”于是方从哲上疏辩解。刑部尚书黄克缵偏袒方从哲，也为他曲意辩解。孙慎行又上疏驳斥，说：“此前过于相信李可灼，罪在轻视进药；此后曲意庇护李可灼，罪在不声讨盗贼。二者都不能开脱弑君的罪名。方从哲说移宫有真凭实据，但各臣的请求是在初二，方从哲的请求是在初五。那时奏章上疏送到乾清宫不送到慈宁宫已有三天，国家大事几乎中断，不是其他辅臣调查获悉，与朝臣极力请求，其危害真是一言难尽啊！臣恭敬拜读皇帝的诏书，其中说：‘辅臣的意义在于分管国事，替朕分担忧愁。现在这种局面，为何不代朕传一句话，平息各种意见纠纷，君臣之间的大义到哪里去了？’又说：‘朕不能忍受侮辱虐待，六七天都在日夜哭泣。’方从哲是顾命元老重臣，假使他能稍微有所行动，何至于让至尊的皇帝如此忧愤危险！他阿谀奉承太监是那么多，感戴皇帝的圣明是如此少，所以胆敢侮辱皇帝的祖先，违抗皇帝的父亲，而欺负皇帝陛下啊。”最后又极力说明黄克缵的荒谬。二疏章一起交朝廷讨论。不久上报皇帝，只是将李可灼下狱发配边地，方从哲不问罪。
山东巡抚报告，五月中旬，大白天月亮和星星一齐出现了。孙慎行以为非常怪异，上疏请求皇帝修身反省，语言非常直率中肯。秦王朱谊氵患由庶受封，排行老四按规矩不应该封为郡王，重礼贿赂皇帝近臣，才得圣旨批准。孙慎行坚决不接受诏书，三次上疏争辩，没有结果。七月称病离职。
这一年冬天，朝廷推举内阁大臣，以孙慎行第一，吏部侍郎盛以弘第二。魏忠贤压制不任用，任用顾秉谦、朱国祯、朱延禧、魏广微，朝臣大吃一惊。叶向高接连上疏请求任用孙、盛二人，最终没有效果。此后，魏忠贤气焰嚣张，讨论编写《三朝要典》，孙慎行列为“红丸案”的首犯。同党张讷于是上疏极力诋毁，下诏剥夺官籍。不久，刘志选又两次上疏追查揭发，下诏抚按调查审讯，发配宁夏充边，没有出发，庄烈皇帝即位，赦免了他。
崇祯元年(1628)命令以原来官职协助治理詹事府，极力推辞不到任。孙慎行操守严峻，品行纯洁，为一代官吏之宗师。朝士多数推举他进入内阁，吏部尚书王永光极力排斥他，终究不被任用。八年，推举内阁大臣，几次皇帝都不满意。最后把孙慎行、刘宗周、林钅干的名字上报，皇帝立即召见他们。孙慎行已经患病，刚到北京就死了。赠封太子太保，谥号文介。
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