雨接踵而来，变乱不会凭空产生，它的应验为时不远了。所以现在要挽回天意就在于体恤民心，要想体恤民心就在于罢除矿税，不需要再考虑以做决定。”
皇帝好言回答，却不施行他的建议。
到了万历三十四年(1606)三月，皇帝才下诏罢除了矿税使，税也稍稍减少了。然而辽东、云南、四川的税使依然如故，官吏百姓深受其苦。于是云南发生变乱，杨荣被杀。而且西北地区也时时报告水旱灾情，赵世卿屡次请求减少租税进行赈济，国家的费用更加不够支付。过了一个月他又奏请从内府费用中提取一百万两资助军费开支，皇帝不听从。赵世卿就接连上奏请求离去，上奏达到十五次，皇帝最终不同意。
在此之前，福王准备完婚，提取户部的二十七万两白银，皇帝仍认为少了，多次派宦官催促，宦官口出粗语，并且弹劾赵世卿违抗命令。赵世卿认为这有辱国家。万历三十六年(1608)，七公主出嫁，索要费用达到数十万两。赵世卿引用先例极力争辩，皇帝下诏减去了三分之一。赵世卿又劝谏：“陛下举行大婚之礼也只用了七万两白银，长公主出嫁只用了十二万两白银，请陛下再做裁减，一样仿效长公主的例子。”皇帝不得已依从了他。福王新造了府第，开设崇文税店，争夺百姓的利益，赵世卿也上书劝阻。
赵世卿素来讲求节操，为官尽职。皇帝一向看重他。吏部尚书空缺，曾派他兼任，他推举官吏没有私心。只是楚王府宗族的人与楚王相互攻击，赵世卿极力称楚王不是伪王，与沈一贯的观点相一致。李廷机辅佐朝政，赵世卿极力推举他。于是朝廷大臣怀疑赵世卿结成党派。因此给事中杜士全、邓云霄、何士晋、胡忻，御史苏为霖、马孟祯等人先后弹劾他，赵世卿便闭门在家请求去职。他上书十多次，皇帝没有答复。万历三十八年(1610)秋天，赵世卿就上疏出城等候命令。第二年十月他乘坐简陋的车子径直离去，朝廷大臣报告皇帝，皇帝也没有怪罪于他。他在家居住七年后去世，朝廷赠他为太子少保。
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