，急攻則傷士卒，緩之則曠日持久。周留城，虜之巢穴，羣凶所聚，除惡務本，宜先攻之，若克周留，諸城自下。」於是仁師、仁願與新羅王法敏將陸軍以進，仁軌與別將杜爽、扶餘隆將水軍及糧船自熊津入白江，以會陸軍，同趣周留城。遇倭兵於白江口，四戰皆捷，焚其舟四百艘，煙炎灼天，海水皆赤。百濟王豐脫身奔高麗，王子忠勝、忠志等帥衆降，百濟盡平，唯別帥遲受信據任存城，不下。
初，百濟西部人黑齒常之，長七尺餘，驍勇有謀略，仕百濟為達率兼郡將，猶中國刺史也。蘇定方克百濟，常之帥所部隨衆降。定方縶其王及太子，縱兵劫掠，壯者多死。常之懼，與左右十餘人遁歸本部，收集亡散，保任存山，結柵以自固，旬月間歸附者三萬餘人。定方遣兵攻之，常之拒戰，唐兵不利；常之復取二百餘城，定方不能克而還。常之與別部將沙吒相如各據險以應福信，百濟旣敗，皆帥其衆降。劉仁軌使常之、相如自將其衆，取任存城，仍以糧仗助之。孫仁師曰：「此屬獸心，何可信也！」仁軌曰：「吾觀二人皆忠勇有謀，敦信重義；但曏者所託，未得其人，今正是其感激立效之時，不用疑也。」遂給其糧仗，分兵隨之，攻拔任存城，遲受信棄妻子，奔高麗。
詔劉仁軌將兵鎮百濟，召孫仁師、劉仁願還。百濟兵火之餘，比屋彫殘，殭尸滿野。仁軌始命瘞骸骨，籍戶口，理村聚，署官長，通道塗，立橋樑，補隄堰，復陂塘，課耕桑，賑貧乏，養孤老，立唐社稷，頒正朔及廟諱；百濟大悅，闔境各安其業。然後脩屯田，儲糗糧，訓士卒，以圖高麗。
劉仁願至京帥，上問之曰：「卿在海東，前後奏事，皆合機宜，復有文理。卿本武人，何能如是？」仁願曰：「此皆劉仁軌所為，非臣所及也。」上悅，加仁軌六階，正除帶方州刺史，為築第長安，厚賜其妻子，遣使齎璽書勞勉之。上官儀曰：「仁軌遭黜削而能盡忠，仁願秉節制而能推賢，皆可謂君子矣。」
冬，十月，辛巳朔，詔太子每五日於光順門內視諸司奏事，其事之小者，皆委太子決之。
十二月，庚子，詔改來年元。
壬寅，以安西都護高賢為行軍總管，將兵擊弓月以救于闐。
是歲，大食擊波斯、拂菻，破之；南侵婆羅門，吞滅諸胡，勝兵四十餘萬。
高宗麟德元年（甲子，公元六六四年）
春，正月，甲子，改雲中都護府為單于大都護府，以殷王旭輪為單于大都護。
初，李靖破突厥，遷三百帳于雲中城，阿史德氏為之長。至是，部落漸衆，阿史德氏詣闕，請如胡法立親王為可汗以統之。上召見，謂曰：「今之可汗，古之單于也。」故更為單于都護府，而使殷王遙領之。
二月，戊子，上行幸萬年宮。
夏，四月，壬子，衞州刺史道孝王元慶薨。
丙午，魏州刺史郇公孝協坐贓，賜死。司宗卿隴西王傅乂等奏孝協父叔良死王事，孝協無兄弟，恐絕嗣。上曰：「畫一之法，不以親疏異制，苟害百姓，雖皇太子亦所不赦。孝協有一子，何憂乏祀乎！」孝協竟自盡於第。
五月，戊申朔，遂州刺史許悼王孝薨。
乙卯，於昆明之弄棟川置姚州都督府。
秋，七月，丁未朔，詔以三年正月有事於岱宗。
八月，丙子，車駕還京師，幸舊宅，留七月；壬午，還蓬萊宮。
丁亥，以司列太常伯劉祥道兼右相，大司憲竇德玄為司元太常伯、檢校左相。
冬，十月，庚辰，檢校熊津都督劉仁軌上言：「臣伏覩所存戍兵，疲羸者多，勇健者少，衣服貧敝，唯思西歸，無心展効。臣問以『往在海西，見百姓人人應募，爭欲從軍，或請自辦衣糧，謂之「義征」，何為今日士卒如此？』咸言：『今日官府與曩時不同，人心亦殊。曩時東西征役，身沒王事，並蒙敕使弔祭，追贈官爵，或以死者官爵回授子弟，凡渡遼海者，皆賜勳一轉。自顯慶五年以來，征人屢經渡海，官不記錄，其死者亦無人誰何。州縣每發百姓為兵，其壯而富者，行錢參逐，皆亡匿得免；貧者身雖老弱，被發卽行。頃者破百濟及平壤苦戰，當是時將帥號令，許以勳賞，無所不至；及達西岸，惟聞枷鎖推禁，奪賜破勳，州縣追呼，無以自存，公私困弊，不可悉言。