，他的家丁高益等乘胜进入北门，后因援兵没到而被杀死，王通也负了伤，榆林游击俞尚德力战而死。第二天，许朝、土文秀胁迫庆王登上东城，乞求暂时罢兵，诡称愿意献出首倡叛乱者的脑袋。正好官军粮食吃完了，于是领兵退去，在附近城堡休整。
魏学曾日夜办理粮草，调动延绥、庄浪、兰、靖、榆林的部队。道路遥远，打造的船只也没有准备好，于是驻于花马池，等部队一到就移到灵州。很快，延绥游击姜显谟、都司萧如蕙，甘州前任总兵张杰及麻贵军都到了，又抵达宁夏镇城进攻。叛贼考虑到延绥、榆林兵士出来后，城内空虚，便勾结黄台吉的妻子，命令他儿子舍达夫、侄子火落赤、土昧铁雷攻掠旧安边、砖井堡以牵制官兵。継承恩又以计谋集合叛贼兵力，埋伏在延汉渠，抢掠二百辆运粮的车子。魏学曾从花马池回灵州，被叛贼包围，救援部队到后才解围。麻贵等数次攻城未能攻下，叛贼杀死庆王的妃子，将宫人、金帛一抢而空。朱秉忠在战斗中右腿负伤，于是官军再次将部队撤回。皇上听从尚书石星的建议，赐给魏学曾尚方宝剑督战。正好宁夏巡抚朱正色、甘肃巡抚叶梦熊、监军御史梅国桢，各位大将刘承嗣、董一奎、李如松先后到来，六月再一次攻城，连战不下。
起初，魏学曾想招降刘东..、许朝，命令他们杀死継拜父子以赎罪，派遣部下叶得新前去。刘东..等四人相约同日同月死，于是折断叶得新的小腿，将他关在狱中。巡抚朱正色听信叛贼诡称请求投降的话，张杰曾总管过宁夏兵，过去与継拜很要好，于是，朱正色派他进城招降。许朝于是命令叶得新与张杰见面，叶得新大骂叛贼，被杀死，张杰也被扣压不让他回去。魏学曾以叛贼要求安抚为之请求，皇帝严厉地予以责备。等到这时，镇城中百户姚钦、武生张遐岭用箭将一信射到城外，相约为内应，半夜点火为信号。火点后，城外的官军未到，叛贼将与姚钦同谋的人五十余人杀死。姚钦逃了出来，投奔魏学曾。当时，叛贼对外假意要求抚恤以缓兵，暗地里与盗匪勾结，然而粮食已吃完，形势更为不利。七月，魏学曾与叶梦熊、梅国桢定下计策，决黄河大坝让黄河之水灌城，水达到城下。此时，河套盗匪卜失免、庄秃赖率三万骑兵进犯定边、小盐池，以土昧铁雷为前锋，而另外派遣宰僧领万骑从花马池西沙湃口进攻，声援継拜。麻贵在右沟阻击，其士气稍稍有些挫折，分路赴下马关及鸣沙州。魏学曾命令游击龚子敬扼守沙湃口，征召延绥总兵官董一元捣毁土昧铁雷的巢穴，斩首一百三十余级，盗寇大惊而走。在沙湃口遇上龚子敬，将他重重包围，龚子敬战死，外寇也离开了，叛贼的援军没有了。魏学曾增大坝水决口。八月，黄河决口，大堤毁坏，又修治大堤，城外水深有八、九尺，东西城崩塌百余丈。著力兔、宰僧又进入李刚堡。李如松、麻贵等打败他们，将他们一直追赶到贺兰山。叛贼更加害怕，要求和议，悬而未决时，魏学曾因得罪被罢官。朝廷命令叶梦熊代替他，叶梦熊于是取得成功。
起初，魏学曾遣人招降刘东..、许朝，曾在固原停留十余日等待消息，皇帝责备他玩忽职守。李日句渡黄河又迟了点，松山、河套的盗匪先进入，官军由是再次失利。魏学曾曾上疏要求监军不要参与兵事，皇上命令梅国桢遵守这一点，梅国桢颇不满意。等他来到军队，梅国桢弹劾诸将观望，而定魏学曾玩忽职守罪。给事中许子伟也弹劾魏学曾为招抚所迷惑，耽误了国家大事。梅国桢又说佥事随府从城上逃下，叛贼命令四个人下来捉拿，我军距离咫尺却不敢上前救援，又北边盗匪数万人截断我军粮道，杀戮无数，却隐匿而不上报。皇上于是大怒，将魏学曾逮至京城。魏学曾逮捕不到一个月，宁夏城破，明朝大军乘势而入，叛贼被灭。
魏学曾任事勤劳。灌城招降的计策，本来是他的建议。等到宣报大捷，皇上召见大学士赵志皋、张位，赵、张二位极力为魏学曾辩解，尚书石星以下多说魏学曾无罪。梅国桢也上疏说：“魏学曾应变稍慢，臣请求责备诸将是要振奋士气，而逮捕魏学曾的命令，发自我的上疏，我暗暗地感到悔恨，魏学曾不昭雪，我将受到万世的讥讽。”李如松也说：“魏学曾被逮捕时，三军将士泪如雨下。”叶梦熊也将功劳归于魏学曾。皇帝开始不听，后恢复他的官职。魏学曾在家乡居住数年后死去。叶梦熊因为功劳提拔为右都御史。
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