败事，被朝廷贬谪为一般办事官员。
柘林倭寇虽然败北，但新增援的倭寇乘战船三十余艘突破青村所，与南沙、小乌口、浪港诸路贼人汇合，进犯苏州陆泾坝，直逼娄门，击败南京都督周于德所率部队。海寇又分为二路，北路攻掠浒墅，南路骚扰横塘，兵势蔓延到常熟、江阴、无锡等地，进退于太湖之中。俞大猷与副使任环大败海寇于陆泾坝，烧毁敌船三十余艘。又在三丈浦对向海外逃走的倭寇予以拦击，击沉敌船七艘，海寇退往三板沙停泊。不多时，另外一支倭寇进犯吴江，俞大猷与任环又在莺月豆湖处伏击，倭寇逃往嘉兴。三板沙倭寇掠夺民船作逃跑的打算，俞大猷追击到马迹山，擒获倭寇头目。金泾、许清、白茅港的倭寇见势不妙，都乘船出海，俞大猷追击到荣山，焚毁五艘敌船。倭寇逃到马迹山、三板沙，官军又追上，破坏了三艘敌船。江阴蔡港倭寇也企图逃走，官军在马迹山、马图、宝山分别与敌作战。正值飓风掀起，海盗船沉没不少。柘林的倭寇亦遭官军攻击，击沉船只二十余艘，其余的倭寇退到岸上。稍后，又乘船向海外逃窜。俞大猷与佥事董邦政分路攻击，俘获敌船九艘。在大风的袭击下，敌人又损失战船三艘，剩下的三百人回头登岸，逃到华亭陶宅镇驻守，屡次击败赵文华所率大部官军。入夜倭寇屯驻周浦永定寺，官军四面合围。此时柘林遭风暴袭击的九船倭寇屯集于川沙洼，并纠合其他失散倭寇船只共计四十余艘，兵势尚未止息。巡抚曹邦辅弹劾俞大猷放纵敌人，嘉靖帝恼怒，剥夺其世袭特权，并说他该当死罪，令俞大猷立功赎罪。由于官军对周浦倭寇围攻甚急，倭寇乘夜色掩护向东北逃窜，遭到游击曹克新的拦截，杀死敌人一百三十名，其余倭寇遂与川沙洼的倭人汇合。各路官军日夜攻击，川沙洼的倭寇烧掉营地乘船出海。俞大猷带副使王崇古入海追击，在老鹳嘴赶上敌人，焚毁倭寇大船八艘，杀伤无数。残余倭寇逃往上海浦东。
起初，因倭患严重，特地任命都督刘远为总兵官，兼职管辖苏、松诸郡，在几个月的时间内毫无作为。廷臣争说俞大猷有将才。嘉靖三十五年(1556)三月遂将刘远罢免，任命俞大猷为总兵官。倭寇进犯西庵、沈庄及清水洼，俞大猷偕同董邦政击败敌人，倭寇逃到陶山，皇帝为此诏令归还俞大猷世袭特权。倭人自黄浦向外逃遁，俞大猷追击挫伤敌人。这年冬天，因为参与讨平徐海的功劳，加职为都督佥事。徐海部众被讨平后，浙西的倭患止息。只有宁波舟山的倭寇依据险要，与官军抗衡，官军将其围困，而难以攻克。此时作战勇猛的狼兵、士兵都已遣散放归，而从四川、贵州调集的麻寮、大剌、镇溪、桑植六千名士兵刚到。俞大猷乘大雪天，四面攻击舟山倭寇，倭寇拼死作战，杀死了士官一名。各路官军愈益争先，冲上去焚毁了敌人栅栏，倭寇死亡甚多，逃出来的也被歼灭，舟山倭寇被官军扫平。
第二年，胡宗宪正以计谋取汪直，听从卢镗的建议与汪直通市贸易，俞大猷表示坚决的反对。后来汪直被诱捕下狱，汪直余党毛海峰等于是据守舟山，在岑港设寨阻挡官军。俞大猷围击，不时有一些小的胜利。然而仰攻不利，冲上去的将士多被敌人杀死。倭寇大批增援而来。朝廷急切地督促胡宗宪出战，胡宗宪以大话敷衍。朝中士大夫竞相诋毁胡宗宪，并弹劾俞大猷。于是撤销俞大猷及参将戚继光的职务，并以一月为期限，平定倭寇。俞大猷等感觉压力甚大，于是对倭寇发动了更加猛烈的攻击，倭寇也更加死守。三十七年(1558)七月倭寇才自岑港移驻柯梅，造起一批战船后，泛舟逃去。俞大猷等在海上拦截，击沉倭船一艘，其余倭寇于是乘船向南，流动攻掠闽、广一带。俞大猷先后杀倭四五千人，几乎平定倭患。由于官军将倭寇围击一年而不能攻破，胡宗宪觉得倭寇出走更有利，于是暗地让敌人溜出，并不督兵邀击。等到御史李瑚就此事弹劾胡宗宪时，胡宗宪则将罪责推到俞大猷头上，嘉靖帝大怒，下令逮捕俞大猷，再次剥夺他的世袭荫庇的特权。
