一套，可是廷臣没人敢出来说话，陛下也无从得知这一切。唉！八年之间是谁在掌握国家政权，把事情弄成了这样！我无法替首辅温体仁做解释了。古人说：‘是谁栽下的祸根，至今仍作梗害人？’我看说的就是体仁。”
奏疏递上后，庄烈帝大为恼怒，体仁又上书猛烈诋毁，于是宗周被罢官为民。
十四年(1641)九月，吏部缺左侍郎，朝廷推荐的人不能让皇上称心如意，庄烈帝上朝后叹着气，对大臣说：“刘宗周清正敢言，可以充任。”就这样任命了他。宗周两次辞谢推不掉，才上路赴朝，路上进呈了三篇答刂子：一是《明圣学以端治本》，二是《躬圣学以建治要》，三是《重圣学以需教化》，共几千字。庄烈帝以口气婉转的诏书回答了他。第二年八月宗周还没来，庄烈帝就提拔他为左都御史。宗周极力辞谢，庄烈帝传出圣旨催促他进朝。一个月后，宗周到文华殿里参见，庄烈帝问他都察院的职掌何在，宗周回答说：“在于端正自己进而端正百官。都察院长官务必使自己心中所存的一切念头往上可以对得住君父，往下可以经得住天下士大夫的质问，然后百官才会取法、模仿他。使大臣守法，小臣廉洁，朝廷的规矩严肃，都是都察院长官的职责，不过严格要求巡方是其首要的事务。巡方得人，吏治就会清明，民生也就顺遂了。”庄烈帝说：“卿努力干，不要让我失望。”于是宗周上书分别讲了树立道德规范，端正职守法规，强化典章制度，清除暗藏奸人，惩治官吏邪行，整顿吏治六件事，庄烈帝高兴地采纳了。不久宗周弹劾御史喻上猷、严云京并且推荐袁恺、成勇，庄烈帝都听从了他。后来上猷接受李自成的重要职务，最终受到世人的唾骂。
冬季十月里，京师受到攻打。宗周请表彰为国死难的卢象升，并追究、诛杀误国奸臣杨嗣昌，逮捕骄横不法的大将左良玉；防守山海关以准备反攻，防守潞安府以提防敌兵偷渡，防守通州、津门、临清、德州以准备南下。庄烈帝没能完全听取他的意见。
闰十二月三十日，庄烈帝在中左门召见廷臣。当时姜土采、熊开元因为谈论国事被打入皇家监狱，宗周约请九卿一同营救他们两个。入朝后听说皇上下了密旨要把他们两个置于死地，宗周大吃一惊地对大家说：“今天要全体出动，空署争取，一定要把他们改送到刑部方能罢休！”等进去回答提问时，御史杨若桥推荐说西洋人汤若望精通火器，请求皇上加以召试。宗周说：“边臣不讲求战守、屯防的办法，专门想依靠火器。近来城邑沦亡，难道是没有火器造成的吗？我们用火器制服别人时，别人得到了也可以制服我们，没看到河间是被别人用火器给打下了吗？国家大计，应当以法纪为主，大帅骄横不法，援兵逗留不前，怎么对这些反倒姑息迁就，在这里干纷纷扬扬毫无益处的事呢？”接着讨论督师、巡抚的去留问题，宗周请先拿掉督师范志完，并且说：“十五年来，陛下处理事务不得当，导致了现在的败局，不追查祸害的起因，改弦更张，想运用一些得过且过的政治手段来弥补目前的漏洞，并不是长治久安的办法。”庄烈帝变了脸色，问道：“过去的无法追悔了，善后措施又该怎样呢？”宗周答道：“在于陛下开诚布公，同天下人的好恶一致，听取国人的意见决定取舍，进用贤才，开通言路，逐步与天下一道再造乾坤。”庄烈帝问：“目前烽火在京郊燃烧，敌兵未退，况且国家败坏已极，应当怎么办才好？”宗周说：“加强武备一定先要求练兵，练兵一定要首先选将，选将一定要首先选择贤能的督师、巡抚，选择贤能的督师、巡抚一定要首先吏、兵二部用人得当。宋代大臣说过：‘文官不爱钱，武官不惜死，天下就会太平了。’这句话可说是对现在的讥刺。现在议论人才只看才干、名望，不问操守如何，没有操守不检点而遇事敢前、军士惧怕他的权威的道理。如果只把议论流畅、举动豁达当作才干，那么这种人为自己博取爵位、才干是有余的，要求他为国家成事立功就不行了，用这种人对于成败有什么裨益呢？”庄烈帝说：“国家在解救危难之际，用人不能不先看才干后看操守。”宗周说：“前人国家破灭，都是因为将官贪婪、放肆才造成的，所以从解救危难的目的出发，用人更应该先看操守后看才干。”庄烈帝说：“大将别有才干，不是仅仅有操守就能指望他成就战功。”宗周说：“别的且不一一说，就比如说范志完操守不检点，手下的大将偏裨无不是因为贿赂进用的，所以一经交战，三军解体。由此看来，看人还是要以操守为主。”庄烈帝态度缓和了，说：“朕已经知道了。”接着让宗周站起来。
