九月召用他担任原职。他屡屡推辞，神宗不同意。第二年四月才进京，他已经七十八岁。三十八年考核京城之外的官吏，罢免与提拔都很恰当。又上奏举荐廉吏布政使汪可受、王佐、张亻思等二十多人，诏令全部录用。
在此之前，南北两京的言官都攻击李三才、王元翰，牵连到居住家乡的顾宪成，称为东林党。祭酒汤宾尹和谕德顾天浚各自召门徒，干预时政，称为宣党、昆党；因为汤宾尹是宣城人，顾天浚是昆山人。御史徐兆魁、乔应甲、刘国缙、郑继芳、刘光复、房壮丽，给事中王绍徽、朱一桂、姚宗人、徐绍吉、周永春等人，极力排斥东林党人，与汤宾尹、顾天浚相互声援，大臣大都畏惧，回避他们。到此时，郑继芳巡按浙江时，有人以他的名义伪造信函抨击王绍徽、刘国缙。信中说：“欲除去福清，先要除去富平；欲除去富平，先要除去耀州兄弟。”又称：“秦脉被斩断后，我们可以实现抱负。”福清指叶向高，耀州指王国、王图，富平就是孙丕扬。王国当时是保定巡抚，王图任吏部侍郎负责翰林院，与孙丕扬都是秦地人，所以称“秦脉”。大概是小人所设计的挑逗语言，陷害郑继芳等人，该信送到孙丕扬的住所，孙丕扬并不介意。遇上御史金明时为官不称职，顾虑京官考核中受斥责，先上奏极力攻击王图并抨击御史史记事、徐缙芳，称他们是王图的心腹。等到王图、徐缙芳上奏辩解，金明时再度弹劾他们，并提到伪造的郑继芳的信。刘国缙怀疑信出自徐缙芳和李邦华、李炳恭、徐良彦、周起元之手，因此称他们为“五鬼”；当时五个人都当选御史待命。当时，人们每天攻击，议论纷纷，神宗从没过问，他们更是培植党羽以求取胜，朝廷上热闹得很。
到了第二年三月全面考核京官，孙丕扬与侍郎萧云举、副都御史许弘纲负责此事，考功郎中王宗贤、吏科都给事中曹于汴、河南道御史汤兆京、协理御史乔允升做助手。前任御史康丕扬、徐大化，前任给事中钟兆斗、陈治则、宋一韩、姚文尉，主事郑振先、张嘉言和汤宾尹、顾天浚、刘国缙都被纠察，又以年例的名义将王绍徽、乔应甲调出京城。群情得以收敛，但是诸位不得志的人很恼恨。在考核之初的举荐时，汤兆京称金明时即将上奏要挟，以刺激孙丕扬。孙丕扬果然恼怒，先制止金明时到吏部考察，特意上奏弹劾他。神宗下旨追究罪过，金明时的辩解又触犯神宗的避讳。神宗恼怒，剥夺了他的官职。他的党徒大为哗然。称金明时不曾要挟汤兆京，只有弹劾王图是事实，遭到王图的报复。因此刑部主事秦聚奎极力攻击孙丕扬，替汤宾尹、徐大化、刘国缙、王绍徽、乔应甲、张嘉言辩护。当时部院的考核报告还没有下达，孙丕扬上奏催促，趁机揭发秦聚奎以前在绩溪、吴江知县任上贪婪、残暴的罪状。神宗倾向孙丕扬，将秦聚奎的官职也剥夺了。因此他的党羽们更加愤怒，称孙丕扬果真利用伪书故意贬斥王绍徽、刘国缙，况且两人与乔应甲曾经攻击过李三才、王元翰，所以代他们报复，议论纷纷。许弘纲听说后感到畏惧，多次请求下发考核的报告，也认为孙丕扬处理过分。秦的党羽们借助他的话，更加想打倒孙丕扬。礼部主事丁元荐刚进入朝廷，顾虑考核报告最后搁置，上奏指责许弘纲，趁势详尽揭发了昆、宣两党的阴谋。因此朱一桂、郑继芳、周永春、徐兆魁、姚宗文争相攻击丁元荐，替金明时等人诉讼冤屈。幸亏叶向高调解，到五月才下发考核报告。给事中彭惟成、南京给事中高节，御史王万祚、曾成易仍然不断攻击。孙丕扬认为人们议论不断，也屡次上奏请求离去，神宗下优诏挽留。在此之前，杨时乔负责考核，贬斥了科道钱梦皋等十人，神宗下特旨留用他们。此时孙丕扬也上奏罢免他们，群情大快。
孙丕扬以白首之躯回朝视事，不举荐贤明无以报效国家。先后推举隐居的贤人，像沈鲤、吕坤、郭正域、丘度、蔡悉、顾宪成、赵南、邹元标、冯从吾、于玉立、高攀龙、刘元珍、庞时雍、姜士昌、范涞、欧阳东风等人。神宗一向不录用旧臣，全部没有批复。孙丕扬又请求起用前任御史钱一本等十三人，前任给事中钟羽正等十五人，也答复作罢。孙丕扬虽然年迈，神宗看重他老练清廉，对他眷念更深。然而孙丕扬不断请求离去，上奏二十多次，得不到批准，就在第二年二月上奏之后径直回乡。叶向高听说了，急忙上奏神宗。神宗下诏令他乘驿车，并派有司问候。不久孙丕扬上奏答谢，趁势陈述四件时政，神宗又下优诏答复他。他在家居住两年后去世，享年八十三岁，赠封为太保。天启初年，追赠谥号恭介。
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