以是昨發海西之日已有逃亡自殘者，非獨至海外而然也。又，本因征役勳級以為榮寵；而比年出征，皆使勳官挽引，勞苦與白丁無殊，百姓不願從軍，率皆由此。』臣又問：『曩日士卒留鎮五年，尚得支濟，今爾等始經一年，何為如此單露？』咸言：『初發家日，惟令備一年資裝；今已二年，未有還期。』臣檢校軍士所留衣，今冬僅可充事，來秋以往，全無準擬。陛下留兵海外，欲殄滅高麗。百濟、高麗，舊相黨援，倭人雖遠，亦共為影響，若無鎮兵，還成一國。今旣資戍守，又置屯田，所藉士卒同心同德，而衆有此議，何望成功！自非有所更張，厚加慰勞，明賞重罰以起士心，若止如今日以前處置，恐師衆疲老，立效無日。逆耳之事，或無人為陛下盡言，故臣披露肝膽，昧死奏陳。」
上深納其言，遣右威衞將軍劉仁願將兵渡海以代舊鎮之兵，仍敕仁軌俱還。仁軌謂仁願曰：「國家懸軍海外，欲以經略高麗，其事非易。今收穫未畢，而軍吏與士卒一時代去，軍將又歸；夷人新服，衆心未安，必將生變。不如且留舊兵，漸令收穫，辦具資糧，節級遣還；軍將且留鎮撫，未可還也。」仁願曰：「吾前還海西，大遭讒謗，云吾多留兵衆，謀據海東，幾不免禍。今日唯知准敕，豈敢擅有所為！」仁軌曰：「人臣苟利於國，知無不為，豈恤其私！」乃上表陳便宜，自請留鎮海東。上從之。仍以扶餘隆為熊津都尉，使招輯其餘衆。
初，武后能屈身忍辱，奉順上意，故上排羣議而立之；及得志，專作威福，上欲有所為，動為后所制，上不勝其忿。有道士郭行真，出入禁中，嘗為厭勝之術，宦者王伏勝發之。上大怒，密召西臺侍郎、同東西臺三品上官儀議之。儀因言：「皇后專恣，海內所不與，請廢之。」上意亦以為然，卽命儀草詔。
左右奔告于后，后遽詣上自訴。詔草猶在上所，上羞縮不忍，復待之如初；猶恐后怨怒，因紿之曰：「我初無此心，皆上官儀敎我。」儀先為陳王諮議，與王伏勝俱事故太子忠，后於是使許敬宗誣奏儀、伏勝與忠謀大逆。十二月，丙戌，儀下獄，與其子庭芝、王伏勝皆死，籍沒其家。戊子，賜忠死于流所。右相劉祥道坐與儀善，罷政事，為司禮太常伯，左肅機鄭欽泰等朝士流貶者甚衆，皆坐與儀交通故也。
自是上每視事，則后垂簾於後，政無大小，皆與聞之。天下大權，悉歸中宮，黜陟、生殺，決於其口，天子拱手而已，中外謂之二聖。
太子右中護 檢校西臺侍郎樂彥瑋、西臺侍郎孫處約並同東西臺三品。
高宗麟德二年（乙丑，公元六六五年）
春，正月，丁卯，吐蕃遣使入見，請復與吐谷渾和親，仍求赤水地畜牧，上不許。
二月，壬午，車駕發京師，丁酉，至合璧宮。
上語及隋煬帝，謂侍臣曰：「煬帝拒諫而亡，朕常以為戒，虛心求諫；而竟無諫者，何也？」李勣對曰：「陛下所為盡善，羣臣無得而諫。」
三月，甲寅，以兼司戎太常伯姜恪同東西臺三品。恪，寶誼之子也。辛未，東都乾元殿成。閏月，壬申朔，車駕至東都。疏勒弓月引吐蕃侵于闐。敕西州都督崔知辯、左武衞將軍曹繼叔將兵救之。
夏，四月，戊辰，左侍極陸敦信檢校右相；西臺侍郎孫處約、太子右中護 檢校西臺侍郎樂彥瑋並罷政事。
祕閣郎中李淳風以傅仁均戊寅曆推步浸疏，乃增損劉焯皇極曆，更撰麟德曆；五月，辛卯，行之。
秋，七月，己丑，兗州都督鄧康王元裕薨。
上命熊津都尉扶餘隆與新羅王法敏釋去舊怨；八月，壬子，同盟于熊津城。劉仁軌以新羅、百濟、耽羅、倭國使者浮海西還，會祠泰山，高麗亦遣太子福男來侍祠。
冬，十月，癸丑，皇后表稱「封禪舊儀，祭皇地祇，太后昭配，而令公卿行事，禮有未安，至日，妾請帥內外命婦奠獻。」詔：「禪社首以皇后為亞獻，越國太妃燕氏為終獻。」壬戌，詔：「封禪壇所設上帝、后土位，先用藁秸、陶匏等，並宜改用茵褥、罍爵，其諸郊祀亦宜準此。」又詔：「自今郊廟享宴，文舞用功成慶善之樂，武舞用神功破陳之樂。」
