。但是沈一贯秘密上书，称他们两人的年纪不大，不妨稍过一段时间再说，先任用年长者。于是改任沈鲤、朱赓。冯琦一向有病，因此更加沉重。十六次奏疏请求退休，皇帝不同意。死于任上，年仅四十六岁。遗下奏疏请求皇帝严肃明理之作，发下奏疏，补充空缺的官职，对下面的臣民表示诚意，收拢人心。语言很恳切诚挚。神宗对他悼念、惋惜。追赠太子少保。天启初年，谥号文敏。
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