了他，黄尊素说：“清除皇帝身边的人，一定要有内援。杨公有这样的人吗？一旦攻击不能奏效，我们这些人将无法生存了。”万火景死，黄尊素暗示杨涟辞职，杨涟不听，最终惹祸上身。魏大中将要弹劾魏广微，黄尊素说：“魏广微是小人之中的小人，过快地攻击他，他会铤而走险的。”魏大中不听，魏广微更加投靠魏忠贤，从而酿成了大灾难。
这时，东林党充满朝廷，东林党自身又以来源地的不同分为几个派系。江西章允儒、陈训跟魏大中有过节，而魏大中想驳斥尚书南师仲滥发抚恤，陕西人也不大高兴。黄尊素赶忙告诉魏大中，制止了他。最后，山西尹同皋、潘云翼想推举他们的座主郭尚友为山西巡抚，魏大中因为郭尚友几次追究前朝留下来的大臣，执意不同意。黄尊素引用杜征南多次联系洛阳一带的权贵为例劝告他，魏大中最终没有听取，推举任用谢应祥，灾难由此发生了。
汪文言刚下狱时，魏忠贤就想罗织各人的罪名。不久，当他得知是黄尊素从中化解时，就更加忌恨了。魏忠贤的党羽也因为黄尊素多智谋，想杀死他。正好苏州一带谣传黄尊素想效法杨一清诛杀刘瑾的榜样，让李实充当张永的角色，传授给他秘密的计谋。魏忠贤非常害怕，派遣四个密探到苏州一带刺探情报。侍郎乌程人沈演居住在家，报告魏忠贤说：“事情有眉目了！”当天派使者呵斥李实，拿走了盖有图章的空白奏疏，列上黄尊素七个人的姓名，于是逮捕他。使者来到苏州，碰到苏州城内围攻逮捕周顺昌的旗官，城外的人攻击逮捕黄尊素的人。负责逮捕的人把逮捕证给丢了，不敢到达。黄尊素听说了，立即穿上囚服到衙门投案自首。许显纯、崔应允严刑拷问，勒索赃款二千八百两，五天一次追掠。不久，得知狱卒将要谋害自己，黄尊素叩头谢皇上、父亲的恩惠，写诗一首，于是自尽。这时是天启六年(1626)闰六月初一，终年四十三岁。崇祯初年，追赠太仆卿，封一个儿子做官。南明福王时，追封谥号忠端。
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