和他。
当初，王化贞等人逃跑后，从宁远以西的五城七十二堡全部被哈喇慎各部所占领，宣称帮助政府军保卫边防。前哨游击左辅名义上驻扎中前所，实际上没有离开八里铺。孙承宗知道哈喇镇各部不足以信任，而宁远卫、觉华岛是可以守得住的，于是决定把自己的意见告诉王在晋，跟他推心置腹地谈了七天七夜，最终得不到他的响应。回到朝廷，孙承宗说：“敌人尚未抵达镇武而我军自己焚烧了宁远卫、中前所，这是前日经略、巡抚的罪责；我军放弃了宁远卫、中前所，敌人最终没有到来，而我军不敢出山海关一步，这是今日守城将官的罪责。将官躲进关内，没有能力回转他们畏惧敌人的心理来畏惧国法，将他们谋取私利的智慧转化为谋求杀敌的智谋，这是我和经略大臣的罪责，与其拿百万两银子浪费到毫无用处的筑城上，不如加固宁远的要害地带来防守敌人。八里铺的四万人挡住宁远的冲要，与觉华岛互为掎角之势。敌人窥探城门，命令觉华岛上的士兵从三岔出击。摧毁浮桥，绕到敌后打击敌人。不但可以保证边防安全，而且还可以收复二百里失地。总而言之，敌人的军营一定不能让他们靠近山海关，杏山的难民一定不能丢下不管，不全部破除庸人的议论，辽东战局就不可能有作为。”其他有关军事建置的上疏又有十多道。皇帝都高兴地接受了。不久，侍奉皇帝讲席，孙承宗面告王在晋不能任用，于是把他改派为南京吏部尚书，并且斥责逃跑的臣子邢慎言等人，而八里铺修筑新城的议论也就停息了。
王在晋离职后，孙承宗自告奋勇地请求去统帅部队，皇上下诏通知各边防，让孙承宗以原官职统领山海关和蓟、辽、天津、登、莱各地的军事事务，相机行事，不受朝中节制。而任用阎鸣泰为辽东巡抚。孙承宗于是征召职方主事鹿继善、王则古为军中的赞画官，从国库请款八十万两出发。皇帝特意为他送行，赐给他尚方宝剑和坐蟒，内阁大臣一直把他送到崇文门外。到达山海关后，孙承宗命令总兵江应诏制定规章制度，佥事袁崇焕建造兵营房舍，旧将李秉诚操练火器，赞画鹿继善、王则古治理军备，沈翭、杜应芳修理兵器，司务孙元化兴筑炮台，中书舍人宋献、羽林经历程伦主持购买马匹，广宁道佥事万有孚主持采购木材。而派游击祖大寿在觉华岛辅助金冠，副将孙谏在前屯帮助赵率教，游击鲁之甲拯救难民，副将李承先操练骑兵，参将杨应乾招募辽人当兵。
这个时候，山海关的士兵名义有七万人，但是没有纪律，冒领军饷的很多。孙承宗大规模清查，淘汰逃将几百人，遣返河南、真定疲乏的士兵一万多人，将鲁之甲拯救的七千名难民派往前屯当兵。杨应乾召募的辽兵派出去戍守宁远，和朝鲜商议派兵声援。在东江犒劳毛文龙，命令他收复四卫。发布檄文让登州统帅沈有容前往占领广鹿岛。想以春防的名义亲自前往登、莱商量进军收复失地，而朝中的意思是先用兵辽东，所以不允许。江应诏被弹劾，孙承宗请求任用马世龙代替他，以尤世禄、王世钦为南、北统帅，听从马世龙的指挥，还为马世龙请求尚方宝剑，皇帝都同意了。马世龙接受任命后，孙承宗为他筑台，恭敬地实行授权礼仪。赵率教已在前屯驻守，将哈喇慎各部全部赶走，办公的大本营还在八里铺。王象乾建议设立水关，在关内镇守，孙承宗不同意，于是将大本营定在高台堡。
这时，大清兵放弃广宁离去，辽东的流民进城居住。插汉的部队把这消息报告了万有孚，万有孚计划挟持西部人乘机歼灭他们，假充收复失地的功劳。孙承宗发布檄文说：“西部杀死我军的，按照盟约所说的讨伐他。”这一仗，保全活口一千多人。皇帝喜好考察边防情况，这时命令东厂派人到宫门前，报告这事情的全部情况，称为“澄清事实”。等到魏忠贤专权，派他的党羽刘朝、胡良辅、纪用等四十五人携带内库的神炮、甲仗、弓箭之类武器数万件到达山海关前，资助军队使用，又拿出白金十万两，蟒、麒麟、狮子、虎、豹等各种图案的钱币赏赐给官兵，赐给孙承宗蟒服、白金慰劳他，实际上是来侦察军队的情况。孙承宗正好出关巡视宁远，半路上听说了，立即上疏说：“宦官观察部队，自古以来都是被戒除的。”皇帝下旨答复他。使者到来后，聊具一杯清茶而已。
