。各军大集，李化龙先令水西兵三万守住贵州，截断杨应龙征招苗人的道路，之后他移兵重庆，大会文武官兵。第二年二月分兵八路进攻。川兵分四路：总兵官刘纟廷由綦江出兵，总兵官马孔英出南川，总兵官吴广出合江，副将曹希彬受吴广节制，出永宁。贵州兵分三路：总兵官童元镇由乌江出发，参将朱鹤龄受董元镇节制，统领宣慰使安疆臣由沙溪出发，总兵官李应祥由兴隆出发。湖广兵一路分为两翼：总兵官陈瞞由偏远出师，副总兵陈良笿受陈瞞节制，由龙泉出师。每路各有三万兵，官兵十分之三，土司十分之七。贵州巡抚郭子章驻守贵阳，湖广巡抚支可大移驻沅州，李化龙亲自领中军策应。皇上认为楚地辽阔，又提拔江铎为佥都御史，巡抚偏、沅。湖广设偏、沅巡抚，从江铎开始。
推官高析枝先从南川进兵，占据桑木镇，刘纟廷又从綦江入。杨应龙以劲兵二万交给他的儿子朝栋说：“你破綦江，奔驰南川，全部焚毁积聚，他们就没有办法。”等到抗击诸路官军的部队都大败，杨应龙顿脚叹息说：“我不用孙时泰的计策，今天死定了！”有的人说水西帮助叛贼，李化龙责问安疆臣，斩杀叛贼的使者，二个部落于是断绝往来。乌江兵败报告传来，逮捕童元镇，诸位将领更加奋勇。刘纟廷率先进入娄山关，直达海龙囤，陈瞞、安疆臣部也到达了。叛贼见形势危急，上囤死守，派遣使者假装投降。李化龙令诸将杀死使者，烧掉来函。因为刘纟廷与杨应龙旧有交情，晓谕他不要与叛贼私通，刘纟廷将使者拘禁以表明自己的态度。八路部队都汇集囤下，修筑长围围困叛贼，轮番进攻。六日，刘纟廷攻破土、月二城，杨应龙走投无路，与二妾自杀身亡。第二天早晨，官军进入城内，他的七个儿子都被抓到。皇上下诏将杨应龙的尸体和他儿子朝栋在市中肢解。从出兵到灭贼，共一百十四天。播州从唐乾符中由杨氏统治，凡二十九世，八百余年，到杨应龙时为止。皇上将播州地设置遵义、平越二府，分属川、贵两行省。
李化龙起初听到父亲死去的消息，准备赴丧但因军务需要，被起用，到这时乞求回家居丧。万历三十一年(1603)四月起用为工部右侍郎，总理河道，与淮、扬巡抚李三才奏请开通淤塞的黄河，由直河入氵加口抵达夏镇二百六十里，避开黄河吕梁险峻地带。再次以父母去世离职，没有人代替他。朝廷品评他从前平定播州的功劳，晋升为兵部尚书，加少保官，庇荫一个儿子世袭锦衣指挥使之职。
万历三十五年(1607)夏天，起用为戎政尚书。李化龙认为京营乃根本之所在，上奏陈述有十一滥、十二苦、十九件宜做之事，又奏上屯政十二事，都被朝廷置之不理。兵部从二十七年后，左、右侍郎都是虚设。没有多久，尚书萧大亨也退休了，由李化龙掌管部里之事。三十七年正月，京师讹传盗匪将到，老百姓争着逃避。边塞百姓逃入都城的也有数万人，九个城门全部关闭。辅臣说兵部尚书只有一个人，何以能应付突然的变化，皇上也不声张。辽东战士二万都是老弱贫残之人，而税监高淮残暴，辽东人恨得咬牙切齿。李化龙请求停止收税课、增加兵士数万人，又呈上兵士粮食、和议、战斗之策，皇上皆不批示下来。一品任期满后，加柱国、少傅兼太子太保。死于任上，终年七十岁。谥号襄毅，赠少师，加赠太师。
李化龙具有文武之才。播州战役，因刘纟廷骄纵，故先压制他，再推崇其才，所以刘纟廷尽心尽力。开通黄河之功，对漕运渠道永远有利，详细情况见《河渠志》。
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