当初，御史刘浚弹劾柳溥败军之罪，触怒了皇上。李贤说御史是国家耳目之官，不宜谴责。石亨诬陷李贤曲护刘浚。皇上渐渐疏远了李贤，不久才醒悟，又待之如初了。他常常独自与皇上谈话，很久才出来。一有事情，皇上一定召他去问这样处理是否可行，或者派宦官去询问他。李贤务持大体，尤其以珍惜人才、广开言路为急务。他所推荐的年富、轩..、耿九畴、王..、李秉、程信、姚夔、崔恭、李绍等人，都是名臣。他时常劝皇上召见大臣，凡有所推荐，必定先与吏部、兵部讨论后再定。他入宫应对皇上时，皇上询问文臣情况，李贤请他问王翱；对武臣，则请他问马昂。这两人在左右辅佐，因此他言无不行，而人们也不担忧他专权，只有群小人与他为难。
曹钦造反时，在东朝房打李贤，将他抓住并要杀他，逼他起草奏章开释自己的罪行。赖王翱的拯救，他才得免。李贤秘密上疏请擒拿贼党。当时正纷扰不安，不知道李贤在哪。皇上得到奏疏后，非常高兴。李贤裹伤入宫见皇上，皇上慰劳他，特加封为太子太保。李贤于是说贼人既已伏诛，应尽快下诏天下停止不急之务，广求直言以疏通被困塞的政事。皇上听从了。
门达正在弄权，锦衣卫官校恣行残暴，造成严重的祸患。李贤多次请求禁止，皇上召门达来告诫他。门达侍宠更加骄横，李贤找机会又向皇上陈述门达之罪，皇上又召门达来告诫他。门达恨之入骨，便借袁彬一案陷害李贤，李贤几乎无法逃脱。详见《门达传》。
皇上病危，卧于文华殿。正好有人向皇上离间东宫太子，皇上颇受迷惑，暗中告诉李贤。李贤叩头伏地说道“：这样的大事，愿陛下三思。”皇上说：“那么一定要传位给太子啦？”李贤又叩头说“：这样则宗社幸甚。”皇上起身，立即召太子来。李贤扶着太子令他谢皇上。太子致谢，抱着皇上的脚哭了起来，皇上也哭了，谗言没有得逞。
宪宗即位后，李贤进升为少保、华盖殿大学士，掌讲经筵事务。这年春，太阳暗黑无光，李贤与同官一起上书说：“太阳，是君主之象。君德明，则日光盛。望陛下敬以修身，正以驭下，刚以断事，明以察微，持之以恒，这样天变自然消弓耳，和气自然来临。”第二天他又说“：天时未和，是因为阴气太盛。从宣德到天顺年间，选进的宫人太多，浣衣局中被没官的妇女愁怨尤甚，应将她们放回家。”皇上听从了，中外都非常高兴。五月，下大冰雹，大风刮走瓦片，吹倒郊坛的树木。李贤说“：天威可畏，陛下应当凛然醒悟，不要亲近左右近幸之臣。要推崇信任老成之臣，共图国是。”有关官员请造皇帝仪仗法驾。李贤说：“内库中还有没用过的，现在恩诏刚刚颁下，正要节财俭用，为什么又要干这些事？”皇上即日压下了这一建议。每逢遇到灾变，李贤一定与同官极力陈言，毫不隐瞒，而在皇上即位之初的政治，他劝诫尤为恳切。
门达被逐出后，他的党羽多投匿名信陷害李贤。李贤请求罢免，有诏书安慰挽留他。吴皇后被废，言官请诛杀牛玉，词语牵连到李贤，还有人造流言蜚语陷害李贤。皇上命卫士住在李贤家中，保护他出入。成化二年(1466)三月，遭父丧，诏令起复他。李贤三次推辞，皇上不许，派宦官护行，为他的父亲营葬。李贤回到京师后，又推辞。皇上派使者宣示他的心意，李贤才出来办事。这年冬天他去世，终年五十九岁。皇上十分哀悼，赠太师，谥文达。
李贤自己感觉到受君主知遇，所以他言无不尽。景帝驾崩后，将用汪皇后殉葬，因李贤的建议，这才罢了。惠帝的少子受幽禁已六十年，英宗可怜他，想赦免他，便问李贤。李贤叩头说：“这是尧、舜之用心，天地祖宗也尊行它。”皇上于是下了决心。皇上曾祭山川坛，觉得夜出不方便，想派宦官代祀。李贤引据祖训争取，皇上最后终于亲自去祭祀，成礼而还。他曾说内库的余财，如不用来救荒和拨给军队，人主必生奢侈之心，而把它们挪用来做土木工程或祈祷声色之用。他前后所请皇上发放内库财物赈贷恤边的，不可胜计。按旧的惯例，地方方面之官敕令由三品以上京官保荐。李贤忧虑这样做导致有关人员竞相营私，令吏部每个职务举荐两个人，请皇上选用。并推之例即从此开始。
自三杨以来，受到皇帝重用的莫如李贤。但他从一名郎官结识于景帝，被超升为侍郎，而他在所著的书中却说景帝荒淫。他又压制叶盛，排挤岳正，不救罗伦，这些尤为世人感到惋惜。
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