阎鸣泰出任巡抚，是孙承宗举荐的，后来知道他没有实际才干，有关军事事情经常不跟他商量。阎鸣泰很不高兴，请求辞职，孙承宗也称病。言官们都挽留孙承宗，诋毁阎鸣泰，巡关御史潘云翼再上疏弹劾他，皇帝于是罢免阎鸣泰，而用张凤翼代替他。张凤翼胆小，又主张防守山海关。孙承宗不高兴，于是再次出关巡视。抵达宁远，召集将官讨论防守情况，很多人都赞同张凤翼的意见，唯独只有马世龙请求守卫中后所，而袁崇焕、鹿继善及副将茅元仪极力请求防守宁远，孙承宗认为应该如此，意见才确定下来。命令祖大寿兴修工事，袁崇焕、满桂防守。在这之前，虎部偷偷跑出来抢劫，赵率教逮捕杀死四人。王象乾想杀赵率教报答虎部，孙承宗不同意。而孙承宗派遣的王楹驻守中右，保护士兵外出采集木材，被西部朗素杀害了。孙承宗愤怒了，派马世龙去围剿。王象乾担心破坏安抚的局面，命令朗素捆绑逃亡的平民充当杀死王楹的人献出来，又增加赏金一千两。孙承宗正准备上疏争论，而王象乾因为父母的丧礼离职了。
孙承宗担心掌管钱款的人阻挠自己的权力，说督师、总督可以不兼设，请求罢免自己，如果不行，就不推举总督。并且请求把辽东巡抚移到宁远驻扎。皇帝命令停止总督推荐。而张凤翼认为是把自己放到死亡地带，因而十分怀恨孙承宗。跟他的同乡潘云翼、万有孚等人极力诽谤马世龙，来动摇孙承宗。不久，万有孚被蓟州巡抚岳和声弹劾，更加怀疑是袁崇焕和马世龙设下的陷阱。于是一起造谣，阻挠出关的计划。给事中解学龙于是极力议论马世龙的罪行。孙承宗很气愤，上疏陈述防守御敌的对策，说：“在国门之内抵抗敌人，跟在国门之外抵抗敌人，情况是有区别的。我军将敌人赶到二百里之外，跟敌人赶我军到二百里之内，情况又是有区别的。广宁，离我军远而距敌人近，宁远，离我军近而距敌人远。我军不向前进逼敌人，敌人将会向前逼迫我军。现在既然不能收复辽东，而宁远、觉华岛终不能够放弃。请求皇帝下诏让朝臣讨论以下问题：军队是否能够长期驻守，粮饷是否能够长期输送，关外的土地人民是否可以抛弃，筑城屯田战争防守是否可以建立，再考察敌人的情况是否果真不出击坐守等待就能够消灭，我不敢做百年大计的长远考虑，只考虑到五年之内究竟会出现什么情况。倘若我的话不恰当，立即罢免卑职以确定国家大计，不要老是犹豫不决，让那些贪生怕死、保全自己家人的臣子附合众人之口，用杀死我一人来耽误了国家大事。”又为马世龙辩解，揭发万有孚等人相互勾结的情形。
万有孚，是原侍郎万世德的儿子，担任广宁理饷同知。广宁失陷后逃回家，王象乾命名为广宁道佥事，专门安抚插汉，大量侵吞财物。到这时因为孙承宗的言论被罢免。张凤翼也因为父母的丧事回家，喻安性代替他。而朝臣认为总督不能裁并，命令吴用先总督蓟、辽，代替王象乾。孙承宗讨厌本兵赵彦多从朝中制约，称病请求辞职，推举赵彦代替他让赵彦下不了台，朝廷认为不可以。
这时宁远城工程竣工，关外一切防守工作都已齐备。孙承宗图谋大的军事行动，上奏说：“先头部队已抵达连山、大凌河，尽快给我二十四万两军饷，就可以立即取得军事胜利。”皇帝命令有关部门满足他的要求。兵部和工部相互商量说：“军饷给足了，他就可以胡作非为，不如答应他但不给他，文件来回往来就把这事拖延迟缓了。”孙承宗再次上疏催促，把实情报告给皇帝，皇帝为此整顿各部官员，而部队最终还是没有出发。
当初，方震孺、游士任、李达、明时举被贬谪，孙承宗确实弹劾过他们，后都为他们请求宽恕，又称赞杨镐、熊廷弼、王化贞的功劳，请求皇帝免除他们的死刑，把他们发配充边，举朝哗然。给事中顾其仁、许誉卿，御史袁化中纷纷上疏辩论驳斥，皇帝都置之不理。正好孙承宗叙论五防的功劳，各臣将要称病乞求罢官，于是派遣宦官刘应坤等人携带十万两国库银犒赏官兵，而赐给孙承宗坐蟒、膝..，另佐以金币。