陆炳与俞大猷的私人关系很好，他暗地里用自己的家私向严世蕃行贿，俞大猷得以出狱，并命他去边塞立功赎罪。大同巡抚李文进了解俞大猷的才华，跟他一起筹划军事。于是俞大猷设计制造出抵御敌人骑兵的独轮车。他曾用百辆独轮车、三千骑兵，在安银堡大败敌人。李文进向朝廷推荐了俞大猷的这一战车御敌之法，朝廷因此设置了兵车营。京师营卫中有兵车营这一编制，从此时开始。李文进准备偷袭蒙古部落，就商于俞大猷，依计行事，果然大有战绩。朝廷因此赐还俞大猷世代荫庇子孙的特权，接着敌人攻掠广武，俞大猷又将其击退。此前在评定平息汪直倭患的功劳时，朝廷同意将俞大猷免罪录用。至此，镇..出现匪情，川湖总督黄光升向朝廷推荐了俞大猷，俞大猷即任命为镇..参将。
广东饶平贼人张琏，数次攻陷城邑，多年没有平定。嘉靖四十年(1561)七月，皇帝下诏调俞大猷去南赣，集合福建、广东兵力讨伐。这时胡宗宪兼管江西，他知道张琏远离巢穴，要俞大猷迅速追击。俞大猷说“：应以奇兵偷袭他的巢穴，攻击他必须救护的要害，怎么可以用数万人的部队跟着张琏一人到处流动呢？”于是迅速带一万五千人登上柏高岭，俯视盗贼营地。张琏果然回来救援，俞大猷连败张琏，斩敌一千二百余人。盗贼恐惧，守营不出。俞大猷用计诱张琏出战，派人从阵后将其擒获，还擒获另一头目萧雪峰。广东人将功据为己有，俞大猷亦不计较。俞大猷遣散张琏余部二万人，没有杀戮一个。俞大猷升为副总兵，协助驻守南、赣、汀、漳、惠、潮诸郡。又乘胜征讨程乡的盗贼，梁宁逃走，徐东洲被擒获。林朝曦约请黄积山谋求大举抗拒官军，官军攻破贼营，斩了黄积山，林朝曦逃去，但后来也被徐甫宰所击灭。不久俞大猷升为福建总兵官，与戚继光一道攻下兴化城，共同击败海上倭寇。事迹详载于戚继光传。由于戚继光率先破城，得到最高奖赏，俞大猷仅被赐给银币而已。
嘉靖四十二年(1563)十月俞大猷调任南赣。四十三年改任广东。当时潮州倭寇二万人与大盗吴平相互支撑，而蓝松三、伍端、温七、叶丹楼等人则经常在惠州、潮州一带劫掠。福建则有程绍禄祸乱延平，梁道辉骚扰汀州。俞大猷以自己的威名震慑这些为非作歹者，他单骑闯入程绍禄驻地，督促程绍禄回到山寨，并要程绍禄将梁道辉赶回去。程、梁二人最后被另一支官军消灭，惠州参将谢敕与伍端、温七作战失利，谢以“俞家军”来了恐吓对方，伍端听说，赶忙带着一帮山寨的酋长回去了。不久，俞大猷果真来到惠州，擒获温七。伍端自己负荆请罪，请上阵杀倭以弥补自己的过失。俞大猷以伍端部众为先锋，官军随后，在邹塘包围了倭寇，一昼夜连破三处倭寇巢穴，焚死、斩杀倭寇四百多人，又在海丰大败倭寇，倭寇全部逃到崎沙、甲子等处，抢夺渔民船只向大海方向逃去。倭寇船只在海中多遇风沉没。侥幸脱险的二千多人，退守海丰金锡都。俞大猷将其围困达两月之久，倭寇粮尽，意欲逃去。副将汤克宽设兵伏击，亲自杀死倭之悍将三人。参将王诏等人随后赶到，倭寇遂被击溃。