？”孙承宗说：“当此危难之际，守城的人苦于饥饿和寒冷，不是万全之策，请求皇上整顿守城器械，加倍犒劳士兵，以安定人心。”他所出的计谋都很合皇帝的心意。皇帝说：“爱卿不必前往通州，就为朕总督京城内外的军事事务，仍旧参与军事策划。”催促首辅韩火广草拟诏书下发给有关部门铸造边防器具。孙承宗出来时，记时的漏刻已经二十下了，立即检阅环卫都城部队，五更时才结束，又出都城检阅外城。第二天半夜，忽然传旨孙承宗防守通州。这时战争的烽火已传遍京师近郊，孙承宗率二十七名骑兵从东便门出发，中途逃亡了三人，快马加鞭直抵通州，守城门的人几乎不让他们进城。进城之后，跟保定巡抚解经传、御史方大任、总兵杨国栋一起登上城墙加强防守。而大清兵已迫近都城，于是急忙派遣游击尤岱率步骑三千人前往增援。片刻之后又派副将刘国柱统帅二千士兵与尤岱汇合，而派遣密云兵三千人驻守东直门，保定兵五千人驻守广宁门。这期间派遣将领收复马兰、三屯二座城邑。
到十二月四日，就发生了祖大寿的兵变，祖大寿是辽东的前锋总兵官，跟袁崇焕一起进入卫所。看到袁崇焕下狱，害怕受到惩罚，于是跟副将何可纲等人率领所属的一万五千人向东逃散，远近的人都受到很大的震动。孙承宗听说，急忙派遣都司贾登科携带秘书的亲笔信去劝慰祖大寿，而命令游击石柱国飞马前往安抚各军。祖大寿看见贾登科，说：“我部士兵赶往前线支援，接连打胜仗，希望得到丰厚的奖赏。城上的人都骂我们是强盗，投掷石块打死了几个人。派遣出去巡逻的士兵，被指责是间谍而把他们杀死了。立下了功劳却被当作罪过，所以要逃跑回来。我部应当直捣朵颜，然后回来负荆请罪，等候处罚。”石柱国追上各路部队，将士们手持弓箭、大刀对着他，都流着眼泪说：“督师已被杀死，又将用大炮轰击我军，所以到了这里。”石柱国还往前追，祖大寿已经很远，于是返回。孙承宗报告说：“祖大寿的处境已经非常危险，他又不肯接受满桂的指挥，于是造谣激发众人东逃，并不是他的部下都想叛乱。应当免除杀戮，想方设法安抚人心。辽东将领很多是马世龙的老部下，臣小心地见机行事，派遣马世龙快马前往通告，他的将士一定自动归顺，祖大寿不值得担心。”皇帝高兴地听从了。孙承宗写密信告诉祖大寿应立即上奏章陈述错误，并且率领部队立功赎罪，而自己理当代他向皇帝表白。祖大寿同意了，一条一条地陈述东逃的原因，全都如同将士们所说的，皇帝很宽厚地答复了他。命令孙承宗迁到关门驻守。各将听到孙承宗、马世龙来了，很多人都自动前来归附，祖大寿的妻子左氏也用大道理谴责她的丈夫。祖大寿集合士兵等候命令。
当逃散的士兵出关时，关城遭到抢劫掠夺，关门罢市，人心惶惶。孙承宗到达后，人心才安定下来。关城原有十六里，卫城只有二里。现在敌人在关城内，关城不能够防守，卫城与关城相连，可以步行上去。于是另外修筑城墙，挡在关城之间，在城墙上开挖洞口使大炮能够平伸出去。城内的水不充足，一天一夜挖了一百口井。原来淘汰的小官小吏、流亡寄居本地的共有千余人，无所事事就想惹是生非，都由官府供给粮食，让他们巡察街道，看守炮台，保护仓库，都有事情可做。里面的不能出去，外来人往往被巡逻的骑兵抓获，因此关门能够得以保全。于是派遣马世龙率步骑兵一万五千入关增援，命令游击祖可法等率骑兵四营往西驻守抚宁。崇祯三年(1630)正月，祖大寿入关拜见孙承宗，孙承宗亲率五百人穿着铠甲在大门迎接。孙承宗以诚相待，当天在教场上排列步骑兵三万人，举行誓师的礼仪，大家的疑虑一下子都消解了。
这时我大清兵已攻占了遵化，并派兵驻守它。这月四日攻占永平，八日攻占迁安，于是攻取滦州。分兵攻击抚宁，祖可法等人坚守，没有攻下。大清兵于是向山海关进军，离关三十里安营扎寨。副将官惟贤等人极力请求作战。于是回过头攻击抚宁和昌黎，都没有攻下。正在这时，通往京师的道路受阻，孙承宗、祖大寿的军队在东边，马世龙及四方援军在西边。孙承宗召募不怕死的人沿海抵达京师，才知道山海关城还在手中。山海关西南有三县，即抚宁、昌黎、乐亭；西北有三城：即石门、台头、燕河。这六座城池东边保护关门，西边环绕永平，都是近山海关的军事要地。孙承宗告诫各城严加防守，又派遣将领驻守开平，收复建昌，声援部队始相连接。
