人指责北京大学腐败，说入北大求学者都是为了做官发财，蔡先生说：“弭谤莫如自修，人讥我腐败，而我不腐败，问心无愧，于我何损？果欲达其做官发财之目的，则北京不少专门学校，又何必来北京大学？所以诸君须抱定宗旨，为求学而来。”这是1917年他任北大校长就职演说中的话。这样的话，现在没有人再说得出来。
然而事修而谤至。攻讦得最见学问的是林琴南发表在《公言报》上的《致蔡鹤卿太史书》。蔡的答书除对林所攻讦的“铲伦常”“废古书”两点予以辩明之外，并庄严申明他办大学的两项主张：
（一）对于学说，仿世界各大学通例，循“思想自由”原则，取兼容并包主义，与公所提出之“圆通广大”四字，颇不相背也。无论为何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之运命者，虽彼此相反，而悉听其自由发展。此义已于《月刊》之发刊词言之，抄奉一览。
（二）对于教员，以学诣为主。在校讲授，以无背于第一种之主张为界限。其在校外之言动，悉听自由，本校从不过问，亦不能代负责任。例如复辟主义，民国所排斥也，本校教员中，有拖长辫而持复辟论者，以其所授为英国文学，与政治无涉，则听之。筹安会之发起人，清议所指为罪人者也，本校教员中有其人，以其所授为古代文学，与政治无涉，则听之。嫖、赌、娶妾等事，本校进德会所戒也，教员中间有喜作侧艳之诗词，以纳妾、狎妓为韵事，以赌为消遣者，苟其功课不荒，并不诱学生而与之堕落，则姑听之。夫人才至为难得，若求全责备，则学校殆难成立。且公私之间，自有天然界限。譬如公曾译有《茶花女》《迦茵小传》《红礁画桨录》等小说，而亦曾在各学校讲授古文及伦理学，使有人诋公为此等小说体裁讲文学，以狎妓、奸通、争有妇之夫讲伦理者，宁值一笑欤？然则革新一派，即偶有过激之论，苟于校课无涉，亦何必强以其责任归之于学校耶？
这样的话，现在更没有人讲得出而且大半也不敢讲了。
1919年5月4日，以傅斯年为领袖的北大学生（亦有他校学生）京城大游行，又烧了赵家楼，作为北大校长的蔡元培视为“失职”而必须辞职。但他迟至5月8日才提出辞呈，原因无他，盖作为北大校长的他，深知当局逮捕学生是错误举动，如果他不能把被捕学生营救出来，同样是失职。故5月8日学生获保释后，他立即提出辞呈。而当大总统不接受他的辞呈，指令他“认真擘理，挽济艰难”，他来个自我放逐，登一则启事，自行离职去天津了。
他说：“我倦矣！‘杀君马者路旁儿。’‘民亦劳止，汔可小休。’我欲小休矣。北京大学校长之职，已正式辞去；其他向有关系之各学校、各集会，自五月九日起，一切脱离关系。”辞得痛快，走得潇洒。此种出言行事，百年以来可有第二人？因探讨蔡对中国哲学的现代化所作之贡献，而连类其人其学其言其事其行，文不能尽意，到此停住罢。
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