丙寅，上發東都，從駕文武儀仗，數百里不絕。列營置幕，彌亙原野。東自高麗，西至波斯、鳥長諸國朝會者，各帥其屬扈從，穹廬毳幕，牛羊駝馬，填咽道路。時比歲豐稔，米斗至五錢，麥、豆不列于市。
十一月，戊子，上至濮陽，竇德玄騎從。上問：「濮陽謂之帝丘，何也？」德玄不能對。許敬宗自後躍馬而前曰：「昔顓頊居此，故謂之帝丘。」上稱善。敬宗退，謂人曰：「大臣不可以無學；吾見德玄不能對，心實羞之。」德玄聞之曰：「人各有能有不能，吾不強對以所不知，此吾所能也。」李勣曰：「敬宗多聞，信美矣；德玄之言亦善也。」
壽張人張公藝九世同居，齊、隋、唐皆旌表其門。上過壽張，幸其宅，問所以能共居之故，公藝書「忍」字百餘以進。上善之，賜以縑帛。
十二月，丙午，車駕至齊州，留十日。丙辰，發靈巖頓，至泰山下，有司於山南為圓壇，山上為登封壇，社首山上為降禪方壇。
高宗乾封元年（丙寅，公元六六六年）
春，正月，戊辰朔，上祀昊天上帝于泰山南。己巳，登泰山，封玉牒，上帝冊藏以玉匱，配帝冊藏以金匱，皆纏以金繩，封以金泥，印以玉璽，藏以石〈石感〉。庚午，降禪于社首，祭皇地祇。上初獻畢，執事者皆趨下。宦者執帷，皇后升壇亞獻，帷帟皆以錦繡為之；酌酒，實俎豆，登歌，皆用宮人。壬申，上御朝覲壇，受朝賀；赦天下，改元。文武官三品已上賜爵一等，四品已下加一階。先是階無泛加，皆以勞考敍進，至五品三品，仍奏取進止，至是始有泛階，比及末年，服緋者滿朝矣。
時大赦，惟長流人不聽還，李義府憂憤發病卒。自義府流竄，朝士日憂其復入，及聞其卒，衆心乃安。
丙戌，車駕發泰山；辛卯，至曲阜，贈孔子太師，以少牢致祭。癸未，至亳州，謁老君廟，上尊號曰太上玄元皇帝。丁丑，至東都，留六日；甲申，幸合璧宮；夏，四月，甲辰，至京師，謁太廟。
庚戌，左侍極兼檢校右相陸敦信以老疾辭職，拜大司成，兼左侍極，罷政事。
五月，庚寅，鑄乾封泉寶錢，一當十，俟期年盡廢舊錢。
高麗泉蓋蘇文卒，長子男生代為莫離支，初知國政，出巡諸城，使其弟男建、男產知留後事。或謂二弟曰：「男生惡二弟之逼，意欲除之，不如先為計。」二弟初未之信。又有告男生者曰：「二弟恐兄還奪其權，欲拒兄不納。」男生潛遣所親往平壤伺之，二弟收掩，得之，乃以王命召男生。男生懼，不敢歸；男建自為莫離支，發兵討之。男生走保別城，使其子獻誠詣闕求救。六月，壬寅，以右驍衞大將軍契苾何力為遼東道安撫大使，將兵救之；以獻誠為右武衞將軍，使為鄉導。又以右金吾衞將軍龐同善、營州都督高侃為行軍總管，同討高麗。
秋，七月，乙丑朔，徙殷王旭輪為豫王。
以大司憲兼檢校太子左中護劉仁軌為右相。
初，仁軌為給事中，按畢正義事，李義府怨之，出為青州刺史。會討百濟，仁軌當浮海運糧，時未可行，義府督之，遭風失船，丁夫溺死甚衆，命監察御史袁異式往鞫之。義府謂異式曰：「君能辦事，勿憂無官。」異式至，謂仁軌曰：「君與朝廷何人為讎，宜早自為計。」仁軌曰：「仁軌當官不職，國有常刑，公以法斃之，無所逃命。若使遽自引決以快讎人，竊所未甘！」乃具獄以聞。異式將行，仍自掣其鎖。獄上，義府言於上曰：「不斬仁軌，無以謝百姓。」舍人源直心曰：「海風暴起，非人力所及。」上乃命除名，以白衣從軍自效。義府又諷劉仁願使害之，仁願不忍殺。及為大司憲，異式懼，不自安，仁軌瀝觴告之曰：「仁軌若念疇昔之事，有如此觴！」仁軌旣知政事，異式尋遷詹事丞；時論紛然，仁軌聞之，遽薦為司元大夫。監察御史杜易簡謂人曰：「斯所謂矯枉過正矣！」
八月，辛丑，司元太常伯兼檢校左相竇德玄薨。
初，武士彠娶相里氏，生男元慶、元爽；又娶楊氏
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