虚而去充实国外的做法不是长久之策，请求朝廷将留在朝鲜的川军交给刘纟廷训练，其军饷由朝鲜自己筹办。这样，皇帝便下诏令撤回了吴惟忠等人的军队，只留下刘纟廷的军队防守朝鲜。皇帝还谕告朝鲜国的世子临海君李王聿居住到全庆，让顾养谦经略朝鲜事务。
九月，李日公认为朝鲜的三都既已收复，国家的疆域已是再造，便向明朝廷上表谢恩。不过此时倭寇还占据着釜山，石星更加一意主张与倭人输诚。同月，兵部主事曾伟芳说“：关白的大军已经回日本，行长留在釜山等待。他们知道我军未撤，不敢向我们发一矢。他们想报告关白，让他带兵卷土重来，则风向不利，正是冬寒季节。所以对他们输诚他们也是要离去，不输诚他们也是要离去。沈惟敬前番在倭寇营地里讲和，咸安、晋州随即陷落，而想依靠输诚讲和的手段希望明年倭人不来攻击，则会是输诚愈速，来犯更快。所以他们是我们输诚也要来犯，不输诚也要来犯。因此应让朝鲜自己守卫国土，向百姓吊祭死者慰问孤寡，训练军队，积聚粮粟，以图自强。”皇帝认为这个意见提得对，因而更加敕谕李日公，要他率领朝鲜军民自守自强。
二十二年(1594)正月，李日公派遣金日卒等人向朝廷进献土产，向皇帝谢恩。礼部郎中何乔远上奏说“：金日卒涕泣着说倭寇在朝鲜很猖獗，朝鲜人束手被杀的达六万多人。倭人语言悖逆傲慢，十分无礼，沈惟敬与倭人交通时，不讲是双方和亲，而总是说请求投降。我现在小心地将万历十九年被倭寇掳掠去的中国人许仪所寄往内地来的书信和倭夷之人回答刘纟廷的文书，以及倭人历年入寇的处置情况等全部请皇上过目，请皇上下特敕令，赶快制止与倭人的封贡之事。”皇帝下诏将此意见交兵部讨论。此时朝廷大臣都交相上奏章，都认为应该停止与倭人的封贡之事，商量如何出战与守卫。八月，顾养谦上奏主张讲贡，说日本的贡道应从宁波进入，关白应封为日本王，谕告行长部下的倭人全部回归日本，按相互约定进行册封和上贡。九月，李日公请求明朝廷答应保全他的国家。皇帝便切切责怪群臣阻挠他施行封贡之事，追夺了御史郭实等人的官职。接着又下诏让小西飞入朝，招集众多官员面议此事。皇帝要以三个条件：其一，勒令倭人全部回到自己的老巢去；其二，只行册封不与上贡；其三，发誓不侵犯朝鲜。倭人答应了这三个条件。皇帝便又在左阙赐谕，要大臣们对册封之事详加周细反复地斟酌。十二月，册封之事确定，皇帝派临淮侯李宗城为出使日本的正使，以都指挥杨方亨为副使，同沈惟敬一起前往日本，给日本王颁赐金印，给行长等授予都督佥事职位。
二十三年(1595)九月，李日公上奏明朝廷，请求立次子李珲为继承人。此前，李日公的庶长子临海君李王聿落到倭贼手中后，受惊积忧成疾，而次子光海君李珲收集流散的军民，颇有功绩，曾经上奏请求立李珲为继承人。礼部尚书范谦说有关继统大义，长幼已有定分，不应僭越，于是不答应立李珲为继承人。这次是第二次上奏请求立李珲，并援引了永乐年间恭定王的例子，而礼部大臣坚持上奏不可。二十四年五月，李日公又上疏请求立李珲，礼部仍坚持不松口，皇帝也只好下诏同意礼部的意见。这时朝鲜王国的王储未立，中外都有疑惑，所以有尚书范谦在朝鲜更封王储的事情上三次上疏坚持道义的说法。
该年九月，册封的使者到达日本。在此之前，沈惟敬先抵釜山，私下奉送蟒玉、翼善冠、地图、武经和良马等给平秀吉。而李宗城则因贪淫被倭国的守卫大臣驱逐出来后，丢弃玺书连夜逃走。此事传到朝廷，朝廷将李宗城逮捕问罪。于是便任命杨方亨为正使，给沈惟敬加封神机营的官衔，让他做杨方亨的副使。等到他们奉朝廷的封册到达日本关白所居之处时，关白对朝鲜王子不来日本谢恩，只派两名使者奉白土绸为贺感到很愤怒，将朝鲜王子的使者挡在外面不接见，并对沈惟敬说：“我们是考虑到与你们天朝有约才将两个王子、三名大臣和三都、八道等地付还给朝鲜，现在他们以如此卑官微物来向我们祝贺，到底是侮辱我们小邦呀，还是侮辱你们天朝呀？暂且把石曼子的军队留在朝鲜，等天朝处分朝鲜之后再撤回来。”第二天，关白便向明朝廷奉贡，派使者带两道表文，跟随明朝的册封使者一起渡海到达朝鲜。朝廷大臣讨论后让皇帝派使者到朝鲜将日本关白的表文取来检验，其中一份是向明朝廷谢恩的，另一份则是请求天子处分朝鲜的。
