受土鲁番奴役，以他们的征收为痛苦，也率领五千多人入关来内附。土鲁番人来侵犯，接连被参将云昌等打败。他们勾引瓦剌人侵犯肃州，游击彭..打退了他们。敌人既失去了援助，又在几次战争中失利，于是归还哈密，请求上贡，请归还被扣押在中国的使臣，只是话说得很不礼貌。王琼上书请求对他们予以安抚、结交，世宗采纳兵部尚书王时中的意见，像王琼奏请的那样做了处置。霍韬对此提出责难，王琼又上书请求遣还土鲁番的使臣，像以前那样允许他们来上贡。从此西域又平定下来，只是北方的贼寇常常来骚扰边疆。首次进来侵犯庄浪，王琼部下的将领阻击他们，斩获几十个首级。不久由红城子进来，杀害了部饷主簿张文明。第二年又用数万骑兵来犯宁夏，过后又侵犯灵州，王琼派济南梁震等拦截，斩敌七十多人。那年秋天，征召各路精兵三万人，在塞下巡行。敌人听说了，卷起帐篷远逃而去。明朝官兵于是分路进攻，放火在原野上焚烧，显示了军威，然后收兵而回。
在这之前，南京给事中丘九仞弹劾王琼，世宗却加以安慰、挽留。等张璁、桂萼被罢免后，那些弹劾张璁、桂萼等人的大臣都出面攻击王琼，世宗于是命令他退休。不久又把先前的诏书搁下来，派人对王琼表示慰问。正好番人前来临洮大肆掳掠，王琼征调兵力讨伐若笼、板尔各部，焚烧了他们的巢穴，斩杀了三百六十人，收附了七十多个部族。评定战功，被加升为太子太保。王琼在边疆上，战备都整顿得很好。贼寇曾经打到山西，占了便宜，过了一年又来边境上抢劫，假装着要向东打，王琼命令在西边做好战斗准备。贼寇果然钻了进来，官兵沉重地打击了它。各处番人被扫荡、平息后，西部边陲更加太平了。甘肃军民一向受吐鲁番人侵犯、欺凌，现在惟恐王琼离开，就一块请求当地守臣向朝廷上书，留下王琼别走。于是巡抚唐泽、巡按胡明善都上书叙述他的功劳，请听从甘肃军民的请求。世宗为此颁发诏书，奖励了王琼一番。
当初，世宗厌恶杨廷和，怀疑朝中大臣都是他的同党，所以接连任用桂萼、方献夫主管吏部。等献夫离任后，世宗不想任用另外的人，所以久久不增补这个缺额。到十年(1531)冬季，才派行人拿着敕书前往召王琼回朝。当吏部尚书、南京御史马易攵等十个人上书痛骂王琼是先帝一朝遗留的大奸臣时，世宗大为恼怒，把马易攵等人全都关进了诏狱中，并且对王琼表示安慰。不过不久，马易攵等也都官复原职了。花马池传来战报，兵部尚书王宪请派出部队。王琼说花马池战备严整，敌人打不进去，大部队去了，敌人先撤了兵，只能空自耗费中国的人力、财力而已。王宪最终还是派出六千人，走到彰德，敌人果然逃走了。第二年秋天，王琼死在任上。被追赠为太师，谥恭襄。同一年，彭泽已在王琼之前死掉了。
在正德、嘉靖年间，彭泽、王琼都有才干，有胆略，他们不停地相互中伤，仕途中你进我退，几番更迭。其中王琼阴险、忌妒，舆论尤其不赞成他。但是他在兵部时立了很多功，外放提督陕西三边军务时，人们也曾把他比作杨一清呢。
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