。
冬十月二十二日，因谈论张居正因父丧事而穿素服办公、不参加吉礼一事，编修吴中行、检讨赵三贤、员外郎艾穆、主事沈思孝等皆受杖刑，并分别被罢免和废黜，甚至遭到贬谪和戍边。二十四日，进士邹元标被杖击，进而将其戍边。十一月初一，朝廷以星位变化考察百官。当年，有琉球前来朝贡。
万历六年(1578)春正月，朝廷征集民工修筑黄河缺口堤岸。二月十七日，免除兖、青、登、莱所辖地区的拖欠赋税。十九日，册立王氏为皇后。三月初三，礼部尚书马自强兼任文渊阁大学士，吏部侍郎申时行兼任东阁大学士，参与机要事务。十三日，张居正因安葬父亲而还乡。
夏四月十四日，免除湖广、四川所欠的赋税。二十五日，朱翊钧诏谕户部每年增收金花银二十万两。六月十五日，张居正回京师。
秋七月初六，吕调阳辞官。二十七日，朝廷诏谕江北各府百姓，十五岁以上而无田者，官府供给其一头牛和五十亩田，开垦三年后开始征收赋税。九月二十二日，又诏谕苏州诸府开垦荒田，六年之后起科。二十三日，中止行刑。
冬十月十四日，马自强死去。十一月十四日，祭祀天于南郊。这一年，有乌斯藏前来朝贡。
万历七年(1579)春正月二十二日，朱翊钧下诏捣毁天下书院。二月十四日，派人分头巡视边防。三月十九日，朝廷免除淮、扬拖欠赋税。
夏五月十九日，祭祀地于北郊。六月十七日，核查两畿、山东、陕西等地勋官、皇戚的田赋。
秋七月初八，赈济苏、松水灾，免除其税粮。十四日，京师发生地震。这一年，有乌斯藏前来朝贡。
万历八年(1580)春二月初一，有日食。十八日，耕种謖田。二十八日，完成黄河决口工程。三月十二日，侍奉两宫皇太后到天寿山谒陵，免除所过地方的田租。十五日，回宫。二十八日，赐予张懋修等人为进士及第以及其他不同的出身。
夏闰四月二十二日，官军平定广西八寨贼寇。
冬十月初五，淘汰宫内宫外冗官。初九，赈济苏、松、常、镇饥荒。十一月初十，下诏丈量百姓田地。这年，有琉球前来朝贡。
万历九年(1581)春正月初五，诏令边臣备警。初六，裁减诸司冗员。初八，土蛮进犯锦州，游击周之望败死。十四日，朱翊钧诏命翰林官每天四人入阁供职。十六日，裁减南京冗官。十九日，辽东总兵官李成梁在袄郎兔击败土蛮。三月初三，隆重检阅军队。当月，土蛮进犯辽阳，副总兵曹..领兵抵抗，战败。
夏四月初四，赈济山西发生灾害的州县。二十二日，赈济苏、松、淮、凤、徐、宿灾害。户部呈上《万历会计录》。
秋八月十六日，扬州发大水。九月二十六日，中止行刑。
冬十月初八，土蛮进犯广宁、义州，李成梁将其击退。十一月二十六日，赈济真定、顺德、广平灾害，免除税粮。当年，裁减各省冗官，核查徭役赋税，淘汰诸司冒滥冗费。有琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏前来朝贡。
万历十年(1582)春二月初四，顺义王俺答死去。初八，免去天下历年拖欠的赋税。三月初二，杭州发生兵变，巡抚吴善言被抓。初九，兵部侍郎张佳胤巡抚浙江讨伐叛军，继而予以平定。十八日，泰宁卫部长速把亥进犯义州，李成梁将其击败。二十一日，倭寇侵犯温州。
夏四月初一，朱翊钧告谕礼部，要倡导百姓及时耕种农桑，不要游手好闲。初七，宁夏土军马景杀害参将许汝继，巡抚都御史晋应槐领兵对其讨伐并诛杀了他。十三日，由于久旱不雨，命令百官修身反省。五月初三，或多或少地免除了先师孔子和宋儒朱熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘子..、已故大学士杨荣等人后裔的赋税徭役。二十三日，赈济京畿饥荒。六月初一，有日食。十六日，赈济太原、平阳、潞安饥荒。十九日，前礼部尚书潘晟兼任武英殿大学士，吏部侍郎余有丁担任礼部尚书兼文渊阁大学士，参与机要事务。不久，潘晟又被罢免。二十日，张居正死去。
秋七月十五日，赈济平、庆、延、临、巩饥荒。九月初一，朱翊钧因得皇长子而颁诏大赦天下。初九，上两宫皇太后徽号。
