不许这样。御史俞缁临阵脱逃躲避敌人，致使佥事吴景阵亡。俞缁感到惭愧不安，想嫁罪于林俊，就弹劾林俊一次次报上斩敌之功，反贼到底还没消灭掉，加上他开凿水井，拆毁寺庙，赶出僧人，迫使他们都做了贼。于是林俊前后几次受到严厉批评。等到方四败灭以后，江西反贼差不多消灭干净了，林俊上书辞谢给自己的晋级和奖赏，请求让自己以原来的职务告老还乡。诏书传下来，不允许他辞谢晋级，但准予退休，言官纷纷上书请对林俊加以留用，武宗没做任何批示。林俊起程回家的时候，江西的士绅、百姓号哭追送，恋恋不舍。当时是正德六年(1511)十一月。
世宗即位以后，起用他做工部尚书，又改为刑部尚书。他在赴京的路上就几番称病求罢，世宗不同意。他在奏章中还进而请求世宗亲近儒臣，平心静气地发号施令，以朴实、厚重的美德做天下人的榜样；即位诏书中所要革除的弊端，实行过程中不要迁就，以免使公众的舆论落空。抵达京师后，正碰上暑天，经筵停止进行日讲，林俊就拿祖宗勤学的故事来劝谏世宗。他那时已经有七十岁了，却只在朝房中居住，以示没有长期住下来的意思。他几次给世宗讲要亲近大臣，勤于研究儒学，明辨佛、道是异端，治国要节约财用等道理。朝廷中间每有大事，他一定侃侃陈论，当时朝堂内外的人们都想一睹他的风采呢。
宦官葛景等人非法谋利的事暴露后，被言官举报上去，世宗传令让司礼太监审讯，林俊说内臣犯法，法司不能审问，这样宫廷和朝廷不就一分为二了吗？请交给法司公审，以显示政治的公平、光明。都督刘晖关入监狱后，林俊认为应按结成朋党的律令来断，说刘晖与许泰罪恶相等，请将他斩首以告慰天下人。廖鹏、廖铠、齐佐、王王献被判死刑后，世宗屡次诏令缓期执行，林俊上书请立即执行。后来他又弹劾谷大用侵占民田一万多顷。世宗都没有听从他的意见。宦官崔文的仆人李阳凤向匠师宋钰索取贿赂不成，怂恿崔文把宋钰差点一棒打死了，崔文被关在刑部狱中尚未定案，已从宫廷内直接传来圣旨要刑部把他移交镇抚司。林俊押下不肯移交，极力向世宗谏诤，世宗不听。第二天林俊再次上书，世宗恼火地责成他作出书面解释。林俊说“：祖宗把量刑交给法司办理，把缉捕奸盗交镇抚司办理，镇抚司审讯以后，犯人还必须交给法司来判刑。从来没有从法司夺走尚未量刑的犯人，倒回头交给审讯者定罪的。崔文是武宗朝留下的坏蛋，他的罪恶已经不容不杀，现在又暗地里求取内宫发出诏书，我不忍心看到朝廷一百五十年来传下的法度给这些人破坏了。”世宗敬畏他说话爽直，就不再追究他了。
林俊因为年长而有德行，被世宗从乡下起用上来，他坚持正道，不避嫌疑，在屡次受到阻挠后，就上书请求退休。世宗传令加封他为太子太保，按规定配给他驿道车马、仆人和粮食。
林俊也曾屡次和世宗争议“大礼”，意见和杨廷和一致。他曾上书说皇上推尊自己的亲生父母有不容罢休的心情，也有不可改变的礼制，于是抄辑了尧、舜以来到宋理宗为止共十条往事，递了上去。等“大礼”议定后，被世宗治罪的人有的竟被杖打至死。嘉靖四年(1525)秋天，林俊在病中上书说：“古时候鞭打的刑罚，也只是羞辱罪人而已，不是非要打伤罪人的肌肤，让他去死不可，也不是用来对待士大夫的。成化时，我见到过廷杖三个大臣，都允许他们穿着厚棉衣，裹着几层毯子，就这样也要打得大半死，很长时间才能痊愈。正德年间，邪恶的刘瑾窃取权柄后，廷杖才让人脱下衣服，致使后来受廷杖的人大多被打死。我又见到成化、弘治年间，只有叛逆、妖言、强盗关进诏狱后，才传令拷问，其他类型的犯人只是说送审而已。现在对不管什么犯人都一概拷问，也不是过去有过的事。从去年至今，原先的大臣差不多给赶尽了，朝堂为之一空。我请求圣明的陛下留心，把已经离开的大臣以礼召回，对没有离去的加以安慰和留用。有着很高的德行、名望的人如罗钦顺、王守仁、吕木冉、鲁铎等人，应该安排在陛下的身边。我衰老有病，只在等死，没有别的希望，所以敢仿效古人临死上表的意思，恭敬地表达我犬马一样的忠心。”世宗收到后只是交给有关部门收存而已。过了一年，林俊病危，又上书请世宗勤于学问，光大孝行，任用贤人，虚心纳谏，善保玉体，并且预先辞谢身后的丧葬善后仪式。然后就死掉了，终年七十六岁。
第二年，《明伦大典》成书，朝廷追论林俊附和杨廷和的罪过，削了他生前的官，他的儿子就用士丧礼埋葬了他。林俊先后经历四朝，抗言敢谏，以礼入仕，也以礼退休，一生中始终保持着同样的节操。隆庆初年，朝廷恢复了他的官，又追赠他为少保，谥贞肃。
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