绞杀桂王于昆明，李定国病死于猛腊。
李自成余部在湖南抗清失败后，先后转移到川、鄂地区，即夔州府（今四川奉节）以东地区，由农民领袖刘体纯、李来亨等与明将王光兴等联合抗清，称为夔东十三家军。康熙元年，清兵大举进攻十三家军。康熙三年（1664年），十三家军抗清失败。至此，明末农民战争结束。
郑成功抗清及收复台湾郑成功，福建泉州南安人，父芝龙，母日本女翁氏，出生于日本，七岁返国读书，十五岁为南安县学生员。原名森，字大木，唐王甚器重，赐国姓（朱姓），改名成功，自是人称“国姓爷”。郑成功不肯随父降清，在郑芝龙降清北去后，他入海抗清，以金门、厦门为海上抗清基地。郑成功善于治军，精练士卒，军纪严明，势力日益强大。经常派军出没于浙江、福建、广东沿海一带，攻城略地，屡败清军。其中规模最大的一次，是顺治十六年（1659年）夏秋的北伐。当时，郑成功率大兵十七万，分为八十三营，扬帆北上，直抵南京城下，收复南京附近及安徽部分地区。但郑成功犯了胜利轻敌的错误，对南京围而不攻，以待其降，并开宴纵酒，放松警惕，致遭清之骑兵突袭，郑军大乱而退，伤亡惨重，退回厦门。
郑成功为谋取抗清复明的根据地，决计进兵台湾。顺治十八年（1661年）三月二十三日，郑成功率军二万五千人，由金门科罗湾出发，二十四日抵达澎湖。在澎湖阻风乏粮数日，又冒风雨开船行进。四月一日，大队船只齐进台湾鹿耳门，顺利登岸扎营。郑军迅即攻克赤嵌城（今台南），荷兰侵略者退守台湾城（今安平）。四月二十六日，郑成功致书荷兰总督揆一招降；“台湾者，中国之土地也，久为贵国所踞，今余既来索，则地当归我，珍瑶不急之物，悉听而归。”①揆一不降，郑军急攻不下，乃筑长围以困之。郑军又在海上屡败荷兰由巴达维亚派来的援军。又得知台湾城内无井，欲塞城外水源。揆一穷蹙无计，于十二月三日出降。从此郑成功驱逐了荷兰殖民者，为祖国收复了台湾，在台湾督兵大兴屯田，招集福建、广东人民前来开荒，设官府，兴学校，进一步开发了台湾，康熙元年（1662年）五月，郑成功病死于台湾，年三十九岁。
二、统一的多民族国家的巩固和发展 1.平定三藩 三藩割据清初，利用明朝降将以镇守南方：平西王吴三桂驻云南，平南王尚可喜驻广东，靖南王耿精忠驻福建，称为三藩。三藩之中，吴三桂的势力最大，兵力不下十余万。因此，清廷对他颇存顾忌，一切不敢过问，假以专制云、贵二省的大权。当时清廷所给云、贵二省督抚的敕书，都要写入“听王节制”四字。吴三桂可以随意题补官吏，号曰“西选”。凡朝廷所选文武官至云南，吴三桂即派人加以收买，以为己用。吴三桂在经济上也有很大的势力。他占据明代世镇云南的沐氏庄田七百顷作为藩庄①，又和西藏的达赖喇嘛在北胜州互市，以茶换取蒙古的马匹。又派许多人出外做生意，贩运辽东人参及四川的黄连、附子，以牟取利润。又大量地贷钱给商人，谓之藩本。还强征关市之税，开矿鼓铸。吴三桂欲效明代沐氏故事，世守云南，所以从各方面培植自己的势力。其他尚、耿二藩也和吴三桂一样，兵员众多，经商括财，强征市税，遍置私人，坐地称霸。
三藩各据一方，形成独立王国，严重威胁着清的统治。三藩的存在，每年要消耗官府兵饷二千余万两，在经济上也成为清廷沉重的负担。因此，清廷考虑撤藩。
康熙十二年（1673年）春，尚可喜请归老辽东，而欲使其子尚之信继续留镇广东。康熙帝抓住这个机会。即命其父子率属下兵丁家小同撤。吴三桂、耿精忠闻之，也奏请撤藩，目的在于试探朝廷的态度。当时朝中大臣畏惧吴三桂的武力，多数人不敢主张应允。而康熙帝则毅然作出决定，吴、耿二藩也一齐撤掉。
三藩叛乱撤藩之令既下，吴三桂首先于这年十一月杀云南巡抚朱国治而反，自称天下都招讨兵马大元帅，蓄发，易衣冠，发布檄文，倡言“兴明讨虏”。吴三桂军由云、贵直入湖南，长驱至岳州，占领湖南全省。吴军又分军入四川，四川的提督、巡抚、总兵先后投降。至此，云南、贵州、湖南、四川四省尽入吴三桂之手。响应吴三桂叛乱的还有福建的靖南王耿精忠和广东的平南王尚之信。此三王之叛乱，史称“三藩之乱”。此外，广西、陕西、湖北、河南等省的军政官长也相继响应叛乱。这样，中国的西南全部和东南沿海地区及中原、西北的大部分地区也都混乱起来。
