力太大，即将大都督府分为五府，使之分别统领在京及在外的军队。设左、右都督（正一品）为各府的长官，以治理府事。五军都督府与兵部共掌兵权。兵部是任命将领、发布调遣命令的机构（调兵必须奉旨），但不直接统率军队。五军都督府则是主管军籍和军政的机构，虽然分领在京及在各地的军队，但不能自己调遣军队及任命将领。这二者互相钳制，又都不能指挥军队，以使最高统一指挥权操于皇帝手中。但是明成祖永乐以后，有关兵事大权尽归兵部，而五府不过徒拥虚名而已。
都察院为明代所创设，把历代相沿的御史台改为都察院，但不完全承袭历代的御史台制。都察院是监察机关，长官为左、右都御史（正二品）。其下设有十三道（按省分为十三道）监察御史（正七品），共计一百一十人。都御史与六部尚书平行，合称七卿。都御史操弹劾及建言之权，关于官吏的考察升降，则会同吏部进行，关于重大刑狱，则会同刑部、大理寺审理。监察御史官品虽低，但权势很大，对王公大臣都有权加以纠劾。尤其监察御史在外稽察州县，则称为巡按，代表天子出巡，权力极大，大事奏裁，小事立断。另外，在监察方面，朱元璋又按六部的建制，设立吏、户、礼、兵、刑、工六科，各置都给事中（正七品）、左右给事中（从七品）、给事中（从七品）等官，共五十余人。这六科是独立的，其职在分别稽察六部事务，六部有违失，可以驳正。给事中与监察御史合称为科道官。给事中权力很大，一是有封驳权，诏令有不当者，可以封还；一是有劾奏权，如官员有违法事实，可以劾奏；一是有论事权，朝政有失，可以上疏匡正。
大理寺是司法机关，主管复审大案，平反冤狱，长官为大理寺卿（正三品）。凡刑部、都察院问过案件，皆移送大理寺复审，听候指驳。
通政司是明代创设的，掌收内外一切章奏、封驳和臣民密封申诉之件。长官为通政使（正三品）。朱元璋认为政务如水，应当使之常通，即下情上达之意，所以这个机关以通政为名。
2.地方制度 省、道、府、县地方行政制度为省、府、县三级制。明初仍沿元制，在各地设行中书省，在各行省设平章政事、左右丞、参知政事等官。洪武九年（1376年），朱元璋改行中书省为承宣布政使司（习惯上仍称为省），简称为布政司。这不仅是名称的改变，而意义实有不同。元朝的行中书省职权太大，几乎无所不统，而布政司的职权则仅限于掌管民政、财政。到宣德三年（1428年），全国除南北两京外，共有十三个布政司，即山东、山西、河南、陕西、四川、江西、湖广、浙江、福建、广东、广西、云南、贵州，终明之世不变。布政司设左、右布政使各一人（从二品），又设左、右参政（从三品），左、右参议（从四品），均无定员。布政使俗称为藩司或藩台，掌管民政与财政，实为一省最高行政长官，权重位尊。参政、参议掌管各道事务，详见于下。各省除布政司外，又有提刑按察使司，简称按察司；都指挥使司，简称都司，合称为三司。按察司掌管司法和监察，设按察使一人（正三品），又设副使（正四品）、佥事（正五品），均无定员。按察使不仅主管一省刑狱，也兼有纠劾官吏之责，俗称为按台或臬台。副使、佥事的职务是分道管事，详见于下。都司掌管军政，设都指挥使一人（正二品），都指挥同知二人（从二品），都指挥佥事四人（正三品）。都指挥使的官品高于布、按二司，号称为二品大帅，凡有联名公文，序衔皆在二司官之上。三司在省里是平行的，彼此不相统属，各同中央有关部门发生联系。如布政司与六部发生联系，也与都察院有联系。按察司听命于刑部、都察院，都司听命于兵部及五府。这样，三司分权鼎立，可以防止地方权力过大，形成独立局面。但事无总统，又有运转不灵之弊。所以明中期以后，朝廷纷纷派部院大臣出任总督、巡抚各差，以驾于三司之上。这些总督、巡抚并非官名，只是一种差遣。但日久之后，也变成定制，到清代便把总督、巡抚作为一省的最高长官。
