当初余子俊巡视宣府大同两镇，要求以延绥边墙法在两镇推行，因年成歉收而停止。到这次他又巡视边境，他坚决要推行，他说东起四海治，西抵黄河，连绵一千三百余里，旧有墩一百七十个，应增建四百四十个，墩高宽都是三丈，估计需要劳动人手八万六千人，几个月可以完成。宪宗下诏书同意第二年四月开工，然而到了那个时候，年成不好，国家和百姓都不宽裕，陡然兴建大工程，上下都感到困难。子俊又想责成边臣去完成，而自己不亲自管这件事，由此招来毁谤和议论。到冬天，他上疏请求还京，宪宗听信谣言，改任他为左都御史，抚巡大同。宦官韦敬进谗言说子俊借修边墙侵吞财物，又弹劾他以私人恩怨换将帅。兵部侍郎阮勤等为他辩白，宪宗发怒，责备阮勤等。而给事中、御史又纷纷呈上奏章弹劾，宦官大半想搞垮子俊。工部侍郎杜谦等前往调查，按实事情况公平地对待，返京向朝廷奏报换置将帅是同阮勤说的情况相符，没有侵吞建边墙的费用。然而花费银一百五十万两、米豆二百三十万石。耗费财物，劳动百姓，不能说没有罪。于是削去太子太保职，退休回家，这时是成化二十二年(1486)二月。
第二年正月，兵部缺尚书，宪宗醒悟到子俊无罪，又召他回来任职，仍加封太子太保。明孝宗继位，因余子俊是先朝老臣，对他更加尊敬。弘治元年(1488)，他上疏陈述十件事，完后又陈述边防七件事，孝宗大多同意实行。第二年，余子俊病重，还亲自撰写奏稿，陈述救荒息盗的办法。刚刚得到朝廷的允准就去世了，享年六十一岁。追赠太保，谥号肃敏。
子俊深沉、刚毅，寡于言词，有谋略。凡是奏章疏议公文，必定亲自起草。每天到半夜才睡，他曾说：“大臣为国，应当不考虑自身利害关系，怎能躲避埋怨换取恩惠，为保全自己作考虑？”因此榆林边墙工程才开始，怨言诽谤众起，子俊态度更坚决，终于大功告成，有利于后世几代人。余子俊孝顺父母、友爱兄弟，为母丧守服时，要儿子余蜫不参加会试，他说“：虽然律令上无这条，但我于心不忍。”本当荫庇封儿子官职，他改为荫庇封弟弟官职。
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