，安穆虑事发，驰归。时玄以迈为竟陵太守，迈便下船，欲之郡。是夜玄与迈书曰：「北府人情云何？卿近见刘裕何所道？」迈谓玄已知其谋，晨起白之。玄惊，封迈为重安侯，又以不执安穆故杀之，诛元德、扈兴、厚之等。乃遣顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷北拒义军。先是，帝造游击将军何澹之，左右见帝光曜满室，以告澹之，澹之以白玄，玄不以为意，至是，闻义兵起，甚惧。或曰：「裕等甚弱，陛下何虑之深？」玄曰：「刘裕足为一世之雄，刘毅家无儋石之储，摴蒱一掷百万，何无忌，刘牢之之外甥，酷似其舅，共举大事，何谓无成。」时众推帝为盟主，以孟昶为长史，总后事，檀凭之为司马，百姓愿从者千余人。军次竹里，移檄都下曰：
夫成败相因，理不常泰，狡焉肆虐，或遇圣明。自我大晋，屡遘阳九，隆安以来，皇家多故，贞良弊于豺狼，忠臣碎于虎口。逆臣桓玄敢肆陵慢，阻兵荆郢，肆暴都邑，天未忘难，凶力实繁，踰年之间，遂倾皇祚。主上播越，流幸非所，神器沉辱，七庙毁坠，虽夏后之离浞、豷，有汉之遭莽、卓，方之于兹，未足为喻。自玄篡逆，于今历载，弥年亢旱，人不聊生，士庶疲于转输，文武困于板筑，室家分析，父子乖离，岂惟大东有杼轴之悲，摽梅有顷筐之怨而已哉！仰观天文，俯察人事，此而可存，孰有可亡！凡在有心，谁不扼腕。裕等所以叩心泣血，不遑启处者也。
是故夕寐宵兴，搜奖忠烈，潜构崎岖，过于履虎，乘机奋发，义不图全。辅国将军刘毅、广武将军何无忌、镇北主簿孟昶、兖州主簿魏咏之、宁远将军刘道规、龙骧参军刘藩、振威将军檀凭之等，忠烈断金，精贯白日，荷戈俟奋，志在毕命。益州刺史毛璩，万里齐契，扫定荆楚。江州刺史郭昶之奉迎主上，宫于寻阳。镇北参军王元德等并率部曲，保据石头。扬武将军诸葛长人收集义士，已据历阳。征虏参军庾赜之等潜相连结，以为内应。同力协契，所在蜂起，即日斩伪徐州刺史安成王修、青州刺史弘。义众既集，文武争先，咸谓不有一统，则事无以辑。裕辞不获命，遂总军要，庶上凭祖宗之灵，下罄义夫之节，翦馘逋逆，荡清京华。公侯诸君，或世树忠贞，或身荷爵宠，而并俛眉猾竖，无由自效，顾瞻周道，宁不吊乎！今日之举，良其会也。裕以虚薄，才非古人，受任于既颓之运，接势于已替之机，丹诚未宣，感慨愤激。望霄汉以永怀，眄山川以增伫，投檄之日，神驰贼庭。三月戊午，遇吴甫之于江乘，帝躬执长刀，大呼，即斩甫之。进至罗落桥，遇皇甫敷，檀凭之战败，死之，众退，帝进战弥厉，又斩敷首。初，帝建大谋，有工相者相帝与无忌等近当大贵，惟云凭之无相。至是，凭之战死，帝知其事必捷。
玄闻敷等没，使桓谦屯东陵口，卞范之屯覆舟山西。己未，义军进至覆舟东，张疑兵，以油帔冠诸树，布满山谷。帝先驰之，将士皆殊死战，无不一当百，呼声动天地。因风纵火，烟焰张天，谦等大败。玄始虽遣军，而走意已决，别遣领军殷仲文具舟石头，闻谦败，轻船南逸。
庚申，帝镇石头城，立留台百官，焚桓温主于宣阳门外，造晋新主于太庙。遣诸将追玄，命尚书王嘏率百官奉迎乘舆。司徒王谧与众议推帝领扬州，帝固辞，乃以谧为录尚书事、领扬州刺史，帝为镇军将军、都督八州诸军事、徐州刺史、领军将军。
初，晋陵人韦叟善相术，桓修令相帝当得州不，叟曰：「当得边州刺史。」退而私于帝曰：「君相贵不可言。」帝笑曰：」若中，当相用为司马。」至是，叟诣帝曰：「成王不负桐叶之信，公亦应不忘司马之言。今不敢希镇军司马，愿得领军佐。」于是用焉。
时诸葛长人失期，为刁逵执送，未至而玄败。玄经寻阳，江州刺史郭昶之为具乘舆法物。初，荆州刺史王绥以江左冠族，又桓氏之甥，素甚陵帝，至是，及其父尚书左仆射愉有自疑志，并及诛。