省以下有道的设置，但道是监察区，不是行政区。道的情况比较复杂，主要有分守道与分巡道两种。凡由布政司的佐官左右参政、参议分理各道钱粮的，称为分守道。各省分道数目不等，全国共有六十道。凡由按察司的佐官副使、佥事分理各道刑名的，称为分巡道。各省分道数目不等，全国共有六十九道。
省以下的行政单位为府，直隶于布政司。全国共有府一百五十九个。府有知府一人（正四品），同知（俗称司马，正五品）、通判（俗称别驾，正六品）无定员，推官一人（俗称司理或司李，正七品）。知府掌一府之政，在明初很受重视，知府到任，多由皇帝赐给敕书，以加强威权。同知、通判分掌清军、巡捕、管粮、治农、水利、屯田、牧马等事。推官掌理刑名。但两京府的组织不同，在府之上，没有布政使。北京称为顺天府，设府尹一人（正三品），府丞一人（正四品），治中一人（正五品），通判六人（后减为三人，正六品），推官一人（从六品），等等。南京称为应天府，设官同于顺天府。
府以下为县，全国共有县一千一百七十一个。县有知县一人（正七品），县丞一人（正八品），主簿一人（正九品）。知县掌一县之政。县丞、主簿分掌粮马、巡捕之事。
州另外，还有州的设置，全国共有二百三十四州。州分为直隶州（隶于布政司）和散州（隶于府），直隶州地位同府，散州地位同县，但州官品秩皆相同。州有知州一人（从五品），同知（从六品）、判官（从七品）无定员。知州掌一州之政，同知掌清军或兼巡捕，判官督粮、管马、捕盗、治农、管河等事。
3.卫所制度 明朝的军队的基层组织分为卫、所两级，叫做“卫所制度”。大致五千六百人为一卫，称为卫指挥使司，卫的长官是指挥使（正三品）。一卫辖有五个千户所，每千户所一千一百二十人，设千户一人（正五品）。千户所辖有十个百户所，每百户所一百一十二人，设百户一人（正六品）。百户所辖有总旗二，小旗十。约五十人为一总旗，一个总旗领五个小旗，约十人为一小旗。卫、所遍布全国各地，自京师至府、县皆有卫、所。卫隶属于都指挥使司，都指挥使司又分隶于五军都督府，并听命于兵部。洪武二十五年（1392年）统计，全国卫、所兵数有一百二十余万。永乐以后，卫、所兵数达到二百七十余万。
为保证军队的兵源及供给，明初又实行军户和屯田制度。凡军士都是世袭的，单独编户籍，叫作军户。全国军户约有二百万家，占全国户数很大的比例。凡各地卫、所皆实行屯田，以保证军饷的供应。军士分为屯田与守城两部分，屯田者专事耕垦，供应军粮；守城者专务防守操练。军士守城与屯种的比例，大致是边地三分守城、七分屯种，内地二分守城、八分屯种。明初一个时期之内，几乎无军不屯，军队大体能够屯田自养，屯田收入成为军饷的主要来源，这就使国家免去养兵之费，大大减轻了人民的负担。遇有战事发生，则由兵部奉旨调卫、所兵，临时命将充总兵官，发给印信，统兵出征。战事结束，总兵官交还印信，兵士回到卫、所。这样将不专军，军无私将，而军权集于中央。
4.明律与《大诰》 《大明律》朱元璋自称吴王时起，即命人议定律例。在洪武六年（1373年），又命刑部尚书刘惟谦详定《大明律》，于次年初成书。此后《大明律》几经修定，于洪武三十年（1397年）颁行天下。
《大明律》是明朝的主要法律，是依据唐律及明初实际情况写成的。全书凡三十卷，四百六十条，改变唐律的篇目，分为名例律、吏律、户律、礼律、兵律、刑律、工律等七律。《大明律》的刑名有五，即笞、杖、徒、流、死。但五刑之外，又有凌迟、刺字、充军等刑。《大明律》的主要内容是从各方面来维护封建社会秩序和封建统治制度。如为了镇压反抗、冒犯皇权及触犯纲常名教的行为，《大明律》把谋反、谋大逆、谋叛、恶逆、不道、大不敬、不孝、不睦、不义、内乱定为十恶，凡犯十恶之条者皆从重治罪，并且遇赦不赦。又如为了巩固君主专制制度，《大明律》专设“奸党”一条，用以禁治大臣结党弄权。又如为了保障封建国家的赋役剥削，《大明律》对于隐匿户口及田产以逃避赋役者，莫不加以处罚。