兵夺取了晋州，乘胜渡江，接连攻毁了两座敌寨。倭寇退保泗州的老营，经过激烈的鏖战，攻下了泗州老营，往前进逼到新寨。新寨三面环江，一面靠大陆。江中引入海水作为护濠，在寨前停泊有海船数以千计。新寨的两边筑有金海和固城两个城，做自己的左右两翼。十月，董一元派遣将领从四面攻打城池，用火器击碎了寨门，士兵竞相前去拔除栏栅。忽然军营中火药发生爆炸，火焰冲天，倭军乘势冲击明军，固城的倭军也已赶来，于是明军大溃，逃回到晋州。皇帝听说此事后，命令斩两个游击以示惩戒，让董一元等人各带罪立功。该月，福建都御史金学曾上报说在七月九日日本的平秀吉死亡，朝鲜的倭军都有回国的意图。十一月，清正率军乘船先回，麻贵于是进入岛山和酉浦，刘纟廷攻夺了曳桥。石曼子率水军援救行长，陈王..率军邀击，打败了石曼子。不久，各地倭军全部扬帆回国。
自从倭寇在朝鲜作乱的七年间，中朝两国还有其他属国丧失了军队数十万人，花费军饷数百万，至今都还算不过来。到关白死，这个祸乱才开始平息。
二十七年(1599)闰四月，皇帝将平定倭寇的消息诏告天下，又给李日公敕谕说“：倭奴平秀吉行为放肆无道，蹂躏你的国家。我顾念你王室对朝廷世代忠贞，深为怜悯你们。这七年来，每天都在考虑对付倭贼的事。刚开始时是对他们薄施讨伐，继而又包容和亲他们，最终对他们严加征讨。不杀人乃是上天的善心，用兵动武乃是不得已而已。安疆靖乱，应以扫荡平定为好。可幸的是天神也讨厌倭人作恶太多，暗里帮我们歼灭了倭人魁首，于是大军乘此机会，追击败退的倭寇，连海隅都已扫清。捷报传来，我的忧劳之心才稍有放松。对于你来说，虽然归还给你的是旧的河山，但实际上同新造的是一样的，要振兴凋敝之业，费力更为艰辛。倭寇虽然逃归本国，但其种族还在。我现在命令邢..带兵回京城，适量留下万世德等人替你分别戍守国土。你应该卧薪尝胆，不忘前耻，尽忠尽孝，将前辈的功业发扬光大。”
五月，邢..向朝廷逐条陈述东征之后的十件善后事宜：其一，留下骑兵、步兵、水兵共三万四千多人，战马三千匹帮助朝鲜戍守疆土；其二，确定每月的军饷，每年给驻守朝鲜的明军发饷银共九十一万八千多两；其三，确定缴纳的田税，可用米豆代替米麦，将此分派给辽东、天津、山东等地，每年十三万石；其四，留兵守卫中路的海防通道；其五，裁减运饷司；其六，尊重将领；其七，增添巡捕；其八，将各军镇巡逻的讯地分开；其九，操练军队；其十，责成朝鲜本国按以上意见去办。朝廷大臣讨论后认为“：几年来疲惫消耗，到现在可以休息一下，自然应当在国内加固根本，不应当更多地花费消耗。况且朝鲜国遭受兵荒之后，不仅仅是以倭人的侵扰为苦，还苦于要负担我们在朝鲜的军队。所以今天所议的善后事宜，仍应与朝鲜国商量，先看他们的粮饷出入情况，再来斟酌我军的去留。至于增购马匹、添补标兵、创立巡捕，以及管理粮饷的府佐等等，全应停止。”皇帝命令督抚会同朝鲜国王一起商量酌定后再上奏此事。八月，李日公向朝廷进献土产，皇帝按例给予褒赏。十月，朝鲜请求留下八千水兵帮他们戍守疆土。从朝鲜撤回来的官兵，就全部驻扎在辽阳以防北方外族入侵。二十八年(1600)四月，朝鲜请求将义州等地仓库中遗留下来的明军食用的米豆运回辽阳。户部上奏说：“运输很困难，不如直接送给朝鲜、让他们用于振兴凋敝的家业，以便昭示皇帝的仁德之心。”皇帝下诏说“：同意。”
