奸臣得计谋夺国家，忠臣发愤啊又血泪交流，以身来殉先君又还有何求。唉！如此这般方能死无怨尤。”当时方孝孺年仅四十六岁。他的学生德庆侯廖永忠的孙子廖镛和他的弟弟廖铭把方孝孺的尸体殓葬于聚宝门外的山上。
方孝孺的哥哥叫方孝闻，勤奋好学，为人忠厚，他比方孝孺先死。弟弟方孝友与方孝孺同时被杀，临死前也赋诗一首。方孝孺的妻子郑氏及两个儿子方中宪、方中愈先后上吊身亡，两个女儿也投秦淮河而死。
方孝孺工于文章，其文清纯深邃，雄伟豪迈。他的每一篇文章问世，海内都争相传诵。永乐年间，凡藏有方孝孺文章的都论以死罪。方孝孺的学生王禾余暗中把他的文章收集编写成《侯城集》，方孝孺的文章因此得以流传后世。
仁宗即位，示谕礼部：“建文时的各位大臣，已经蒙受了杀戮之祸，他们的家属沦为官籍奴仆者，都释放为民，并归还田土。其外亲戍边者，除留一人戍所外，其余的都遣放回家。”万历十三年(1585)三月，释放了因方孝孺案株连而戍边者的后代，浙江、江西、福建、四川、广东共计一千三百多人。方孝孺已经没有后代了，唯独方克勤的弟弟方克家有个儿子叫方孝复。洪武二十五年(1393)，方孝复曾经上书朝廷，请求减免信国公汤和给宁海所增加的赋税，被贬戍庆远卫，株连时因军籍免。方孝复的儿子名叫方琬，后被释放为民。世宗时，松江人俞斌自称是方孝孺的后代，一时士大夫深信不疑，编纂《归宗录》。后来方氏发觉俞斌不是方孝孺的后代，于是就将实情告诉了官府，这一骗局也就结束。神宗初年，下诏令褒奖建文时的忠臣，在南京建立表忠祠，排位第一的是徐辉祖，排位第二的是方孝孺。
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