开国，作了神意论证，大谈兴亡有运，不可以力争等陈词滥调。书中又大讲孝亲尊君等封建伦理，详述王祥卧冰得鲤等等孝亲的事迹。天命有常与孝亲忠君相配合，为封建统治者服务的意图是明显的。
其二是成于众手，疏漏龟踔ι醵唷！督椤吩谡庖坏闵希恢笔艿郊テ溃迦？张熷在《读史举正》中，揭出《晋书》谬误多达450余条，可见问题的严重。
其三是对琐事异闻表现出浓厚的兴趣。书中采摭了大量鬼神妖异、因果报应等荒诞迷信的材料；也记载了很多无关大体的琐碎小事，如记述苻朗如何善于识味，卫玠如何美仪容等。《旧唐书。房玄龄传》中说这部书"好采诡谬碎事以广异闻"，是一针见血的。
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