早先，杨方亨向朝廷诡报他是去年从釜山渡海到日本，在日本大阪给倭人授予册封，之后他即回到和泉州。但是倭人正在责备朝鲜，仍一如既往地在釜山驻扎军队，向明朝廷进奉的谢表延时不发，杨方亨徒手而归。到现在，沈惟敬才将表文投过来，表文上的案验潦草不清，前折上用的是丰臣的私章，表文末没有具体日期，完全没有做人臣应有的礼貌。宽奠副总兵马栋此时上报说清正率二百艘战船屯驻在机张营。杨方亨见此情状，才将事情的原委直吐出来，并将罪行推托到沈惟敬头上，还将石星前后写来的手书呈给皇帝看。皇帝大怒，命令将石星、沈惟敬逮捕问罪。之后，皇帝任命兵部尚书邢..总督蓟州、辽东事务；将麻贵改为备倭大将军，让他经理朝鲜事务；命令都御史杨镐驻守天津，加强警备；任命杨汝南、丁应泰于军中赞画。
五月，邢..到辽东。听说行长正在建楼，清正正在播种，岛上的倭人正在储淡水，索讨朝鲜地图，显然是做长期占领的打算，邢..于是决心用兵。麻贵沿鸭绿江往东进发，所统领的军队仅一万七千人，请求朝廷给他增派兵力。邢..认为朝鲜的军队只习水战，便上疏朝廷请求招募四川、浙江的军队，并调遣蓟、辽、宣、大、山、陕五地的军队和福建、吴淞的水军，让刘纟廷总督川、汉两地的军队听候进剿的命令。麻贵悄悄地报告说等宣、大两地的军队到朝鲜时，乘倭军不备，突然掩杀釜山的倭军，则行长必被擒，清正必逃跑。邢..以为这是奇计，便传令杨元屯驻南原，吴惟忠屯扎忠州。
六月，倭军数千艘战船停泊在釜山，戮杀了朝鲜的郡守安弘国，逐渐逼近梁山和熊川。沈惟敬率领两百营兵，在釜山出入。邢..表面上是慰藉沈惟敬等人，暗地里传檄给杨元，让他袭击并收执沈惟敬，将他缚捆到麻贵的军营中。沈惟敬被执则倭军的向导便开始断绝了。七月，倭军夺取梁山和三浪，于是入侵庆州和闲州。统制元均的军队溃散，闲山于是失守。闲山岛是朝鲜西海口，它是南原的右屏障，是全罗的外藩之地。闲山岛一旦失守则朝鲜沿海就无守备可言，天津、登州、莱州的船皆可扬帆直达。明朝的水军三千人刚抵达旅顺，闲山岛遭陷落后，经略传檄文给朝鲜的明军，要他们守卫王京西面的汉江和大同江，扼住倭军西下的要道，兼防运输道路。
八月，清正包围了南原，乘夜突然发动攻击，守将杨元逃走。此时守卫全州的陈愚衷离南原仅一百里路。南原向他告急时，陈愚衷却不敢救，听到南原已被攻破的消息后，陈愚衷也弃城逃跑。麻贵派遣游击牛伯英赶来援救，与陈愚衷的军队会合后，屯驻公州。倭军于是进犯全州，逼近王京。王京是朝鲜八道的中心，其东是乌岭和忠州，其西是南原和全州，彼此道路相通。自从南原、全州失守后，东西两面全是倭军，我守军兵力单薄，就退守王京，依汉江天险阻止倭军。麻贵向邢..请示，想放弃王京退守鸭绿江。海防使萧应宫以为不能这样，从平壤星夜兼程赶往王京制止。麻贵发兵守住稷山，朝鲜也调遣都体察使李元翼从乌岭出忠清道，拦击倭贼的前锋。邢..也亲自赶赴王京，这样人心才安定下来。邢..招参军李应试问该怎么办，李应试问皇帝和朝廷大臣有什么打算。邢..说“：阳战阴和，阳剿阴抚。政府的八字密划，你可不要泄露啊！”李应试说：“这样就容易了。倭人反叛是因为对处分朝鲜感到绝望，他们不敢杀死杨元，就是还希望朝廷处分朝鲜。直接派人告诉他们说沈惟敬没死，他们定会退兵。”李应试便请求让李大谏出使到行长那里，冯仲缨出使到清正那里，邢..同意了。九月，倭寇到达汉江，杨镐派张贞明持沈惟敬的手书前去倭寇军营，责怪他们动兵，违犯了静候处分的约定。此时行长和正成两人也担心清正轻举妄动，便退军驻扎到井邑。麻贵于是向朝廷上报说在青山、稷山取得大捷。萧应宫揭发道：“倭寇是看了沈惟敬的手书而退的兵，青山、稷山并未打仗，怎么能谈功劳呢？”邢..、杨镐为此很恼怒，于是弹劾萧应宫对敌恐惧畏缩，不敢亲自押送沈惟敬，将萧应宫逮捕问罪。