二十九年(1601)二月，兵部答复经督朝鲜事务的七条意见：“其一，训练士兵。高丽人骠悍，能耐寒受苦，但其衣是长衫大袖，无法训练，应以管束行伍的方法教育他们。其二，守卫要冲之地。朝鲜三面环海，釜山与对马岛隔海相望，巨济也就在旁边，应以重兵防守该地，并在蔚山、开山等地也派兵戍守。其三，修筑险隘之处的营垒。王京北靠丛山，南临沧海。忠州左右又有乌岭和竹岭，其道像羊肠一样狭小绕曲，有一夫当关万夫莫开之险。现今这些地方的营垒遗址尚存，应给予修葺。其四，修建城池。朝鲜八道之地，十之八九没有城池。平壤西北部的鸭绿江和坝江，都在南部通海。倘若倭寇另外派一支军队占领平壤，则王京的声援就会被断绝，这些地方都应修筑屯寨聚众守卫。其五，造器械。倭军便于陆战而不便于海战，是因为他们的船太重太大，不利于攻击。现今准许他们添造一百一十艘战船作为奇兵，船上添造有神机百子火箭。其六，寻访奇异人材。朝鲜国以世代为官为贵，以世代服役为贱，对百姓为官之途全都禁锢，因此许多人材往往逃到倭人那里或投奔敌方，成为本国的祸患。因此应让他们破格搜寻采用人材。其七，整治我国内的军备。我们中国东南临海，以登州、旅顺为通海的门户，镇江是通海的咽喉，应援之兵，不应全部撤离。我们自己稳固了也就能使朝鲜也稳固。”皇帝下诏让朝鲜按上述几条刻苦执行。九月，朝鲜上奏说朝廷以前颁发给他们的诰命和冕服都因遭变乱沦失了，祈求皇帝再补发颁给，皇帝同意了。
此时倭人国内动乱，对马岛的岛主平义智将投降他们的朝鲜人全部遣送朝鲜，并传书过来与朝鲜讲和，还声称平秀吉手下的将领家康将输送粮食数十万作为军用物资，以威胁朝鲜。朝鲜与对马岛一水相隔，岛内不产五谷，靠朝鲜给他们提供大米。自倭军入侵朝鲜后，停止与对马岛开市供粮，对马岛便千方百计胁迫朝鲜与他们通好。平秀吉死后，明朝的军队全部撤回国内，朝鲜对倭人十分畏惧。他们想与倭人通好，又怕得罪中国。十二月，李日公以对马岛倭人向朝鲜求好一事请示明朝廷。兵部认为此事难以遥相估计，让总督万世德酌情上报处理，皇帝同意。三十年(1602)十一月，李日公上奏称倭国使者频频来要挟我们朝鲜与他们通好，还为此准备动兵，请求朝廷选派将领率军到朝鲜监督协助我们的防卫。皇帝说“：曾经留下将士教习过你们怎么防卫，现成的方法都在那儿，不用再派人了。”让朝鲜的使者将敕谕带回去劝诫勉励他们。三十三年(1605)九月，李日公又请求明朝廷封李珲为世子，礼部仍坚持立长之说。三十五年(1607)四月，李日公以家康前来向朝鲜求和之事上报明朝廷，兵部讨论后认为听任朝鲜国王自己处理算了。从此，朝鲜和日本通好，过了三年便计划互相开市贸易。
三十六年(1608)，李日公死，光海君李珲自称为署国事，派陪臣前来向明朝廷讣告丧讯，并请求朝廷给李日公封谥号。皇帝厌恶他擅自接掌国政，没答应他的请求，让朝鲜国的臣民公议谁该当政之后，将结果上报明朝廷。这时我大清的军队已征服了各部落，渐渐逼近朝鲜。兵部讨论后，让李珲大修武备，整肃边防，并请求皇帝给辽东左督抚和其他镇守大臣下敕令，让他们派官到大清宣达不相侵犯之意。皇帝同意了这个意见。十月，明朝廷封李珲为朝鲜国王，顺从了朝鲜臣民的请求。三十七年(1609)二月，皇帝给李日公封谥号为昭敬，派遣官员到朝鲜给李珲和他的妃柳氏颁赐诰命。
当初，朝鲜失守，依靠中国的力量才得以收复，倭寇放弃釜山而逃。但是倭寇阴谋重新侵犯朝鲜疆界，为患一直不断。于是海上有流言说倭寇图谋釜山，朝鲜与倭人通好。四十一年(1613)九月，总兵官杨宗业将此上报朝廷。李珲为此上疏辩伪，皇帝下诏对李珲安慰劝解了一番。
四十二年(1614)四月，李珲上奏明朝廷，请求皇帝追封他的生母金氏。礼部按《大明会典》中嫡母受封而生母先亡者可以得到追赠的条例，便册封金氏为朝鲜国王的次妃。四十三年(1615)十一月，李珲上表向皇帝祝贺冬至，并上奏买回的《吾学编》、《合廾山堂别集》等书中所记载的朝鲜之事与《大明会典》有出入，请求朝廷予以改正。礼部上奏说“：野史不足为凭。现今他所请求更改的是耻于与叛党一起遭到讥讽，应怜悯他的诚心，交付史馆更改。”皇帝同意。当初，李珲为他生母取得了册封，至此又祈求皇帝给他生母颁赐冠服。礼部大臣认为金氏是侧室，按礼不能享受这个隆遇，因此坚持不可。四十五年(1617)正月，李珲又来为他生母请求冠服，皇帝因李珲屡次恳切陈请，勉强顺从了他的要求。