四月戊子，奉武陵王遵为大将军，承制，大赦，惟桓玄一祖后不免。桓玄之篡，王谧佐命，手解安帝玺绂。及义旗建，众谓谧宜诛，惟帝素德谧，保持之。刘毅尝因朝会，问谧玺绂所在，谧益惧。及王愉父子诛，谧从弟谌谓谧曰：「王驹无罪而诛，此是翦除胜己，兄既桓氏党附，求免得乎？」驹，愉小字也。谧惧，奔曲阿。帝笺白大将军迎还，复其位。
玄挟天子走江陵，又浮江东下，与刘毅、何无忌、刘道规等遇于峥嵘洲，众军大破之。玄党殷仲文奉晋二皇后还建邺。玄复挟天子至江陵，因走南郡，太守王腾之、荆州别驾王康产奉天子入南郡府。
初，益州刺史毛璩遣从孙佑之与参军费恬送弟丧下州，璩弟子修之时为玄屯骑校尉，诱玄入蜀，至枚回洲，恬与佑之迎射之，益州督护冯迁斩玄，传首建邺。玄从子振逃于华容之涌中，招集逆党，袭江陵城，腾之、康产皆被杀。桓谦先匿沮川，亦聚众应振。为玄举哀，立丧庭。谦率众官奉玺绶于安帝。刘毅、何无忌进及桓振战，败绩于灵溪。
十月，帝领青州刺史，甲仗百人入殿。
义熙元年正月，毅等至江津，破桓谦、桓振，江陵平。三月甲午，晋帝至自江陵。庚子，诏进帝侍中、车骑将军、都督中外诸军、录尚书事。帝固让，旋镇丹徒。九月乙巳，加帝领兖州刺史。卢循浮海破广州，获刺史吴隐之，即以循为广州刺史，以其党徐道覆为始兴相。
二年三月，进帝督交、广二州。十月，论匡复勋，封帝豫章郡公，邑万户，赐绢三万疋。其余封赏各有差。三年十二月，司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨。四年正月，征帝入辅，授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，徐、兖二州刺史如故。表解兖州。先是，帝遣冠军刘敬宣伐蜀贼谯纵，无功而还。九月，帝以敬宣挫退，逊位，不许。十月，乃降为中军将军，开府如故。五年二月，伪燕主慕容超大掠淮北。三月，帝抗表北讨，以丹阳尹孟昶监中军留府事。乃浮淮入泗，五月，至下邳，留船，步军进琅邪，所过筑城留守。
超大将公孙五楼请断大岘，坚壁清野以待，超不从。初谋是役，议者以为贼若严守大岘，军无所资，何能自反？帝曰：「不然。鲜卑性贪，略不及远，既幸其胜，且爱其谷，必将引我，且亦轻战。师一入岘，吾何患焉。」及入岘，帝举手指天曰：「吾事济矣。」众问其故，帝曰：「师既过险，士有必死之志，余粮栖亩，军无匮乏之忧，胜可必矣。」
六月，超留羸老守广固，使其广宁王贺刺卢及公孙五楼悉力据临朐。去城四十里有巨蔑水，超告五楼急据之。比至，为龙骧将军孟龙符所保，五楼乃退。
大军分车四千两为二翼，方轨徐行，车张幰，御者执肖，以骑为游军，军令严肃。比及临朐，贼骑交至，帝命兖州刺史刘藩、并州刺史刘道怜等陷其阵。日向昃，战犹酣，帝用参军胡藩策，袭克临朐，贼乃大奔。超遁还广固，获其玉玺、豹尾、辇等，送于都。丙子，克广固大城，超固其小城。乃设长围以守之，馆谷于青土，停江、淮转输。七月，超尚书郎张纲乞师于姚兴，自长安反，泰山太守申宣执送之。纲有巧思，先是，帝修攻具，城上人曰：「汝不得张纲，何能为也。」及至，升诸楼车以示之，城内莫不失色。超既求救不获，纲反见虏，乃求称藩，割大岘为界，献马千匹，不听。时姚兴遣使，声言将涉淮左，帝谓曰：「尔报姚兴，我定青州，将过函谷，虏能自送，今其时矣。」录事参军刘穆之遽入曰：「此言不足威敌，容能怒彼。若鲜卑未拔，西羌又至，公何以待之？」帝乃笑曰：「此兵机也，非子所及。羌若能救，不有先声，是自强也。」
十月，张纲修攻具成，设飞楼县梯，木幔板屋，冠以牛皮，弓矢无所用之。刘毅遣上党太守赵恢以千余人来援，帝夜潜遣军会之。明旦，恢众五千，方道而进，每晋使将到，辄复如之。六年二月丁亥，屠广固，超踰城走，追获之，斩于建康市。杀其王公以下，纳生口万余，马二千匹。
初，帝之北也，徐道覆劝卢循乘虚而出，循不从，道覆乃至番禺说循曰：「今日之机，万不可失。若克京都，刘公虽还，无能为也。」循从之。是月，寇南康、庐陵、豫章诸郡，郡守皆奔走。时帝将镇下邳，进兵河、洛，及征使至，即日班师。镇南将军何无忌与道覆战，败死于豫章，内外震骇，朝议欲奉乘舆北走。帝次山阳，闻败，卷甲与数十人造江上征问，知贼尚未至。