京师正在戒严，全国各地保卫京师的部队先后到来的有二十万。都驻扎在蓟门及京师周围，没有人首先前进。下诏降旨多次督察催促，各将也时有攻击，但没有人能打败敌人收复失地。马世龙请求先收复遵化，孙承宗说：“不行，遵化在北面，容易攻取而难于防守，不如暂且让敌人占领，分散敌人的兵力，我军应先进攻滦州。现在应当多造出声势，暗示将要攻击遵化的形势来牵制敌人，各军开赴丰润、开平，联络山海关的部队攻击滦州。占领了滦州就用开平部队防守，而用骑兵决战以攻占永平。占领了滦州、永平之后，山海关与永平就连成一体，再攻取遵化就容易多了。”方案确定后，于是命令东西各兵营一同前进，孙承宗亲自到抚宁督战。五月十日，祖大寿及张春、丘禾嘉各军先抵滦州城下，马世龙及龙世禄、吴自勉、杨麒、王承恩随后到达，过了二天攻克了滦州。而副将王维城等人也进入迁安。我大清防守永平的部队，全部撤出回到北边，孙承宗于是进入永平。十六日，各将谢尚政等人也进入遵化。四座城市都收复了。皇帝为此在郊庙里告谢，并大加赏赐，加封孙承宗为太傅，赐给蟒服、白金，世代继承锦衣卫指挥佥事。孙承宗极力推辞不接受太傅的封号，并多次上疏称病乞求退休，皇上下诏安慰他。不同意他的请求。
朵颜束不的反叛，孙承宗命令大将王威打败了他，又赏赐给他银币。早先因为册立东宫太子，加封为太保。等到《神宗实录》完成，也加官如上述。孙承宗推辞不受，并不停地乞求退休。皇帝命令阁臣讨论他的去留，没有结论。特地派遣中书携带亲笔诏去慰问，于是到任管事。崇祯四年(1631)正月出关东巡，抵达松山、锦州，回到山海关，又西巡，全部检阅了三协十二路然后返回。逐条上书陈述东西边防事务八件事，皇帝都采纳了。五月因为考核期满，下诏加封太傅兼领尚书的俸禄，荫封尚宝司丞，赐给蟒服、银币、羊酒，孙承宗再次推辞不接受太傅。
当初，右屯、大凌河二城池，孙承宗已派兵驻守，后来高第来代替他，都撤走了部队，二城池于是被平毁。到这时，丘禾嘉巡抚辽东，建议收复广宁、义州、右屯三城。孙承宗说广宁路途遥远，应当先占据右屯，在大凌河筑城，逐渐向前推进。兵部尚书梁廷栋支持他，于是在七月动工。工程刚完成，我大清兵大部队到来，将城重重包围。孙承宗听到后，快马赶到锦州，派遣吴襄、宋伟前往救援。丘禾嘉多次改动出兵的日期，宋伟跟吴襄的关系又不和睦，于是在长山被打得大败。到了十月，城中粮食吃完了而援军又毫无希望，守将祖大寿力量用尽出城投降，城池又一次被平毁。廷臣追究修筑城池不是好计谋，纷纷上疏议论丘禾嘉和孙承宗。孙承宗又接连上疏称病。十一月皇帝批准他的请求，赐给他银币乘驿车回家，议论他的人追论他丧师辱国，剥夺他的官职在家闲居，并且剥夺他在宁远时世代的荫封。孙承宗又上书陈述边防计策的十六件事，而极力说丘禾嘉军事谋略自相矛盾的过失。皇帝知道而已。在家居住七年，朝廷内外多次请求征召任用他，没有批复。
崇祯十一年(1638)，我大清兵深入内地。在十一月九日进攻高阳，孙承宗率领家族人抵抗。大清兵将要离开，围绕着城墙大声叫喊了三次，守城的人也回答了三次。说：“这是守城的人在嘲笑，按照法令应当攻破它。”又一次包围了高阳城。第二天攻陷，孙承宗被捉。望着朝廷叩头后，上吊自杀，终年七十六岁。
他的儿子举人孙翶，尚宝丞孙钥，官生孙铈，生员孙钅含、孙镐，侄子谏，以及孙子孙之沆、孙之滂、孙之氵景、孙之洁、孙之氵宪，侄孙孙之澈、孙之氵美、孙之泳、孙之泽、孙之涣、孙之瀚，全都战死了。督师宦官高起潜报告了这事。皇帝叹息再三并追悼他，命令有关部门从优照顾。掌权的杨嗣昌、薛国观等人暗中压制，只是恢复了他的原官职，给予祭奠下葬而已，福王时，才追赠为太师，谥号文忠。
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