此外，《大明律》还规定了各阶级和各等级在法律上的不平等地位。如有所谓“八议”之条，即议亲、议故、议功、议贤、议能、议勤、议贵、议兵，用以优待皇亲国戚及勋贵显宦之家。凡在“八议”者犯法，官吏不得擅自勾问，只能奏闻请旨。若奉旨推问，则开列应得之罪，由皇帝裁决。又如规定主人犯罪，奴婢不得首告。凡奴婢殴家长者皆斩，杀家长者皆凌迟处死，过失杀家长者则绞，骂家长者亦绞。若家长不告官府而殴死有罪奴婢者，仅杖一百，如果杀死无罪奴婢者，也只杖六十、徒一年。凡雇工人殴家长者杖一百，徒三年，折伤家长者绞，殴死家长者斩，故意杀家长者凌迟处死。若家长殴雇工人未折伤者勿论，折伤雇工人者较凡人减罪三等，殴死雇工人者杖一百、徒三年，故意杀雇工人者绞，过失杀雇工人者勿论。
《大诰》明初的法律除《大明律》外，还有朱元璋所亲撰的《大诰》三编。朱元璋于洪武十八年（1385年）作《大诰》七十四条，又于次年作《大诰续编》八十七条及《大诰三编》四十三条，皆颁示于天下学宫，作为师生必读的教本。并且规定一切军民也必须熟观，要户户有此一本，若犯笞、杖、徒、流等罪，可以减罪一等；如果没有此本，则加罪一等。此令一出，于是天下有讲读《大诰》师生来朝者十九万余人，朱元璋皆赐钱遣归。《大诰》三编的主要内容是列举明政府用严刑峻法所处理的种种案件。凡所列凌迟、枭首、族诛等案件不只千百，而斩首以下等案件则至万余，这些案件大都出自朱元璋的亲裁。朱元璋决断这些案件，多是法外用刑，用刑要较《大明律》重得多。《大诰》三编中有种种酷刑，如有族诛、凌迟、枭首、挑筋、去指、断手、砍脚等，不下三十余种。朱元璋颁行《大诰》三编的目的，即在于公布一系列酷刑案件，用以威慑及警戒臣民，使之安分守己，不敢轻易犯法。《大诰》三编是朱元璋用严刑峻法治理臣民的记录，也是朱元璋推行专制主义的一种手段。
二、“分封”与“靖难”
明初的分封朱元璋为巩固朱家王朝的统治，既大力推行中央集权制度，又实行与中央集权制相矛盾的政策，即分封诸皇子为王，用他们“屏藩王室”。朱元璋实行分封制度的目的，一是在于加强对北方蒙古马队的防御，一是为了防止朝廷中奸臣篡夺皇位。朱元璋共有二十六子，除一子为皇太子、另一子出生不久即死外，先后分封二十四子为王，又分封一个从孙为王，共有二十五王，使之出镇全国各地。一部分镇守北方以防蒙古贵族的侵扰。如燕王朱棣镇守北平（今北京），宁王朱权镇守大宁（今内蒙古宁城县西大名城），谷王朱橞镇守宣府（今河北宣化），辽王朱植镇守广宁（今辽宁北镇），代王朱桂镇守大同，晋王朱镇守太原，庆王朱■（zhān占）镇守宁夏（今银川市），秦王朱樉镇守西安，肃王朱楧镇守甘州（今甘肃张掖），称为“守边”九王。其他诸王分驻内地。为了使诸王发挥作用，朱元璋规定各王府均设亲王护卫指挥使司，共三护卫，甲士少者三千人，多者至一万九千人。在诸王中，以北方诸王的势力最大。如宁王有甲士八万，战车六千。燕王和晋王权力尤高，如中央派来的宋国公冯胜、颍国公傅友德等均受其节制，甚至朱元璋允许此二王扩展其军事势力，军中事大者方才奏闻。
为防朝廷中奸臣篡位，朱元璋规定诸王可以移文中央索取奸臣，必要时得以“奉天子密诏”领兵“靖难”。为防止诸王跋扈难制，朱元璋又允许以后皇帝在必要时可以下令“削藩”。朱元璋以为事可万全了，但分封制度却造成分裂和割据，引起骨肉相残。朱元璋一死，分封之祸就降临了。
靖难之变洪武三十一年（1398年），朱元璋死，因太子朱标早死，皇太孙朱允炆继位，年号建文，是为建文帝。建文帝即位后，即与亲信大臣齐泰，黄子澄等密谋削藩，决定先削那些力量较小的藩王，于是首先袭执周王朱炆（燕王朱棣的同母弟），把他废为庶人，又
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