二天，东阳等尽力解救，时逢刘瑾也查访到匿名奏章是太监所投放的，众官员才获得释放。后来过了几天，东阳上奏章请求宽免抚恤等几件事，奏章下达到有关部门。不久户部又上奏章，说粮草亏损，自有专门负责的官员，巡抚官掌管大政，应该从轻减罪。刘瑾大怒，矫造几百字的圣旨责问，朝廷内外都为之震惊叹息。刘瑾担心盗贼越来越厉害，想派兵看守盗贼家属并邻里以及为他窝藏财物的人家。有人自称抓获盗贼七十人，所管部门要用新例处理，东阳说，如果这样，那么百年的案子都可以追究，这才免除了。刘健、谢迁、刘大夏、杨一清以及平江伯陈熊一类人几乎遭到危险，都依赖东阳而得到化解。东阳用隐蔽的手法默默地保全善良之辈，天下人暗中受到他的庇护，然而气节之士大多责怪他。侍郎罗王已写信给东阳，劝他早日退职，以至于到请求削除自己的门生身分。东阳看到信，低头长叹罢了。
焦芳已经与宦官串通一气，王鏊虽然保持正派，但不能与刘瑾抗衡，李东阳就援引杨廷和共同处理政事，勉强配合依靠以此自立。不久，王鏊辞去官位，接替的人刘宇、曹元都是刘瑾的党羽，东阳更加孤立。东阳以前已加少师兼太子太师职位，后来刘瑾想给焦芳加官，下诏书让东阳享受正一品俸禄。正德四年(1509)五月，《孝宗实录》编纂完毕，凡参加编纂诸臣应当按次序提升官职，所管部门引用编纂《会典》的先例，提升诸臣官职。诏书下达，借刘健等以前纂修《会典》多有浪费，全部取消所升职位，东阳也被降低俸禄。过了几天，才以编纂《实录》的功劳恢复被降俸禄。
正德五年(1510)春，久旱无雨，皇帝下达诏书减免囚犯的刑法处置。东阳等人趁机提出几条诏书上未有的内容，明武宗完全同意如此办理。而法律部门害怕刘瑾，减免死罪的只有二人。这年秋天，刘瑾被诛杀，东阳于是呈上奏章自行陈述说“：臣在靠近皇帝所居的翰林院官署凑数，与刘瑾主管的事有关联。凡是调皇帝的诏书或撰写敕令，有的被刘瑾再三驳斥，有的被刘瑾擅自篡改，有的被刘瑾拿回自己的住所，借他人之手写成，有的他传递出来借要人用黄纸誊写之机，逼令诏书之意符合他的意图，这样就真假混淆，无法辨别，臣虽然曲折辗转纠正扶持，希望有所补救，然而因循守旧隐忍克制，所带来的损失也多，理应罢免。”武宗宽慰挽留他。
蜫钅番之乱平定，加封李东阳特进、左柱国，荫庇一子为尚宝司丞，为御史张芹所弹劾。武宗发怒，削去张芹的俸禄。东阳也请求退休，辞去荫子的官职，武宗不答应。这时焦芳、曹元已经罢免，而是刘忠、梁储任职，政事一新。但是张永、魏彬、马永成、谷大用等仍然在位，武宗仍和过去一样醉心游玩。皇子未生，武宗大多居宿在外，又主张大兴豹房的工程，在皇宫建寺庙道观。东阳等很担忧，前后上奏章直言极谏，得不到答复。正德七年(1512)因为京师以及山西、陕西、云南、福建相继发生地震，而武宗不开办经筵讲座，久不上朝，对宗社祭祀也不关心，出入皇宫大门不讲法度，谷大用仍然开西厂，东阳等人屡次上疏极力劝谏，武宗终究听不进去。
九年(1514)官职期满，兼领大学士的俸禄。河南贼平定，荫庇李东阳的儿子世袭锦衣千户。东阳二次上疏尽力推辞，改荫六品文官。这年冬天，武宗想调宣府军队三千人保卫皇宫，而以京师军队替换去守边。东阳等坚决反对，大臣、台谏都帮东阳说话，宦官交错索取诏书草稿，武宗坐在乾清宫门催促，东阳等始终拒绝起草所需敕令。第二天竟然降下内诏施行，于是江彬等率领边兵进入豹房。东阳以年老有病要求退休，前后上了好几道奏章，到这时才获允准。赐东阳敕书、供给粮食、仆人如同旧例。又过了四年，李东阳去世，享年七十，追封太师，谥号文正。
东阳对父亲很孝顺。当初任翰林官时，常常在外饮酒到深夜，他父亲就不睡觉，忍着寒冷等待东阳回来，从这之后，东阳终生晚上再也不在外饮酒。他的文章典雅洒脱，朝廷里的大部头的著作大多出自李东阳之手。并擅长篆书、隶书，他的书法诗文流传到周边国家。东阳勉励后进，推荐扶植有才学的人，出于他门下的文人、士大夫都有辉煌的成就。自明建国以来，宰相、大臣以文章领导百官的，杨士奇过后就只有李东阳了。东阳立身朝廷五十年，高洁情操不改变。退休在家，来求他的诗文、篆字的人多得堵塞了门槛，这为东阳家庭的日常生活提供了资助。一天，夫人正拿来纸张笔墨，东阳露出疲劳的面容，夫人笑着说：“今天要招待客人，难道能使桌上没有鱼菜吗？”东阳才欣然提笔，过了一个时辰才罢手，这就是李东阳的风度操守。
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