四月癸未，帝至都。刘毅自表南征，帝以贼新捷锋锐，须严军偕进，使刘藩止之，毅不从。五月壬午，卢循败毅于桑落洲。及审帝凯入，相视失色，欲还寻阳，平江陵，据二州以抗朝廷。道覆请乘胜遂下，争之旬日，乃从。
于时北师始还，伤痍未复，战士才数千，贼众十余万，舳舻亘千里。孟昶、诸葛长人惧，欲拥天子过江，帝曰：「今兵士虽少，犹足一战，若其克济，臣主同休；如其不然，不复能草间求活，吾计决矣。」初，帝征慕容超，惟孟昶劝行，丙辰，昶乃表天子，引罪，仰药而死。
时议者欲分兵屯守诸津，帝曰：「贼众我寡，分其兵则人测虚实，一处失利，则沮三军之心，若聚众石头，则众力不分。」戊午，帝移镇石城。乙丑，贼大至，帝曰：「贼若新亭直上，且将避之；若回泊蔡洲，成禽耳。」徐道覆欲自新亭焚舟而战，循多疑少决，每求万全，乃泊蔡洲以待军溃。帝登石头以望，见之，悦。庚辰，贼设伏于南岸，疑兵向白石。帝率刘毅、诸葛长人北拒焉，留参军徐赤特戍查浦，戒令勿战。帝既北，贼焚查浦而至张侯桥，赤特与战，大败，贼进屯丹阳郡。帝驰还石头，斩徐赤特。解甲久之，乃出阵于南塘。七月庚申，循自蔡洲退，将还归寻阳，帝遣辅国将军王仲德等追之。使建威将军孙处自海道袭番禺，戒之曰：「我十二月必破祅寇，卿亦足至番禺，先倾其巢窟也。」
十月，帝率舟师南伐，使刘毅监太尉留府。是月，徐道覆寇江陵，荆州刺史刘道规大破之，道覆走还湓口。十一月，孙处至番禺，克其城，卢循父嘏奔始兴，处抚其人以守。十二月己卯，大军次大雷。庚辰，贼方江而下，帝躬提幡鼓，命众军齐力击之，军中多万钧神弩，所至莫不摧陷。帝自于中流蹙之，因风水之势，贼舰悉薄西岸，岸上军先备火具焚之，大败。循还寻阳，遂走豫章，悉力栅左里。丙申，大军次左里，将战，帝麾之，麾竿折，幡沈于水，众咸惧，帝笑曰：「昔覆舟之役亦如此，今胜必矣。」攻其栅，循单舸走，众皆降。师旋，晋帝遣侍中黄门劳师于行所。
七年正月己未，振旅而归，改授大将军、扬州牧，给班剑二十人，本官并如故。固辞。凡南北征伐战亡者，并列上赙赠，尸丧未反者，遣主帅迎接，致还本土。
二月，卢循至番禺，为孙处所破，收余众南走。刘藩、孟怀玉斩徐道覆于始兴。
自晋中兴以来，朝纲弛紊，权门兼并，百姓流离，不得保其产业。桓玄颇欲厘改，竟不能行。帝既作辅，大示轨则，豪强肃然，远近禁止。至是，会稽余姚虞亮复藏匿亡命千余人。帝诛亮，免会稽内史司马休之。晋帝又申前诏，帝固辞。于是改授太尉、中书监，乃受命，奉送黄钺。
交州刺史杜惠度斩卢循父子，函七首送都。先是，诸州郡所遣秀才、孝廉多非其人，帝乃表申明旧例，策试之。
荆州刺史刘道规疾患，求归，八年四月，改授豫州刺史，以豫州刺史刘毅代之。毅既有雄才大志，与帝俱兴复晋室，自谓京城、广陵功足相抗，虽权事推帝，而心不服也。厚自矜许，朝士素望者并多归之，与尚书仆射谢混、丹阳尹郗僧施并深相结。及镇江陵，豫州旧府多割以自随，请僧施为南蛮校尉。帝知毅终为异端，心密图之。毅至西，称疾笃，表求从弟兖州刺史藩以为副贰，帝伪许焉。九月，藩入朝，帝命收藩及谢混，并赐死。自表讨毅，又假黄钺，率诸军西征。以前镇军将军司马休之为平西将军、荆州刺史，兖州刺史道怜镇丹徒，豫州刺史诸葛长人监太尉留府事，加太尉司马丹阳尹刘穆之建威将军，配以实力。壬午，发建邺，遣参军王镇恶、龙骧将军蒯恩前袭江陵，克之，毅及党与皆伏诛。
十一月，帝至江陵，分荆州十郡为湘州，帝仍进督焉。以西阳太守朱龄石为益州刺史，使伐蜀。晋帝进帝太傅、扬州牧，加羽葆、鼓吹，班剑二十人。
九年二月乙丑，帝至自江陵。初，诸葛长人贪淫
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