政王大臣会议于乾隆五十六年（1791年）废止了，内阁变成只是办理例行事务的机构，一切机密大政均归于军机处办理。军机处总揽军、政大权，真正成为执政的最高国家机关。
皇帝行动所到的地方，军机大臣也无不随从在侧。但军机处在形式上始终处于临时机构的地位，不像正式国家机关的样子。军机处办公的地方不称衙署，仅称“值房”。军机大臣的值房称为“军机堂”，初仅板屋数间，后来才改建瓦屋。军机章京的值房，最初仅有屋一间半，后来才为五间。军机处也无专官，军机大臣、军机章京都是以原官兼职，皇帝可以随时令其离开军机处，回本衙门。军机大臣既无品级，也无俸给。军机大臣之任命，并无制度上的规定可供遵循，完全出于皇帝的自由意志。军机大臣的职务也没有制度上的规定，一切都由皇帝临时交办，所以军机大臣只是承旨办事而已。“只供传述缮撰，而不能稍有赞画于其间”①，这些都说明军机处是皇帝的御用工具。
六部与三法司中央机构又有各部院衙门，分掌各方面事务。其中比较重要的有吏、户、礼、兵、刑、工六部。吏部主管全国文职官员的任免及考核，户部主管全国土地、户口、田赋、关税等事，礼部主管国家典礼及学校、科举等事，兵部主管全国军事及武职官员的考核任免，刑部主管全国刑罚的政令，工部主管各种工程事务。又有都察院，作为监察机关。有大理寺，作为审理刑狱的机关。清朝和明朝一样，刑部、都察院、大理寺称为“三法司”。凡重大案件（斩绞案件），皆经三法司会勘，先由刑部审明，再由都察院参核，再由大理寺平允，然后奏请皇帝裁决。
理藩院理藩院是管理边疆少数民族地区事务的机关，其体制同于六部，地位列于工部之后。职官有尚书一人，左、右侍郎各一人，额外侍郎一人，其下又有属官若干人。主要官员由满洲，蒙古人担任。属官亦有少数汉军旗人担任。理藩院的职务是掌管内外蒙古及青海、新疆、西藏等地区的蒙、维、藏族事务，诸如政令、爵禄、朝会、刑罚等等。此外，理藩院也掌管一部分外交事务。凡与俄罗斯交涉事宜，皆归理藩院办理。
内务府内务府是掌管皇帝家务的机关，其全称为“总管内务府衙门”，最高官员为“总管内务府大臣”，由满洲贵族王公大臣担任。内务府的职权很广，凡宫廷的典礼、祭祀、库藏、财用、服御、赏赐、建造、供应、刑律等事，皆统于总管大臣。内务府的设立，是清代首创，是对历代皇帝家务管理制度的改革。在中国历史上，皇帝家务都照例由宦官掌管，因之宦官往往得到皇帝的亲幸重用，从而得以执掌大权，干预政事，出现宦官专权之祸。清代设立内务府，以大臣统领，革除明代宦官二十四衙门，尽收宦官之权归入内务府，从此宦官在宫内不过从事洒扫之役。这就排除了宦官对皇权的干扰，根绝了宦官专权之祸。在清代，虽也有个别宦官受到宠幸，但从未在政治上酿成大祸。
2.内地制度 在地方机构方面，分省、道、府、县四级。另外又有厅、州，或直属布政使司管辖，其地位如府；或属府管辖，其地位如县。
行省制行省之名始于元代，明代改行省为布政司，清代又恢复行省之名。清前期共设置内地十八省，即直隶、山东、山西、河南、江苏、安徽、江西、浙江、福建、湖北、湖南、陕西、甘肃、四川、广东、广西、云南、贵州。清朝末年，台湾、新疆也改为行省，又将东北改为奉天、吉林、黑龙江三省，合旧日十八省，共有二十三行省。
省的最高官员为总督和巡抚，这是因袭与发展明制而来。清初总督、巡抚之设变动无常，到乾隆时才固定下来，大致两省或三省设一总督，每省设一巡抚，其无巡抚省分，例由总督兼理。总督为正二品，综治军民，统辖文武，考覈官吏，修饬封疆。巡抚职务大致与总督同，惟权力略小，为从二品。乾隆时全国共设有八个总督，即直隶总督，管辖今河北省及内蒙古一部分地区，驻保定；两江总督，管辖江苏、安徽、江西三省，驻江宁（今南京）；闽浙总督，管辖福建、浙江二省，驻福州；两湖总督，管辖湖南、湖北二省，驻武昌；陕甘总督，管辖陕西、甘肃二省，驻兰州；四川总督，驻重庆，又驻成都；两广总督，管辖广东、广西二省及南海诸岛，驻广州，云贵总督，管辖云南、贵州二省，驻贵阳，又驻云南。八总督中，直隶、四川总督各兼其省之巡抚事，陕甘总督亦兼甘肃巡抚。以后到光绪末年，又增设东三省总督，合为九督。至于巡抚之设置，乾隆时期，除直隶、四川、甘肃三省外，他省皆置巡抚一人，因成定制。至光绪时期，诸新建省分，亦皆设置巡抚，后罢奉天巡抚，以东三省总督兼理。
督抚以下，各省均设承宣布政使司和提刑按察使司，设布政使、按察使各一人。布政使又称“藩司”，也称“方伯”，为从二品官，品级与巡抚同，主管一省的民政、财政。按察使又称“臬司”（司法之意），为正三品官，地位略逊于布政使，主管一省的司法、刑狱、纠察，并兼管驿传事务。①道省下有道，道设道员。道有“守道”与“巡道”之分，大致由
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