冬十月十二日，苏、松发大水，朝廷采取了免赋和赈济的措施。十二月八日，太监冯保被贬为奉御，全家削去官籍。十八日，恢复建言诸臣职务。当年，又免除京畿内、山西受灾害之地的税粮。哈密、乌斯藏曾来京朝贡。
万历十一年(1583)春正月初八，命令严加防范边疆。闰二月十一日，俺答之子乞庆哈世袭顺义王封号。缅甸侵犯永昌。十二日，朱翊钧到天寿山进谒九陵，免除路过之地的田租。十七日，又到西山进谒恭让章皇后、景皇帝之陵。十八日回宫。乙酉日，赈济临、巩、平、延、庆五府旱灾，免除其田租。三月初二追削张居正的官级。十八日，赐予朱国祚等人为进士及第和其他不同的出身。
夏四月初六，张四维因父丧离职。初八，吏部侍郎许国担任礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。二十三日，承天普降大雨，长江水势泛滥。同月，广东罗定发生兵变。五月，大清太祖高皇帝起兵征伐尼堪外兰，攻克图伦城。六月十五日，赈济承天、汉阳、郧阳、襄阳灾害。
秋八月初七，免除山西受灾地区的税粮。九月初六日，朱翊钧到天寿山拜谒祖陵，十一日回宫。
冬十月十五日，中止行刑。二十三日，河南发生水灾，分别予以免租和赈济。十一月初一，有日食。十二月二十二日，慈庆宫受灾，诏谕修身反省。当年，有琉球前来朝贡。
万历十二年(1584)春二月二十日，京师地震。二十二日，释放建文诸臣外亲遭贬及戍边者的后裔。三月二十二日，减少江西瓷器的烧造。
夏四月初九，查抄张居正家。十一日，游击将军刘纟廷讨伐平定陇川贼寇。五月十九日，京师地震。六月初六，以云南用兵为由，免去税粮及拖欠赋役。
秋八月十三日，将张居正之罪张榜公布于天下，并将其家属戍边。九月十三日，事奉两宫皇太后到天寿山拜谒皇陵。十六日，建造寿宫。二十一日，返回宫中。
冬十月十五日，中止行刑。二十四日，免除湖广、山东受灾地方的税粮。十一月十六日，余有丁死去。十二月初二，前礼部侍郎王锡爵担任礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，参与机要事务。二十二日，停止开采银矿。这一年有安南、乌斯藏入朝进贡。
万历十三年(1585)春正月十九日，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。二月初六日，南京发生地震。京师自去年八月以来没有降雨。三十日，举行盛大祈雨祭祀。三月十三日，再次隆重举行祈雨祭祀。十八日，李成梁出塞袭击把兔儿炒花，取得大胜。二十一日，减少杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。
夏四月初五，举行盛大祈雨祭祀。初七，由于久旱不雨，朱翊钧诏令各地审理、平反冤案，释放凤阳轻犯以及监禁长时间的罪犯。十七日，又步行至南郊祈祷，对大学士们说：“天大旱，是因为朕不德，也是因为各地有司贪婪，盘剥百姓，致使天怒，今后必须慎选官吏。”免除天下受灾地区一年田租。五月十六日，下雨。六月初二，慈宁宫建成。初三，建武所叛军被平定。同月，四川松、茂番人作乱。
秋八月十一日，京师地震。闰九月初一，赈济淮、凤灾害。初五，朱翊钧到天寿山观看寿宫。初十回宫。二十二日中止行刑。
冬十二月初一，淘汰惜薪司内官冗员。当月，顺义王乞庆哈死去。这一年有土鲁番、乌斯藏前来朝贡。
万历十四年(1586)春二月十八日，严禁外官馈送礼物。三月初三，由于久旱，要廷臣疏陈时政。初八，禁止部曹言事，放弃整治京畿水田。十八日，赐予唐文献等人为进士及第以及其他不同的出身。二十三日，仍然久旱不雨，朱翊钧又命天下修身反省。
夏四月初九，京师地震。六月二十日，松茂番被平定。这年夏天，赈济直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥荒。山西始闹盗贼。