十一月，邢..所征调的军队已经集结，皇帝将国库中的金帛拿出来犒劳军队，给邢..赐予尚方宝剑，派御史陈效做邢..的监军。邢..大会诸将之后，将军队分为三个协。杨镐和麻贵率领左右两协军队从忠州、乌岭向东安出兵，直奔庆州，专门攻打清正。派李大谏出使到行长那里，让他不要去救援清正。邢..又派中协的军队屯驻在宜城，往东可支援庆州，往西则扼守全罗。再派剩下的军队与朝鲜的军队一起汇合，佯攻顺天等地，以牵制行长，不让他去支援清正。十二月，明军在庆州会合。麻贵派黄应赐去贿赂清正，与他讲和，而自己率大军掩杀到他的军营里去。此时倭寇屯驻在蔚山，蔚山城背靠山险，中间只有一条江与釜寨相通，其陆路由彦阳通釜山。麻贵想专门攻打蔚山，又怕釜山的倭军从彦阳赶来救援，便多布置疑兵，又派遣将领遏住水路，于是进逼倭寇的堡垒。游击摆寨以轻骑将倭军诱入伏击圈内，斩杀敌人四百多名，俘虏了敌军勇将，于是乘胜攻下了两个栅寨，倭军被焚烧而死的不知其数。之后，倭军逃奔到岛山，连筑三个栅寨。第二天，游击茅国器统领浙江的军队率先登上栅寨，接连攻破了这三个栅寨，斩杀和俘虏敌人甚多。倭军于是坚壁不出战。蔚山比岛山高，石城很坚固，我军仰攻多有损伤。诸将便商量说“：倭寇水道受阻，粮饷难继，只要将他们围困起来，清正则可不战而俘。”杨镐认为此计不错，于是分兵将他们包围了十天十夜。倭军甚饿，假装准备投降以缓和明军的攻击。不久，行长的援兵大批而来，将绕到明军的背后袭击明军。杨镐还来不及下命令，就自己策马往西逃奔，结果各军全部溃散，只好撤军回王京，士兵损失了二万多人。皇帝听说此事后，深受震怒，便罢了杨镐的官，让他听候审核处理，派天津巡抚万世德代理他的职务。此事详见《杨镐传》。
二十六年(1598)正月，邢..认为前次战役是因缺乏水军才导致无功，便更加招募江南的水兵，想从海上运送过来，作为在朝鲜持久作战的考虑。二月，都督陈王..率领湖广的军队，刘纟廷率领四川的军队，邓子龙率领浙江、直隶的军队先后到达朝鲜。邢..将军队分成三协，下又设置水陆四路，每路派一员大将统领。中路由如梅统领，东路由麻贵统领，西路由刘纟廷统领，水路由陈王..统领，各自守卫汛地，相机进剿。此时倭军也分为三窟，东路由清正率领，占据着蔚山；西路由行长统领，占据着粟林和曳桥，建造了数重栅寨，严密防守；中路由石曼子统领，占据站泗州。行长的水军轮番给各倭军运送粮饷，在海上往来如梭。我军确定日期准备一齐进攻，不久国内来报说辽阳遭受敌寇入侵，李如松战败阵亡，皇帝下诏让如梅回国赴任，于是中路便由董一元统领。
当应泰审决杨镐的罪行时，李日公请求皇帝收回他对杨镐的决定，以勉励各镇抚官员完成征讨倭寇的重任。皇帝没答应。又因为应泰曾将杨镐在朝鲜筑城作为杨镐的一条罪状，说城坚意得之后，将会使朝鲜日后成为中国的祸患，于是李日公又上奏皇帝为此辩解。皇帝对李日公的回答是：“我们连年在朝鲜用兵，分发军饷，是因为你们国家对我们素来效忠顺从的缘故，不要因为个别人的话而自己起疑心。”
九月，在朝鲜的明军将士分道进兵，刘纟廷进逼行长的营地，与行长相约好好地会一会他。第二天，刘纟廷率军攻城，杀死敌人九十二人。陈王..的水军也协助刘纟廷堵击倭军，毁坏倭军船只一百多艘。行长悄悄地派一千多骑兵扼击刘纟廷，刘纟廷感觉形势不利而退兵，陈王..也弃船而逃。麻贵带兵到蔚山，斩杀了不少敌人，倭军佯装退兵引诱麻贵。麻贵进入空空的堡垒后，伏兵四起，于是被倭军打败。董一元进
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