繁制造大案件，乔新一律依据法律纠正。刘吉愈加仇恨他。几次寻找借口削去乔新俸禄。二年(1489)夏季，京城大水，乔新请求抚恤受灾人家，又考虑到刑法失平，奏陈律文当变更的几件事，刘吉一概加以阻拦而不实行。大理丞官职缺人，御史邹鲁图谋升迁此官，而乔新推荐郎中魏绅。时逢乔新舅家与乡人打官司，邹鲁即诬告乔新接受贿赂包庇舅家人。刘吉从宫中取旨将其舅家人下诏狱，乔新于是上疏要求返乡。不久，追根究底终归拿不出证据，邹鲁因诬告被停发俸禄，也同意乔新退休。
乔新为人清廉。他在工部负责时，曾去淮西视察。巢湖县令阎徽年青时从师于文渊，就赠乔新金币。乔新不收，阎徽说“：这是为我师祝寿的。”乔新说“：你要为我父亲祝寿，通过他人送给父亲可以，通过我送给父亲则不行。”终究不接。福建市舶宦官死了，镇守者将其资财分送三司，独有乔新坚持不收。不得已，送交国库。辞官在家时，杨爱遣使赠送厚礼，并且献做棺材的上好木料，乔新坚决不收。
乔新十一岁时，随父在京城居住，修撰周旋来访，乔新正在读《通鉴续编》。周旋问他“：此书比起《纲目》在取材和对人物评价上有什么不同？”乔新回答“：吕文焕向元朝投降而不写叛变，张世杰投海殉国不说是死节；曹彬、包拯之死不写其官职，而记述伏羲、轩辕多采怪诞，似乎不恰当。”周旋大为吃惊。长大成人之后，博览群书，听说有珍奇的书总是借来抄，积累三万余函，都是经他自己校雠，著述甚多。不大与人来往，气节与彭韶相投，学问与丘浚谈得来而已。
罢归后，巡按江西御史陈诠上奏：“乔新始终保持节操，中间只有接受亲戚送礼之嫌疑，而被勒令辞官，这样进退不明的处理实在可惜。请前往调查，如该官无病则予以任用，如有病就加以慰劳，以留存对故旧的恩惠，保全进退的节操。”孝宗不答应。后来朝廷内外许多官员上疏推荐何乔新，孝宗始终不再起用。十五年(1503)乔新去世，终年七十六岁。
江西巡抚林俊为彭韶及何乔新请求赐谥号，吏部也提出此请求。孝宗下旨令呈报乔新退职的原因，给事中吴世忠说“：乔新的学行、施政办事都很不错，忠诚，勤奋，刚正耿直，年龄越大越如此。御史邹鲁挟私仇诬告他，他一词不辩，坦然退职归乡，闭门著书，少与人来往，士大夫没有谁不赞赏他的品行。如果一定要考察退职的原因，怀疑表彰贤才原则的误用，那就像宋代蒋之奇曾经诬奏欧阳修，胡..之辈曾诬奏朱熹，未听说以一个人的私情而废万世公论。”事情终究未成。正德十一年(1516)，广昌知县张杰又为乔新说话，才赠封乔新为太子太保，准予其子袭乔新官爵。第二年赐谥号文肃。
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