壬戌，玄司徒王謐與衆議推裕領揚州，裕固辭，乃以謐為侍中、領司徒、揚州刺史、錄尚書事，謐推裕為使持節、都督揚 徐 兗 豫 青 冀 幽 幷八州諸軍事、徐州刺史，劉毅為青州刺史，何無忌為琅邪內史，孟昶為丹陽尹，劉道規為義昌太守。
裕始至建康，諸大處分皆委於劉穆之，倉猝立定，無不允愜。裕遂託以腹心，動止諮焉；穆之亦竭節盡誠，無所遣隱。時晉政寬弛，綱紀不立，豪族陵縱，小民窮蹙，重以司馬元顯政令違舛，桓玄雖欲釐整，而科條繁密，衆莫之從。穆之斟酌時宜，隨方矯正；裕以身範物，先以威禁；內外百官皆肅然奉職，不盈旬日，風俗頓改。
初，諸葛長民至豫州，失期，不得發。刁逵執長民，檻車送桓玄。至當利而玄敗，送人共破檻出長民，還趣歷陽。逵棄城走，為其下所執，斬於石頭，子姪無少長皆死，唯赦其季弟給事中騁。逵故吏匿其弟子雍送洛陽，秦王興以為太子中庶子。裕以魏詠之為豫州刺史，鎮歷陽，諸葛長民為宣城內史。
初，裕名微位薄，輕狡無行，盛流皆不與相知，惟王謐獨奇貴之，謂裕曰：「卿當為一代英雄。」裕嘗與刁逵樗蒲，不時輸直，逵縛之馬枊。謐見之，責逵而釋之，代之還直。由是裕深憾逵而德謐。
蕭方等曰：夫蛟龍潛伏，魚蝦褻之。是以漢高赦雍齒，魏武免梁鵠，安可以布衣之嫌而成萬乘之隙也！今王謐為公，刁逵亡族，醻恩報怨，何其狹哉！
尚書左僕射王愉及子荊州刺史綏謀襲裕，事泄，族誅；綏弟子慧龍為僧彬所匿，得免。
魏以中土蕭條，詔縣戶不滿百者罷之。
丁卯，劉裕遷鎮東府。
桓玄至尋陽，郭昶之給其器用、兵力。辛未，玄逼帝西上，劉毅帥何無忌、劉道規等諸軍追之。玄留龍驤將軍何澹之、前將軍郭銓與郭昶之守湓口。玄於道自作起居注，敍討劉裕事，自謂經略舉無遺策，諸軍違節度，以致奔敗。專覃思著述，不暇與羣下議時事。起居注旣成，宣示遠近。
丙戌，劉裕稱受帝密詔，以武陵王遵承制總百官行事，加侍中、大將軍，因大赦，惟桓玄一族不宥。
劉敬宣、高雅之結青州大姓及鮮卑豪帥謀殺南燕主備德，推司馬休之為主。備德以劉軌為司空，甚寵信之。雅之欲邀軌同謀，敬宣曰：「劉公衰老，有安齊之志，不可告也。」雅之卒告之，軌不從。謀頗泄，敬宣等南走，南燕人收軌，殺之，追及雅之，又殺之。敬宣、休之至淮、泗間，聞桓玄敗，遂來歸，劉裕以敬宣為晉陵太守。
南燕主備德聞桓玄敗，命北地王鍾等將兵欲取江南，會備德有疾而止。
夏，四月，己丑，武陵王遵入居東宮，內外畢敬；遷除百官稱制書，敎稱令書。以司馬休之監荊 益 梁 寧 秦 雍六州諸軍事、領荊州刺史。
庚寅，桓玄挾帝至江陵，桓石康納之。玄更署置百官，以卞範之為尚書僕射。自以奔敗之後，恐威令不行，乃更增峻刑罰，衆益離怨。殷仲文諫，玄怒曰：「今以諸將失律，天文不利，故還都舊楚；而羣小紛紛，妄興異議！方當糾之以猛，未可施之以寬也。」荊、江諸郡聞玄播越，有上表奔問起居者，玄皆不受，更令所在賀遷新都。
初，王謐為玄佐命元臣，玄之受禪，謐手解帝璽綬；及玄敗，衆謂謐宜誅，劉裕特保全之。劉毅嘗因朝會，問謐璽綬所在。謐內不自安，逃奔曲阿。裕牋白武陵王，迎還復位。
桓玄兄子歆引氐帥楊秋寇歷陽，魏詠之帥諸葛長民、劉敬宣、劉鍾共擊破之，斬楊秋於練固。
