办法。杨翥详细地陈述从罕东到哈密的道路，要求调罕东的三千兵为前锋，三千汉兵随后，带上数日的口粮，从小路兼程急进，则可以获胜。文升大喜，于是向孝宗汇报，孝宗下诏调罕东、赤斤、哈密的军队，命令副总兵彭清率领，隶属于巡抚许进前去进讨，果然打败牙兰，详情载于《许进传》。
团营军士不足，请求从锦衣卫及腾骧四卫中选补。已获批准，宦官宁瑾从中阻挠。文升及兵科蔚春等说诏旨应讲信用，意见没被接纳。陕西发生大地震，文升道“：这是外寇入侵的征兆。现在火筛正强横，而国内民困财竭，将懦兵弱。宜实行仁政来养活人民，研究武备用以巩固边防。节省开支，停办斋醮，消除传奉冗员，禁止奏求闲地，每天视朝两次，勤于政务。并且撤回陕西织造内臣，救济抚恤受灾人家。”孝宗接纳他的建议，立即召回内臣。
文升在兵部任职十三年，尽心军务，他多次向上条陈关于屯田、马政、边备、守御等应办的事。只要是对国家有利的，即使并非他本职守，也言无不尽，曾经因为太子年已四岁，应该及早进行教育。文升请求挑选淳朴严谨、老成又熟悉历史的人，如卫圣、杨地等人，由他们教育扶持太子，对太子言语举止都要引导。像内廷举办的宫宴、钟鼓司的活动，元宵放花灯、端午划船等游乐活动都勿让太子见到。至于佛老之教，尤其应当摒绝，以防惑乱太子心志。山东久旱无雨，浙江以及南畿发生水灾，马文升奏请命有关部门救济抚恤，操练士卒以备不测。奏言都为孝宗接纳。百姓为赋役所苦，文升全面地陈述赋役过重的弊害，他说“：现在民田收十分之四五的税，百姓运粮到边塞一石花费一两以上的银子，丰年八九石粮换一两银子，像丝绵布帛运到京师的，沿途费用超过所运物的价格，南方通过水路运粮到通州，要花三、四石才能送到一石。中州每年役使五六万人治理黄河，山东、河南修堵决口不下二十万人，苏州府、松江府治水也如此。湖广建吉、兴、岐、雍四王府，江西益、寿二府，山东衡府共计役夫不下百万，诸王封地供应的役夫也有四十万。加以湖广征讨蛮族，山西、陕西边防，给军队供应粮饷的又不知有多少。赋税重差役繁多，没有比此时再厉害的了。宜严令内外各部门，免去多余的花费，减少力役，毋擅自摊派。王府的工程应该迅速完工，就可能使困难局面得到缓和。请求崇尚儒学，抑制邪术，以便清静圣心；节省花费，减少土木营造工程，以培植国家的根本。”孝宗命将他的奏章下到有关部门详细讨论。马文升发表议论最多。他在班列中年高又有德望，孝宗也十分信任他。从太子太保屡加至少保兼太子太傅，经常给他赏赐，诸大臣无人敢有怨言。
吏部尚书屠氵庸被罢免，廷议推举文升代替。而御史魏英等说兵部非文升不可，孝宗也这样认为。就命倪岳任吏部尚书，而加封文升少傅来安慰他。倪岳去世，由马文升代替倪岳任吏部尚书。南京、凤阳发生大风雨，房屋被毁坏，树木被风拔起来，马文升请求孝宗减食撤乐，修德反省过失，开御前讲席，断绝游玩和宴饮，停办非急务之事，停止额外织造，赈济灾民，捕捉盗贼。事后，文升又奏陈吏部主管的十件事。孝宗全都表示赞赏并接纳之。文升任一品官满了九年，加封为少师兼太子太师。由于要对将官进行考察，孝宗特召文升及都御史戴珊、史琳到暖阁，告诫大家秉公升降。因为文升年老听力减退，又再次高声告诉他，命左右搀扶文升下台阶。起初文升为都御史，王恕在吏部，两人都处事刚直不阿。他们起草的疏一发出，天下传诵。王恕离开后，声望都集中于马文升。到他在吏部任职时，已经八十岁。长须修眉，遇事侃侃而论不减当年。
孝宗去世，马文升奉遗诏向武宗请求淘汰传奉官七百六十三人，武宗下令除留太仆卿李纶等十七人外，其余的全部淘汰。正德元年(1506)，御用监宦官王瑞要求任用新近被淘汰的七人，文升不接武宗下的诏书。给事中安奎探听到王瑞受贿，弹劾王瑞。王瑞十分怀恨，诬告文升违抗圣旨，再下廷议，皆以文升之言为是，武宗终究不听，文升因此请求返乡，未得允准。
这时，朝政已转移到宦官手里，文升年老，天天怀着离去的念头。时逢两广缺总督，文升推举兵部侍郎熊绣。熊绣心中不愿意出任，熊的同乡御史何天衢就弹劾文升为徇私欺骗蒙蔽。文升接连上疏要求离开，武宗答应了。赐他玺书、马车，增加月粮和每年役奴。文升在家居住时，无事不去州府。外人谈及时事，他总是皱着眉头不回答。在家住了三年，刘瑾乱政，说文升以前用雍泰为朋党，除去文升官籍。五年(1510)六月去世，终年八十五岁。刘瑾被诛杀，恢复文升官衔，追赠特进、光禄大夫、太傅，谥号端肃。
文升文武双全，擅长应付事变，朝中大事往往由他决断。建功在边镇，国外都知道他，文升尤其注重气节，品行端方不苟，一生走正直之道，虽然遭到诬陷，几起几落，正气终究不减。儿子马璁，以乡贡士等待吏部选拔，文升要其子请求在京城以外任职，文升说：“大臣的儿子都在京为官，哪个应该任地方官？”他去世一年后，大盗赵钅遂等抢劫河南，到了钧州，因为马文升的家在此地，即舍之而去。进攻泌阳，放火烧了焦芳的家，用草扎成焦芳像碎裂之。嘉靖初年，加赠文升左柱国、太师。
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