这个时候，魏忠贤更加擅权，因为孙承宗功劳高，想拉拢他，叫刘应坤等人表明自己的意图。孙承宗不跟他说一句话，魏忠贤因此极恨他。正好魏忠贤驱逐杨涟、赵南星、高攀龙等人，孙承宗刚巡视蓟镇、昌平，想到上疏皇帝未必亲自过目，过去在讲席时，每次当面上奏都有效果，孙承宗于是请求以祝贺皇帝寿辰为由，进入朝廷当面向皇帝报告机务事宜，想利用这个机会陈述魏忠贤的罪行。魏广微听到这消息，飞快报告魏忠贤：“孙承宗拥兵数万人将要清除皇帝身边的人。兵部侍郎李邦华作为内应，您立刻就有粉身碎骨的危险了。”魏忠贤非常害怕，围绕着皇帝的床哭，皇帝被感动了，命令内阁草拟圣旨，次辅顾秉谦举笔写道：“没有皇帝的圣旨离开驻防之地，不是祖宗的法令，违抗的人绝不宽恕。”连夜打开禁宫大门召见兵部尚书，下三道命令派快骑兵制止他。又假传圣旨告示防守九门的宦官，孙承宗如果到齐化门，将他捆绑送入。孙承宗到达通州，听到命令就返回了。魏忠贤派人侦察，发现车子中放着一床用包裹包着的被子，后面只有鹿继善一辆车子而已，这才稍微减少了怀疑。而魏忠贤的党徒李蕃、崔呈秀、徐大化接连上疏诋毁孙承宗，竟把他比作王敦、李怀光。孙承宗于是闭门谢客，请求辞职。
天启五年(1625)四月，给事中郭兴治请求朝廷讨论孙承宗的去留，议论冒领军饷的又接踵而至，于是交给朝臣讨论。吏部尚书崔景荣坚持留用他，于是下诏挽留勉励，而以精简将官、淘汰士兵、清理粮饷三件事责令孙承宗的汇报，孙承宗正在派遣各将分别驻守锦州、大小凌河、松、杏、右屯各要害地区，开拓土地又有二百里，罢免大将王世钦、尤世禄，副将李秉诚、孙谏，裁军一万七千多人，节省开支六十八万两。而言官仍在不停地议论马世龙。到了九月，才有柳河战役的失败，死亡四百多人，详情参见《马世龙传》。于是台省弹劾马世龙，并提到孙承宗。送上的有数十道奏疏。孙承宗请求辞职更加坚决，十月才得到批准。先前已多次加封为左柱国、少师、太子太师、中极殿大学士，于是又特别加封光禄大夫，荫庇他的儿子为中书舍人，赐给他蟒服、银币，在行人的保护下回家。而用兵部尚书高第代替他做经略。不久，喻安性也被罢免，于是废除巡抚不再设立。
当初，高第极力压制孙承宗，请求撤除关外兵来防守关内。孙承宗反驳他，高第很不满意。第二年，宁远被包围，于是上疏说山海关关门只有五万士兵，谈论这事的人更加以为是孙承宗的罪过。孙承宗向户部报告说：“高第刚到山海关时，曾发给十一万七千人的粮饷，现在只发给五万人粮饷就足够了。”高第果真因为说话荒谬而被定罪。后来魏忠贤派他的党羽梁梦环巡视山海关，想罗织孙承宗的罪名，没有得到什么就停止了。孙承宗在山海关四年，前后修复九座大城、四十五个城堡、练兵十一万，建立战车营十一个、水兵营五个、大炮营二个、前锋后劲营八个，制造甲胄、器械、弓箭、炮石、渠答、卤盾等器械一共有数百万之多，开拓土地四百里，开辟屯田五千顷，每年收入十五万两银子。后追叙宁远战役的功绩，荫封儿子锦衣世袭千户。
庄烈帝即位，王在晋进入朝廷担任兵部尚书，对孙承宗痛恨不已，坚持说马世龙和茅元仪迷惑中枢机构，败坏了边关事，又唆使谏官等交口诋毁孙承宗，来阻止他出来做官。崇祯二年(1629)十月，大清兵进入大安口，攻取遵化，将迫近北京城。朝臣争相请求召回孙承宗。下诏以原官职兼兵部尚书防守通州，仍旧进入朝廷朝见皇帝。孙承宗到任，皇帝在平台召见他。慰劳完毕后，皇帝问他方法谋略。孙承宗报告说：“臣听说袁崇焕驻守蓟州，满桂驻守顺义，侯世禄驻守三河，这是很正确的。又听说尤世威回到昌平，尤世禄驻守通州，似乎不大好。”皇帝问道：“爱卿想防守三河，是什么意图？”孙承宗回答说：“守住三河可以阻止敌人向西逃跑，遏止敌人南下。”皇帝认为很好，说：“你打算怎样为朕保卫京师？
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