玄使武衞將軍庾稚祖、江夏太守桓道恭帥數千人就何澹之等共守湓口。何無忌、劉道規至桑落洲，庚戌，澹之等引舟師逆戰。澹之常所乘舫羽儀旗幟甚盛，無忌曰：「賊帥必不居此，欲詐我耳，宜亟攻之。」衆曰：「澹之不在其中，得之無益。」無忌曰：「今衆寡不敵，戰無全勝，澹之旣不居此舫，戰士必弱，我以勁兵攻之，必得之，得之，則彼勢沮而我氣倍，因而薄之，破賊必矣。」道規曰：「善！」遂往攻而得之，因傳呼曰：「已得何澹之矣！」澹之軍中驚擾。無忌之衆亦以為然，乘勝進攻澹之等，大破之。無忌等克湓口，進據尋陽，遣使奉送宗廟主祏還京師。加劉裕都督江州諸軍事。
桑落之戰，胡藩所乘艦為官軍所燒，藩全鎧入水，潛行三十許步，乃得登岸。時江陵路已絕，乃還豫章。劉裕素聞藩為人忠直，引參領軍軍事。
桓玄收集荊州兵，曾未三旬，有衆二萬，樓船、器械甚盛。甲寅，玄復帥諸軍挾帝東下，以苻宏領梁州刺史，為前鋒；又使散騎常侍徐放先行，說劉裕等曰：「若能旋軍散甲，當與之更始，各授位任，令不失分。」
劉裕以諸葛長民都督淮北諸軍事，鎮山陽；以劉敬宣為江州刺史。
柔然可汗社崙從弟悅代大〈冄阝〉謀殺社崙，不克，奔魏。
燕王熙於龍騰苑起逍遙宮，連房數百，鑿曲光海，盛夏，士卒不得休息，暍死者太半。
西涼世子譚卒。
劉毅、何無忌、劉道規、下邳太守平昌孟懷玉帥衆自尋陽西上，五月，癸酉，與桓玄遇於崢嶸洲。毅等兵不滿萬人，而玄戰士數萬，衆憚之，欲退還尋陽。道規曰：「不可！彼衆我寡，強弱異勢，今若畏懦不進，必為所乘，雖至尋陽，豈能自固！玄雖竊名雄豪，內實恇怯；加之已經奔敗，衆無固心。決機兩陣，將雄者克，不在衆也。」因麾衆先進，毅等從之。玄常漾舸於舫側以備敗走，由是衆莫有鬬心。毅等乘風縱火，盡銳爭先，玄衆大潰，燒輜重夜遁。郭銓詣毅降。
玄故將劉統、馮稚等聚黨四百人襲破尋陽城。毅遣建威將軍劉懷肅討平之。懷肅，懷敬之弟也。
玄挾帝單舸西走，留永安何皇后及王皇后於巴陵。殷仲文時在玄艦，求出別船收集散卒，因叛玄，奉二后奔夏口，遂還建康。
己卯，玄與帝入江陵。馮該勸使更下戰，玄不從；欲奔漢中就桓希，而人情乖沮，號令不行。庚辰，夜中，處分欲發，城內已亂，乃與親近腹心百餘人乘馬出城西走。至城門，左右於闇中斫玄，不中，其徒更相殺害，前後交橫。玄僅得至船，左右分散，惟卞範之在側。
辛巳，荊州別駕王康產奉帝入南郡府舍，太守王騰之帥文武為侍衞。
玄將之漢中；屯騎校尉毛脩之，璩之弟子也，誘玄入蜀，玄從之。寧州刺史毛璠，璩之弟也，卒於官。璩使其兄孫祐之及參軍費恬帥數百人送璠喪歸江陵，壬午，遇玄於枚回洲。祐之、恬迎擊玄，矢下如雨，玄嬖人丁仙期、萬蓋等以身蔽玄，皆死。益州督護漢嘉馮遷抽刀，前欲擊玄，玄拔頭上玉導與之，曰：「汝何人，敢殺天子！」遷曰：「我殺天子之賊耳！」遂斬之，又斬桓石康、桓濬、庾賾之，執桓昇送江陵，斬於市。乘輿返正於江陵，以毛脩之為驍騎將軍。甲申，大赦，諸以畏逼從逆者一無所問。戊寅，奉神主于太廟。劉毅等傳送玄首，梟于大桁。
毅等旣戰勝，以為大事已定，不急追躡，又遇風，船未能進，玄死幾一旬，諸軍猶未至。時桓謙匿於沮中，揚武將軍桓振匿於華容浦，玄故將王稚徽戍巴陵，遣人報振云「桓歆已克京邑，馮稚復克尋陽，劉毅諸軍並中路敗退。」振大喜，聚黨得二百人，襲江陵，桓謙亦聚衆應之。閏月，己丑，復陷江陵，殺王康產、王騰之。振見帝於行宮，躍馬奮戈，直至階下，問桓昇所在。聞其已死，瞋目謂帝曰：「臣門戶何負國家，而屠滅若是！」琅邪王德文下牀謂曰：「此豈我兄弟意邪！」振欲殺帝，謙苦禁之，乃下馬，斂容致拜而出。壬辰，振為玄舉哀，立喪庭，諡曰武悼皇帝。