康熙帝平三藩以吴三桂为首的反叛势力是虚弱的，内部勾心斗角，矛盾重重。而且吴三桂一开始即在战略上犯了保守主义错误，本来他以锐不可挡之势占领湖南全省，但却立即收住了攻势，沿江布置防御工事，与官军对峙。另遣兵一由长沙犯江西，企图与耿精忠合，一由四川犯陕西，企图与陕西提督王辅臣合。
这样一种打法，就给予康熙帝以调兵遣将、从容布置的机会。
康熙帝在应付这一事变中表现出他的雄才大略。他看出主要的叛变者是吴三桂，所以其对策是坚决打击吴三桂，决不给予妥协讲和的机会；而对其他的叛变者则大开招抚之门，只要肯降，不咎既往，以此来分化敌人，削弱吴三桂的羽翼，从而孤立吴三桂。在这个方针之下，康熙帝把湖南作为军事进攻的重点，命勒尔锦等统领大军至荆州、武昌，正面抵住吴三桂，并进击湖南，又命岳乐由江西赴长沙，以夹攻湖南。此外，康熙帝又放手利用汉将汉兵作战。
康熙十五年（1676年），陕西的王辅臣和福建的耿精忠先后投降朝廷。次年，广东的尚之信也投降。吴三桂局促于湖南一隅之地，外援日削，而清军已由江西进围长沙，其失败之势已成。康熙十七年（1678年），吴三桂已起兵六年，年六十七岁，为排除胸中苦闷，于这年三月在衡州称帝，国号周，大封诸将。未几即忧愤成疾，于八月病死。吴三桂一死，其势即土崩瓦解。官军攻下岳州，占领四川，进攻云贵。康熙二十年（1681年）冬，官军进入云南省城，吴三桂之孙吴世璠自杀。历时八年，波及十数省的三藩之乱，终于被平定了。
2.统一台湾 郑成功死后，其子孙继续占据台湾，以恢复明朝为旗帜，其实恢复明朝在大陆的统治已不可能，只是在这个名义之下走向了封建割据的道路，日益变成全国统一的障碍。
康熙二十年（1681年），三藩之乱平定，解决台湾问题的时机成熟了。这年郑成功之子郑经死，诸子争位，长子郑克■被杀，幼子郑克塽立。郑克塽时年十二岁，大权操于冯锡范与刘国轩之手。康熙帝即用施琅为水师提督，进兵台湾。康熙二十二年（1683年）闰六月，施琅统战船三百，水师二万，攻打澎湖。一战而克，大获全胜。郑军二万士卒，二百只战舰全部被击溃，守将刘国轩遁归台湾。郑克塽等见大势已去，即向施琅投降。
康熙帝在台湾设一府三县——台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，隶于福建省。并在台湾设总兵一员，驻兵八千，在澎湖设副将一员，驻兵二千。康熙帝收复台湾，完成台湾和大陆之间的政治统一，大大促进了以后台湾的政治、经济与文化的发展。从此台湾成为我国东南海上的重镇，有利于加强和巩固我国东南沿海的国防，有利于抵御西方殖民势力的入侵。康熙帝统一台湾，其意义极为重大。
3.平定准噶尔部首领叛乱 准噶尔部首领叛乱，始于康熙年间，继续于雍正年间，终结于乾隆年间，历时达七十余年之久。清廷平定准噶尔叛乱，关系到国家对新疆、青海、西藏、蒙古的统一问题，具有重大的意义。
蒙古三部明末清初之际，我国蒙古族分为漠南蒙古（内蒙古）、漠北喀尔喀蒙古（外蒙古，明时称作鞑靼）和漠西厄鲁特蒙古（明时称作瓦剌）三大部。漠南蒙古分为二十五部，早在皇太极时就已归附清朝，清廷封其封建领主以亲王、郡王等爵，并与之世代通婚。喀尔喀蒙古分为四部，即扎萨克图汗部、三音诺颜部、士谢图汗部、车臣汗部，在皇太极时，各部已向清廷进贡，还各遣子弟入朝。厄鲁特蒙古分为四部，即准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部、土尔扈特部。四部各有其牧地，准噶尔部游牧于伊犁，和硕特部游牧于乌鲁木齐，杜尔伯特部游牧于额尔齐斯河，土尔扈特部游牧于雅尔（即塔尔巴哈台）。明末，和硕特部又迁徙游牧于青海。土尔扈特部也因受到准噶尔部压迫，弃雅尔牧地，全族西走，进入已为俄罗斯占据的旧日牧地额济勒河（今伏尔加河）游牧。在土尔扈特部迁走以后，本属于杜尔伯特部的辉特部则进入雅尔地方，又自成为一部，所以厄鲁特仍为四部。在厄鲁特四部中，以准噶尔部最为强大。