四十七年(1619)，杨镐监督马林、杜松、刘纟廷等人出兵，被我大清军队击败。朝鲜派来帮助明朝作战的兵将，要么投降要么战死。李珲向明朝廷告急，皇帝下诏优加抚恤。十一月，兵部向朝廷奏复：朝鲜向朝廷入贡的道路，应添兵防守。皇帝下诏给镇江等地添设军将，让经略熊廷弼负责此事。四十八年(1620)正月，李珲上奏朝廷：“敌军于八月中攻破了北关，金台吉自焚而死，白羊向敌人投降。铁岭一战，蒙古的宰赛也被敌军所灭。听说敌国正在谋划，认为朝鲜、北关和宰赛都出兵帮助明朝，现今北关、宰赛都已灭亡，不能让朝鲜独自还生存下去。又听说敌军已陈兵在牛毛寨和万遮岭，想侵略宽奠、镇江等地。宽奠、镇江与我们朝鲜的昌城、义州等堡垒隔水相望，孤处一隅非常危险。敌军若从云爰阳境内取道雅鹘关绕出凤凰城，长驱一天，则宽镇、昌城都无法自保了。这样，里面的辽左佟站和外面的东江城就彼此隔断，声援断绝，这就寒心了。希望朝廷快速调遣大军防守，与我们共同倚为犄角之势，以巩固边防。”此时，辽东的镇塘上报朝廷，声称朝鲜与大清讲和，朝廷大臣认为这是李珲表面制衡大清暗地降顺大清的计谋，应派官前去宣谕，或派将领前去监护，其说纷纭，莫衷一是。李珲上疏辩解说“：二百年对明朝的忠诚是天下最大的事，是死是生关系到名节。”其言辞极为切实诚挚。礼部、兵部都为此请求皇帝降敕令晓谕李珲，让他安心。皇帝认为礼部、兵部的意见是对的，但不派官专门前去送敕令，而是让朝鲜的陪臣带回去。
天启元年(1621)八月，明朝廷改变了朝鲜上贡的线路，让他们从海路到登州，再直达京城。此时毛文龙以总兵的身份镇守皮岛，招集逃亡的百姓为兵，依靠朝鲜供给粮饷。十一月，李珲上奏说朝鲜国力难以负担这笔军饷，请求明朝廷遵循万历年间东征的事例，运送山东的粟米作为毛文龙军的军饷，皇帝同意。
三年(1623)四月，朝鲜国的国人废除了李珲的王位，拥立他的侄子绫阳君李亻宗，以昭敬王的王妃之命，让李亻宗权理朝鲜国事，让朝鲜政府移文给督抚，让督抚转奏明朝廷。毛文龙将此事揭发上报给了明朝廷。登州巡抚袁可立上奏说：“李珲果然有行不道之事，应听听朝鲜太妃的具体奏折后，等待中国来更立朝鲜国王。”袁可立的疏章被留在了中书省。八月，朝鲜王妃金氏上疏，请求明朝廷封李亻宗为朝鲜国王，礼部尚书林尧俞上奏说“：朝鲜废立国王之事，朝廷内外各位大臣都抒忠发愤，有的提议应声张他们的罪行而讨伐他们；有的提议不要急于讨伐而应接受他们的贡献，宽恕他们的末枝小错；有的说应当责令他们遵守大义，再察看国人的向背情况而定王位的；还有的提议应让李亻宗带兵去讨伐敌人替自己洗刷罪过的。这么多议论中都有可采用之处。而说李珲对明朝廷有逆悖之心，李亻宗是以赤心讨伐叛臣，忠心侍奉明朝廷的，只有毛文龙一人。皇上奉天意讨伐逆贼，扶植纲纪常规，是正法。姑且不念李珲对明朝廷素来恭顺，与各裔迥然不同，为今之道也应该另派忠贞于朝廷的有信誉的大臣，会同毛文龙一起，公开征集朝鲜臣民的意见，再三再四地询问访察为好。等到情况审核辨别清楚后，再请示皇上做出圣断。”皇帝同意。十二月，礼部回复朝廷说：“此前我们和兵部一起移咨文到登州巡抚那里，并给毛文龙去信，让他们派遣官员前去朝鲜调查。现今根据朝鲜国十二道公结之后申报上来的材料看，从王室宗族到八道的臣民都说李亻宗十分恭顺。况且朝鲜国的陪臣也相率前来哀求呼吁，说当此危急之秋，必须有君临国政的主人。因此请求皇上先给他们颁发敕谕，让李亻宗统理国事，仍让他们出兵索讨赋税，与毛文龙一起设下埋伏出奇制胜。等到朝鲜的局势渐渐正常以后，再派重要大臣前去朝鲜正式举行册封典礼。这样做，也不失为巩固边疆之道。”皇帝同意。四年(1624)四月，明朝廷封李亻宗为朝鲜国王。
五年(1625)十二月，毛文龙上报说：“朝鲜的
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