不喜欢激动、喧扰。近来诸位大臣的奏章一概被留在宫中，厌恶它们离间我父子。如果明年朝廷大臣不再轻慢滋扰，定当在后年册立皇储，否则就等皇长子十五岁时举行册封。”申时行于是就告诫朝廷大臣不要激发惊扰皇帝。
第二年八月，工部主事张有德奏请准备册立仪式的礼节制度。皇帝恼怒，命令延期一年。而且内阁也呈送了奏疏。申时行刚好在度假，次辅许国将申时行的姓名列在第一位。申时行秘密上奏，称：“我正在度假，起初不知道。册立皇储的事，皇帝的意思已经很明确。张有德不识大计，希望皇帝亲自裁定，不要因为小臣的事而妨碍了大典。”因此，给事中罗大..弹劾申时行，称他表面上附和群臣的提议，请求册立皇储，而暗地里延缓此事与内宫交好。中书黄正宾又论说申时行陷害同官，巧妙地避开首犯的罪责。两人都被罢黜官职。御史邹德泳又上奏，申时行极力请求退职。诏令他乘驿车回乡。他回乡三年，光宗才出宫接受讲学，他回乡十年光宗才被立为皇太子。
万历四十年(1614)，申时行八十岁，皇帝派遣行人问候。诏书传到他家门前他就去世了。先因为平定云南岳凤，加封少师兼太子太师、中极殿大学士，令赠封他为太师，谥号文定。
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