癸巳，謙等帥羣臣奉璽綬於帝曰：「主上法堯禪舜，今楚祚不終，百姓之心復歸於晉矣。」以琅邪王德文領徐州刺史，振為都督八州諸軍事、荊州刺史，謙復為侍中、衞將軍，加江、豫二州刺史，帝侍御左右，皆振之心腹也。
振少薄行，玄不以子妷齒之。至是，歎曰：「公昔不早用我，遂致此敗。若使公在，我為前鋒，天下不足定也。今獨作此，安歸乎？」遂縱意酒色，肆行誅殺。謙勸振引兵下戰，己守江陵，振素輕謙，不從其言。
劉毅至巴陵，誅王稚徽。何無忌、劉道規進攻桓謙於馬頭，桓蔚於龍泉，皆破之。蔚，祕之子也。
無忌欲乘勝直趣江陵，道規曰：「兵法屈申有時，不可苟進。諸桓世居西楚，羣小皆為竭力；振勇冠三軍，難與爭鋒。且可息兵養銳，徐以計策縻之，不憂不克。」無忌不從。振逆戰於靈溪，馮該以兵會之，無忌等大敗，死者千餘人。退還尋陽，與劉毅等上牋請罪。劉裕以毅節度諸軍，免其青州刺史。桓振以桓蔚為雍州刺史，鎮襄陽。
柳約之、羅述、甄季之聞桓玄死，自白帝進軍至枝江，聞何無忌等敗於靈溪，亦引兵退，俄而述、季之皆病，約之詣桓振偽降，欲謀襲振，事泄，振殺之。約之司馬時延祖、涪陵太守文處茂收其餘衆，保涪陵。
六月，毛璩遣將攻漢中，斬桓希，璩自領梁州。
秋，七月，戊申，永安皇后何氏崩。
燕苻昭儀有疾，龍城人王榮自言能療之。昭儀卒，燕王熙立榮於公車門，支解而焚之。
八月，癸酉，葬穆章皇后于永平陵。
魏置六謁官，準古六卿。
九月，刁騁謀反，伏誅，刁氏遂亡。刁氏素富，奴客縱橫，專固山澤，為京口之患。劉裕散其資蓄，令民稱力而取之，彌日不盡；時州郡饑弊，民賴之以濟。
乞伏乾歸及楊盛戰于竹嶺，為盛所敗。
西涼公暠立子歆為世子。
魏主珪臨昭陽殿改補百官，引朝臣文武，親加銓擇，隨才授任。列爵四等：王封大郡，公封小郡，侯封大縣，伯封小縣。其品第一至第四，舊臣有功無爵者追封之，宗室疏遠及異姓襲封者降爵有差。又置散官五等，其品第五至第九；文官造士才能秀異、武官堪為將帥者，其品亦比第五至第九；百官有闕，則取於其中以補之。其官名多不用漢、魏之舊，倣上古龍官、鳥官，謂諸曹之使為鳧鴨，取其飛之迅疾也；謂候官伺察者為白鷺，取其延頸遠望也；餘皆類此。
盧循寇南海，攻番禺。廣州刺史濮陽吳隱之拒守百餘日。冬，十月，壬戌，循夜襲城而陷之，燒府舍、民室俱盡，執吳隱之。循自稱平南將軍，攝廣州事。聚燒骨為共冢，葬於洲上，得髑髏三萬餘枚。又使徐道覆攻始興，執始興相阮腆之。
劉裕領青州刺史。
劉敬宣在尋陽，聚糧繕船，未嘗無備，故何無忌等雖敗退，賴以復振。桓玄兄子亮自稱江州刺史，寇豫章，敬宣擊破之。
劉毅、何無忌、劉道規復自尋陽西上，至夏口。桓振遣鎮東將軍馮該守東岸，揚武將軍孟山圖據魯山城，輔國將軍桓仙客守偃月壘，衆合萬人，水陸相援。毅攻魯山城，道規攻偃月壘，無忌遏中流，自辰至午，二城俱潰，生禽山圖、仙客，該走石城。
辛巳，魏大赦，改元天賜。築西宮。十一月，魏主珪如西宮，命宗室置宗師，八國置大師、小師，州郡亦各置師，以辨宗黨，舉才行，如魏、晉中正之職。
燕王熙與苻后遊畋，北登白鹿山，東踰青嶺，南臨滄海而還，土卒為虎狼所殺及凍死者五千餘人。
十二月，劉毅等進克巴陵。毅號令嚴整，所過百姓安悅。劉裕復以毅兗州刺史。
桓振以桓放之為益州刺史，屯西陵；文處茂擊破之，放之走還江陵。
高句麗侵燕。
戊辰，魏主珪如豺山宮。
是歲，晉民避亂，襁負之淮北者道路相屬。
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