平噶尔丹叛乱，统一外蒙古康熙初年，噶尔丹做了准噶尔汗。他野心勃勃，首先把厄鲁特各部并入在他的统治之下，又征服南疆的回部（今维吾尔族），成为控制今新疆、青海的巨大割据势力。他于康熙二十七年（1688年）向东推进，打败喀尔喀蒙古，迫使喀尔喀数十万众南徙。噶尔丹成为对清朝北部疆域的重大祸患。康熙帝一面把喀尔喀部众安置在内蒙古北部放牧，一面命噶尔丹退兵，要他归还属于喀尔喀部的牧地。但噶尔丹在俄罗斯贵族的支持下，不但不听康熙帝之命，相反地却继续东进，侵入内蒙古。在此情况下，康熙帝决定讨伐噶尔丹。
康熙帝对噶尔丹三次亲征。第一次在康熙二十九年（1690年），清军分左右两翼出击。右翼军在内蒙古乌珠穆沁地方和噶尔丹接触，作战失利，噶尔丹乘胜急进，深入乌兰布通（今赤峰市境），距北京仅七百里，京师震动。左翼军则以优势火器击破噶尔丹用万驼围成的“驼城”，噶尔丹军遂大败。第二次在康熙三十五年（1696年），清军于昭莫多（今乌兰巴托东南）地方大败噶尔丹，噶尔丹仅以数十骑逃走。第三次在康熙三十六年，康熙帝亲往宁夏对噶尔丹实行包围，噶尔丹穷蹙无计，饮药而死。
战争结束后，康熙帝使喀尔喀诸部仍回原牧地，并把喀尔喀各部一律改编为旗，共分为五十五旗，旗设扎萨克（旗长），由蒙古封建领主担任。雍正年间，喀尔喀又分为七十四旗，到乾隆年间，因人口繁殖，更增为八十四旗。从康熙朝开始，喀尔喀蒙古正式归附清廷，外蒙古地区完全处于清廷的管理之下。至雍正、乾隆两朝，清廷又先后在乌里雅苏台（今蒙古国扎布哈朗特）及科布多（今吉尔格朗图）筑城，设定边左副将军驻乌里雅苏台，设参赞大臣驻科布多，以掌管喀尔喀蒙古的军政大权，从此遂为定制。
平策妄阿拉布坦叛乱，加强对西藏的管理噶尔丹死后，其侄策妄阿拉布坦为准噶尔汗，继续向外扩张，在康熙五十五、六年间（1716—1717年），发兵攻入西藏。
康熙帝于康熙五十九年（1720年）派兵入藏，击败了准噶尔的军队，并使亲清的康济鼐管理前藏，颇罗鼐管理后藏，并以蒙古兵二千人留守西藏。雍正、乾隆时，又在西藏建立了一套完整的管理制度，加强了对西藏的统治。
统一新疆新疆北部属于蒙古准噶尔部，虽一再为清朝所败，但仍未归服。南部为回部（维吾尔族），长期受准噶尔的控制。
乾隆时，准噶尔部不断发生内争，贵族达瓦齐乘机以武力夺得汗位。乾隆二十年（1755年）春，清朝政府出兵平乱，兵抵伊犁，达瓦齐逃至南疆，为维吾尔族人所擒，送给清军。策妄阿拉布坦的外孙阿睦尔撒纳又起兵反清，不久兵败，逃入俄罗斯。此事件后，清廷即在伊犁设将军，总管本地区的行政、军事。又在乌鲁木齐设都统，在巴里坤各设领队大臣，都领兵屯驻。蒙古族仍分旗编制，各旗设扎萨克，由蒙古人充当，管理本旗事务。
天山南路的回部，于乾隆二十二年也发生了以大小和卓木为首的叛乱①，人数众多。次年，清廷出兵喀什噶尔和叶尔羌，大小和卓木向西逃窜，逾葱岭，入拔达克山（在今阿富汗东北），为当地人所杀，回部之乱平定。清朝在喀什噶尔设参赞大臣，归伊犁将军节制。参赞大臣之下，依回部旧制，于各城设立伯克，由维吾尔人担任，管理本城事务。
土尔扈特归国土尔扈特原为厄鲁特蒙古四部之一，其牧地在新疆雅尔（今新疆塔城西北至哈萨克斯坦塔尔巴哈台山以南）一带。明末，土尔扈特部因受准噶尔部压迫，西迁旧牧区额济勒河（今伏尔加河）驻牧。但俄罗斯政府对他们欺压剥削
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