作歹，并不是狼兵顺服，而瑶、僮叛逆。狼兵隶属土官，而瑶、僮隶属流官。土官令严足以控制狼兵，流官势轻则不能控制瑶僮。如果将瑶、僮分割开来分别隶属旁近的土官，土官世世代代富贵，不敢有他望。这样以国家的力量控制土官，以土官之力来控制瑶、僮，将他们都变成狼兵，两广就世世代代没有祸患了。当时没有采用他的建议。到十六年(1537)就发生了思恩岑金的叛乱。
起初，思恩土官岑氵睿被诛后，改设流官，以其酋二人韦贵、徐五任土巡检，分别掌管兵马各有一万多人。夷民不喜欢汉法，共有多次叛乱。镇安有个男人名叫岑金，他自称是岑氵睿的儿子。镇安土官于是暗中召集旧部酋长，叫出岑金而与旧部酋长结盟说：“这是你们的小主人。”诸酋罗拜，拥岑金而归，聚兵五千人，准备攻城，恢复旧地，远近汹汹。岑氵睿被诛时，他的酋长杨留没有地方去，率同党一千多人到宾州去，应募为打手。沈希仪在宾州，杨留到沈希仪府中说，他想去见他的小主人。沈希仪向来担忧岑金，等听到杨留的话后，更加大骇。因而问杨留说“：是岑氵睿的第九个儿子吗？我从前征讨田州所以听说过这件事。”因而自语说“：岑氏又恢复了吗？”想以此打动杨留，杨留果然大喜。之后，沈希仪召杨留到密室中说：“给我重贿，就为岑金复官。”出去后又呼他回来说：“韦贵、徐五现今分别管掌思恩兵马，必定仇恨岑金，必须妥善防备他们。”杨留更加大信。岑金于是跟从五千人依靠杨留来见沈希仪。门人奔告，请求沈希仪不要收纳岑金的贿赂。沈希仪骂着说“：岑金是土官的儿子，不是贼寇，为什么不收纳？”将岑金引入，与他厚结，又引他诣见兵备副使，随后用计逐渐解散岑金的五千人。兵卒捆缚岑金，杨留也惭愧而死，思恩又恢复安宁。之后，随从总督张经大破断藤峡、弩滩的敌贼，受到赏赐而归。
沈希仪镇守柳州、庆州很久，大盗宿猾被捕诛殆尽。先后捣毁敌巢，斩敌人积有五千多个，未尝全部上奏报功，所以多不叙功。十九年(1540)又谢病，柳人在山云洞为他祭祀。不久被起用为四川左参将，分守叙州、泸州和贵州迤西等处。这一年冬天，被提升为署都督佥事，充任总兵官，镇守贵州。又谢病回到家乡。塞上多警，朝廷召令天下名将到京师，沈希仪在召之中。沈希仪镇守柳、庆时，每战必身先士卒，身体多次受伤，遇阴雨天气总是剧痛，所以多次谢病。到京后，也因病辞谢。皇帝怀疑他是回避，夺去他的都督官职，命令他赴兵部听候调用。翁万达推荐他的才能。正遇上江、淮多盗，议设督捕总兵官，于是恢复沈希仪署都督佥事官职前往剿匪。
二十六年(1547)任沈希仪为广东副总兵。命自今将领至四川、广西、云南、贵州者，毋推京营及西北边，著为令。沈希仪随从总督张岳大破贺县的敌贼倪仲亮等人，予实际授官，仍然赏他银币。琼州五指山熟黎向来畏法，供徭赋，知州邵氵睿残虐榨取他们的血汗。黎酋那燕于是勾结崖州、感恩、昌化诸黎作乱。总督欧阳必进提议一并讨伐万州、陵水之黎，兵分五路。沈希仪正在患病，最后到来，他对欧阳必进说：“万州、陵水之黎人没有从恶的事实，如果一并诛讨，更加树敌。不如只分兵三道。”欧阳必进听从了他的话。沈希仪于是偕同参将武鸾、俞大猷等人直入五指山下，斩那燕及其党徒五千四百多人，俘获的有五分之一，招降三千七百人。捷报奏闻朝廷，沈希仪晋升为都督同知，改任贵州总兵官。又从张岳军定铜仁的叛苗龙许保、吴黑苗等人。又因病回到家乡。倭寇侵犯海上，命令沈希仪督川、广之兵赴剿。无功，沈希仪被周如斗弹劾罢去官职。
沈希仪为人坦率，常居喜欢说俏皮话，性格开朗，没有城府。等到面临敌人，则应变出奇，让人莫测。特别善于安抚士卒。沈希仪经常染病垂危，士卒多自残来向神祷告。甚至有一人，为沈希仪祈祷到达用箭穿自己咽喉的地步。沈希仪是如此深得士卒之心。
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