颁发皇明祖训条章，“后人若有谈论更改祖制的，以奸臣论处”。十一月十五日，奉议、南丹蛮都被平定。十二月三日，诏令对河南、山东栽种桑枣以及二十七年(1394)以后新开垦的土地，不要征税。
这一年，朝鲜、琉球、暹罗来京朝贡。
洪武二十九年(1396)一月十五日，在南郊祭祀天地。二月十五日，征虏前将军胡冕讨伐郴、桂蛮，予以平定。二十三日，燕王朱棣率兵巡视大宁，周世子有墩领军巡视北平关隘。三月四日，楚王朱桢、湘王朱柏入京朝见。七日，燕王朱木肃在彻彻儿山打败敌军，又追剿到兀良哈秃城后返回。
八月二十二日，免除应天、太平五府田租。九月二十日，召见辞官的武将二千五百多人，大加赏赐，并加一级俸禄。
这一年，琉球、安南、朝鲜、乌斯藏来京朝贡。
洪武三十年(1397)一月三日，封耿炳文为征西将军、郭英为副将军，巡视西北边防。十三日，在南郊祭祀天地。十四日，在山西、北平、陕西、甘肃、辽东设置流动的太仆寺，掌管马匹管事宜。十六日，左都督杨文在辽东屯田。当月，沔县盗贼起事，诏令耿炳文征讨。二月七日，水西蛮叛乱，都督佥事顾成被封为征南将军，平定反叛。三月一日，赐封陈安阝等人以进士及第等不同的出身。二十八日，古州蛮反叛，龙里千户吴得、镇抚井孚战死。
四月十七日，都指挥齐让被封为平羌将军，前往征讨。二十日，平定水西蛮。五月一日，日食。四日，楚王朱桢、湘王朱柏率兵讨伐古州蛮。六月一日，封赐礼部覆试贡士韩克忠等人以进士及第等不同的出身。二十九日，驸马都尉欧阳伦犯罪被赐死。
八月八日，黄河在开封决口。十五日，李景隆被封为征虏大将军，在河南练兵。九月一日，汉、沔贼寇被平定。十九日，麓川平缅土酋刀干孟追随宣慰使思伦发反叛。二十六日，都督杨文代替齐让担任征虏将军。
十月十日，停止辽东海运。十三日，耿炳文在陕西练兵。七日，重建国子监先师庙完工。十一月二十五日，沐春为征虏前将军，都督何福等人为将军，讨伐刀干孟。
这一年有琉球、占城、朝鲜、暹罗、乌斯藏、泥八剌入京朝贡。
洪武三十一年(1398)正月十四日，在南郊祭祀天地。十七日，派人到山东、河南督促农耕。二月八日，倭寇攻打宁海，被指挥陶铎击败。二十四日，平定古州蛮，召回杨文。二十七日，都督佥事徐凯平定么些蛮。
四月四日，廷臣以朝鲜屡生事端为由，请求讨伐，未准。五月初一日，沐春大败刀干孟。八日，皇上患病。十二日，都督杨文跟随燕王朱棣，武定侯郭英跟随辽王朱植，在开平守备，俱受燕王节制。
闰五月八日，皇上病情恶化。十日，驾崩于西宫，终年七十一岁。遗诏说：“我在位三十一年，忧心于天下，日夜操劳，以求有益于民。无奈出身寒微，无古人之博识，扬善惩恶，做得很不够。现在顺其万物自然的法则，没有必要哀念。皇太孙允火文英明仁孝，受天下拥戴，应继承皇位。内外文武大臣要齐心辅佐，以使天下安定。丧礼祭祀所需的东西，不要用金银器皿。孝陵的山水保持原貌，不要改变。天下臣民，哀悼三天之后，全部脱去孝服，以免影响嫁娶之事。诸王留在封地，不要前往京师。此诏令未说之事，按诏令意思酌情办理。”十六日，安葬于孝陵。被追封为高皇帝，庙号为太祖。永乐元年(1403)，追封为圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝。嘉靖十七年(1538)，进而追封为开天行道肇纪立极大圣至神仁文义武俊德成功高皇帝。
太祖皇帝有天授智勇，统一华夏，文韬武略，为汉、唐、宋各代君主所不及。开始之初，能深藏不露，静观变化，战略顺序，成算在胸。曾与各位臣僚谈论夺取天下的谋略，说：“我遭遇战乱，起事于穷乡僻壤，本来只想保全自己。到渡江以后，看群雄的所作所为，只是使百姓遭受灾难，其中张士诚、陈友谅尤为突出。士诚可凭借财富，友谅凭借强大，唯独我没有依靠。只是不喜杀人，提倡信义，厉行节俭，与各位同舟共济。起初与张、陈二寇相持，士诚与我更接近，有的人建议要先攻击他。我认为友谅性格骄狂，士诚器量窄小，性格骄狂则喜欢挑起战事，器量窄小则没有远大抱负，因此要先进攻友谅。鄱阳之战，士诚军队没有迈出姑苏一步去进行援救。如果先进攻士诚，浙西凭借牢固城防坚守，友谅必然率全部兵马赶来，我就会腹背受敌。除掉二寇，北上平定中原，之所以先攻山东，再进河洛，而停止潼关兵马不去攻取秦、陇，是因为扩廓帖木儿、李思齐、张思道虽经百余战却胜负未分，急于进攻，他们就会联合一起抵抗，短期内不能平定他们，因此，出其不意，反而率军北上。燕都既然攻克，再行西征。张、李势单力薄，于是不战而胜，然而扩廓还拼力抵抗。如果不先攻下燕都，就急于与他角逐，胜负就难说了。”太祖皇帝的雄才大略，制胜于敌，可见一斑。因此，他能平息祸乱，取得天下。有道是“后来者居上的道理”岂是偶然的吗？
评论：太祖凭聪明神武的天资，胸怀济世安民之志，审时度势，豪杰景仰，平定战乱，消除强暴，十五年完成帝业
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