秋七月初十，赈济江西灾害。十五日，朱翊钧诏令户、兵二部安抚灾民，严格保甲制度。当月，淇县贼人王安聚众打劫，被剿平。九月初一，王家屏因父丧去职。二十四日，中止行刑。二十八日，朝廷下发帑并派官吏赈济河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾害。
冬十月初五，礼部主事卢洪春上疏奏请谨慎对待弊端，被施杖刑后削去官籍。十一月十三日，在京城南郊祭祀上天。这一年，有土鲁番前来朝贡。
万历十五年(1587)春正月初三，分发国库所藏的金帛以赈济山西、陕西、河南、山东各地宗室。三月二十六日，乞庆哈之子扯力克世袭顺义王之封号。
夏四月，京师大旱，瘟疫流行。六月初十，禁令廷臣奢侈。当月，京师连降大雨，朝廷赈济抚恤贫民百姓。
秋七月，江北发生蝗灾，江南发生水灾，山西、陕西、河南、山东又发生旱灾，黄河也在开封决口，朝廷分别给予减免赋税和赈济。八月初三，朱翊钧以频繁发生灾害为由，命各抚、按官员力惩贪官，清理冤案，减免赋税，赈济抚恤百姓。九月初一，应有日食，但因阴云遮掩而不能看见。初三，中止行刑。
冬十月初五，大学士申时行奏请皇帝批示转发留在宫禁中的各种奏章。十一月初三，郧阳发生士卒喧乱，巡抚都御史李材被撤职。这一年，有哈密、琉球、乌斯藏前来朝贡。
万历十六年(1588)春三月初十，朱翊钧下诏修改《景皇帝实录》，删去成阝戾王之封号，后来没有实行。山西、陕西、河南及南畿、浙江同时发生饥荒和瘟疫。
夏四月，赈济江北、大名、开封各府饥荒。五月，四川建昌番作乱，被讨伐平定。二十三日，朱翊钧以仓储军械被焚和各省灾伤为由，命内外官员修身反省。六月初八，京师发生地震。十二日，因灾害而停止和减少苏、杭织造。
秋七月初四，免除山东受灾之地的夏粮赋税。十九日，制订考察边疆官员政绩的方法。八月十四日，朱翊钧诏令从太仓取银二十万两充作阅陵的犒赏费用。九月初九，中止行刑。初十，朱翊钧到天寿山视察寿宫。十四日，在石景山停留观看浑河。十五日回宫。二十日，甘肃发生兵变，巡抚都御史曹子登被罢免。当月，青海部长他不囊进犯西宁，杀害其副将李魁。冬十一月十二日，禁止空泛、冗长之奏章。这一年有乌斯藏前来朝贡。
万历十七年(1589)春正月初一，有日食。初九，太湖、宿、松一带有刘汝国等贼寇作乱，安庆指挥陈越率兵讨伐，战死。二月十九日，吴松指挥陈懋功讨伐并平定乱贼。三月初九，被罢免和升迁的官员上朝面谢。从此以后皇帝临御逐渐减少。十六日，云南永昌发生兵变。十八日，赐焦..等人以进士及第和其他不同出身。
夏四月二十三日，王家屏重新入阁。始兴妖僧李圆朗作乱，进犯南雄，被有司率兵讨伐并斩死。六月初九，浙江发生风灾，海潮泛滥。十四日，永昌叛军被平定。三十日，南畿、浙江大旱，太湖干涸，拨国库银四十万两予以赈济。
秋八月二十七日，严申匿名揭发禁令。
冬十月初九，中止行刑。二十九日，完成黄河决口筑堤工程。十二月十六日，朱翊钧告诫各位官员遇事不要争强好胜。这一年，安南、乌斯藏曾来进贡。
万历十八年(1590)春正月初一，朱翊钧召见大学士申时行等人于毓德宫，并引皇长子前来相见。
夏四月十三日，赈济湖广饥荒。六月初九，免京畿受灾地区的夏粮赋税。十四日，青海部长火落赤进犯洮州，副总兵李联芳战败死去。十五日，更改宗藩先例，对无封爵者听其自便。
秋七月初一，有日食。二十六日，朱翊钧召见内阁大臣商议边防大事，同时要他们举荐将材。三十日，兵部尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。当月，火落赤再次进犯河州、临洮，总兵官刘承嗣战败。八月初四，停止扯力克互市及对其的赏赐。
冬十月初十，赈济临洮遭受战乱的军队和百姓。十二月十六日，朱翊钧派遣朝廷大臣九人视察边防。这一年有安南前来朝贡。
万历十九年(1591)春正月，缅甸攻占永昌、腾越。二月十八日，总兵官尤继先在莽剌川打败火落赤余众。闰三
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