于是移师潮州，依次降伏蓝松三、叶丹楼。并派人招降吴平，将吴平安置在梅岭。不久吴平又举兵反叛，建造战船数百艘，聚集部众一万多人，筑起三座城池固守，经常在滨海地区劫掠。福建总兵官戚继光攻击了吴平，吴平逃往南澳。四十四年(1565)秋天，吴平进入福建，把总朱玑等人在海上阵亡。俞大猷率水兵，戚继光领陆军夹击吴平于南澳，大败敌人，吴平侥幸留了一条性命率部脱逃，逃到了饶平凤凰山。戚继光留守南澳，俞大猷的部将汤克宽、李超等跟踪追击，却连续为敌人所败，吴平又掠夺民船流窜海上。闽、广的巡按御史纷纷上疏责难，俞大猷因此受到撤职的处分。吴平终为汤克宽追击远逃，再不敢上陆劫掠了。
河源、翁源贼人李亚元等活动猖獗，总督吴桂芳留俞大猷征讨，征兵十万，分五路进击。俞大猷用计亲捣贼巢，生擒李亚元，俘虏、斩杀敌人共计一万零四百人，救回被裹挟的男女八万余人。于是朝廷又恢复了俞大猷的职务，调任广西总兵官。按照旧例，用有功之臣总管两广官军，与总督同驻梧州，皇帝采用给事中欧阳一敬的建议，在广东、广西各置将帅，罢除勋臣总管兵事的办法。于是召恭顺侯吴继爵回京，代以俞大猷，并授予俞大猷平蛮将军印信。而用刘显镇守广东。两广同时设置大帅，从俞大猷及刘显开始。降将伍端死后，他的部属王世桥又起兵反叛，劫持了同知郭文通。俞大猷连续击败王世桥，王世桥的部下将他抓住献给了俞大猷，因此，俞大猷升为都督同知。
海寇曾一本，本来是吴平的同伙，后降于官军，至此又叛降，劫持澄海知县，击败官军，守备李茂才也中炮身亡。皇帝诏令俞大猷暂时督率广东兵协助讨伐。隆庆二年(1568)，曾一本进攻广州，后又攻掠福建。俞大猷集合郭成、李锡部队剿灭了曾一本及其部众。俞大猷因功升为右都督。
广西古田僮人黄朝猛、韦银豹等，在嘉靖末年曾经两次劫掠省城官库，杀害参政黎民表。巡抚殷正茂征兵十四万，交俞大猷统属征讨。俞大猷分兵七路，连续攻破数十处贼人巢穴。贼人力保潮水寨，该寨建在高山的顶端，官兵攻十余日未能奏效。俞大猷假意分兵进攻马浪之敌，而密遣参将王世科率兵乘夜雨之机登山设下伏兵。天刚亮，大炮骤发，敌人大惊，各路部队乘机攀缘而上，敌人全军覆没。马浪等贼人巢穴相继被官军攻克，共计杀死、俘虏敌人八千四百多名，活捉了黄朝猛、韦银豹，百年来的贼寇之患一朝尽除，俞大猷因功享有世袭荫庇子孙的特权，升为指挥佥事。
俞大猷是一位廉洁的将帅，对部下颇有恩惠，数建奇功，名震南部疆土，而巡按李良臣以奸贪之罪弹劾他，兵部坚决为其辩诬，皇帝诏令大猷回原籍听候差遣。后来起用为南京右府佥书。未及赴任，后又以都督佥事出任福建总兵官。万历元年(1573)秋天，海寇突袭闾峡澳，因战事失利俞大猷被剥夺职务，又以署理都督佥事起用为后府佥书，训练车营，三次上疏，请求退休，不久，去世，赠左都督衔，谥号为武襄。俞大猷负有奇节，以古代贤人豪士为自己的楷模。他用兵，先谋略而后征战，眼光远大，不贪近功。忠诚为国的精神老而弥笃，所到之处屡有大功。武平、崖州、饶平都为之立祠祭祀。谭纶曾给他写信说“：在节制部伍的精明上，您不如谭纶；在赏罚的分明上，您不如戚继光；在作战的勇猛快捷上，您不如刘显。然而这些都是小智，您则为大将之才。”
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