将他捆绑起来杀了，并率领众人攻打新城。临安通判胡文显督促百户李鳌、土舍王德隆前去援救，到鸡溪子隘时遭埋伏，李鳌、王德隆都战死。佥事张泽也带领寻甸的军队二千多人前去救援，亦被打败，张泽和千户刘裕被俘。镇巡官敦促各道的军队一同进剿，将继祖逼到东山寨包围起来。继祖害怕了，带着张泽和索林逃到照姑，不久又杀死张泽。官军追赶很急，继祖便从真勒渡过江，奔向四川，投靠东川岳父母家。巡按刘思问听到以上情况后，命令云南、四川一起会兵讨伐贼人。
原先，继祖之所以逃向东川，是因为土官凤氏与他有往来。现在看到云南、四川的官军与土舍禄绍先等人的军队都会合在一起，凤氏便背叛继祖，发士兵七千人来支援官军，继祖的处境更加穷促。继祖手下的首领者色跑到禄绍先的军营里投降，将继祖的头颅献给官军。姚县的土官高继先又擒捉了继祖的余党，姚安府的同知高钦、高钦的弟弟高钧以及主要谋士赵士杰等人都伏法被杀。守卫大臣讨论是否在武定设流官统治，朝廷还不想断绝凤氏，给索林的支系亲属凤历的儿子凤思尧授予经历官职，让他管辖一百多个村庄。凤历因朝廷没授予他知府职位对朝廷产生怨恨情绪，暗地里勾结四川七个州和水西的宣慰安国亨图谋作乱。流官知府刘宗寅派人劝谕他，他不听，还聚集众人称凤思尧为知府，夜里袭击武定府的府城。他们看到城内严密防守不能进入时，便退兵驻扎在鲁墟。刘宗寅夜间出兵，杀进敌人的军营，乱贼溃逃。刘宗寅带人追到马剌山，活捉了凤历，将他按法处决。
万历三十五年(1607)，继祖的侄子阿克长久迁居在金沙江外，贼人郑举等诱骗阿克作乱，暗地里勾结金沙江外会川的各蛮族人，攻陷武定，大肆抢劫。他们还接连攻破元谋、罗次等城，索讨武定府的官印。此时正好流官知府将官印带到会城去了，得不到，他们便以没有官印无法号召百姓为由，劫持推官，请求朝廷发给他们冠带和印信。镇抚官因为大军没有集结，害怕他们，便派人将武定府的官印授予他们。他们退入武定府，立阿克为知府。镇抚官调集了土兵之后，分五路进剿，先后攻克了武定、元谋、罗次、禄丰、嵩明等州县，将阿克及其同党抓送到京城，在闹市中将他们车裂而死。武定府平定之后，全都设置流官来统治该地区。
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