宗周于是站出来进言说：“陛下正在下诏书求贤，姜土采、熊开元二位大臣就因为说话被问罪。我朝没有言官打进锦衣诏狱的事例，如果说有是从他们两个才开始的。陛下度量卓越，妄诞的像我宗周，戆直的像大臣黄道周，尚且得到了戴罪委任的大恩，这两位臣子怎么就这么不幸运，得不到皇上的饶恕？”庄烈帝说：“道周有学问有操守，跟他们不好比。”宗周说：“他们两个实际上是不如道周，但是朝廷对待言官应当有个体统，他们的话可用就用，不可用可放到一边去。就是他们有应得的惩罚，也应当交给法司去办。现在突然把他们打进锦衣狱，毕竟有害于体统。”庄烈帝恼火得很，责问道：“法司、锦衣都是刑官，何公何私？另外惩罚一两个言官，怎么就损害了国家体统？如果有贪赃枉法、欺君罔上的奸人，难道都可以不问吗？”宗周说：“锦衣官都是些膏粱子弟，哪里懂得什么礼义，只是听宦官指使。就是陛下自己要问什么人贪赃枉法、欺君罔上的罪，也不能不交给法司来办。”庄烈帝十分恼火地说：“这样偏袒的人哪配担任宪职！”过一会儿又说：“开元这篇奏疏一定有人在背后主使，我怀疑就是你刘宗周。”金光辰争论这件事，庄烈帝怒喝了他一通，命令连带他一同讨论处分。第二天，命令把光辰贬官三级调出朝廷，宗周剥夺职务，由刑部加以定罪。阁臣压下命令暂时不宣布，把原来的圣旨又捧回到庄烈帝面前恳求，营救宗周，才免予定罪，把他罢官为民了事。
宗周回去才两年，京师就失守了。他徒步带着武器去到杭州，责成巡抚黄鸣骏为庄烈帝发丧，出兵讨贼。鸣骏告诫他要镇定一些，宗周勃然大怒，说：“君父死于不正常的事变，先生在地方上专门带兵，不想到枕戈待旦，泣血同悲，激励同仇，只是想借口镇定做退避的打算吗？”鸣骏支支吾吾说不出什么。第二天，宗周又催促他，鸣骏说：“发丧一定要等接到哀诏才成。”宗周说：“嗨！这是什么时候，想从哪里接到哀诏呢？”鸣骏于是在杭州为庄烈帝发丧。宗周问出兵的日期，鸣骏却说：“武器还没有备齐。”宗周叹气说：“唉！和这种人在一起能干什么呢？”于是与原侍郎朱大典，原给事中章正宸、熊汝霖召募了义师，正打算出兵，福王在南京监国，把宗周起复原官。宗周因为国家的大仇未报，不敢接受官职，自称草莽孤臣，上书谈论时政说：
“现在的大事除非讨贼复仇，否则就无法表白陛下渡江南下的雄心；除非毅然决策亲征，否则就没法振作天下人忠勇义愤的气概。具体讲来有以下几件事：
“第一，占据战略要地以便图谋进取北方。江南不能成为偏安之地，请进图收复江北。凤阳号称中都，往东可以扼守徐州、淮州，往北可以控制河南，往西可以照顾荆州、襄阳，往南又离南京城不远，请在那里驻扎陛下亲征的部队。对各级官吏的任命，都暂时自称行在，以便稍稍使臣子保存自己想回避的负罪的心态。从凤阳逐步向北推进，我想陕西、山西、河北、山东一定会有响应号召而起兵勤王的人。
“第二，加强建立藩屏以便帮助镇压逆贼。淮州、扬州几百里地方，过去设置了两员大将，没能平定战乱，反而争先南下，以至于把江北偌大一块土地拱手让给了贼寇。督漕路振飞坐守淮城，很早就用船把家属送到了远处，这简直是在提倡大家逃跑。于是镇臣刘泽清、高杰据说都把家属安顿到了江南。按照军法，临阵脱逃的应予斩首，我认为这么一个抚臣、两个镇臣都该斩首。
“第三，慎重进行封爵奖赏以便严肃军心。请朝廷分析一下各个将帅的封赏，看哪个是该封的，哪个是滥封的，属滥封的轻则可以收回侯爵，重则可以剥夺伯爵。如果说左良玉将军是因为收复失地而得到封侯，高杰、刘泽清临阵败逃也得到封赏，那么又有哪一个不应当封赏呢？武臣的封赏滥了，文臣也就跟着滥，朝廷里的封赏滥了，宫廷里的宦官也就跟着滥。我真担心天下人知道这些后就会离心离德。
“第四，清查原任官吏以便树立人臣的规范。北京失陷后，原任官吏中有接受伪官背叛朝廷的，有接受伪官后又逃出来的，有在任职地方逃出来的，有奉使命而逃出来的，法律对这些人应一概问罪，不能赦免。朝廷应对这些人赶快加以辨别、定罪，以便警告以后的臣子。
“至于接受伪任后南下的官吏，他们在忠顺与逆反之间徘徊不定，这样的人是大有人在，他们一定会制造一些邪说蛊惑人心，这种人尤其应当斩除净尽。”
又说道：
“当贼兵进入陕西流入山西逐步打到畿南时，周围地区人心惶惶，可大江南北像太平没事的样子。那么两三个总督、巡抚在这里却没听说过他们派一兵一卒过去，以壮声援，贼兵因而得以长驱直入打下皇宫。坐视君父危亡而不救，这是封疆诸臣应予诛杀的第一条理由。皇上驾崩的消息已经确定无疑，诸臣假如愿意奋戈而起，决一死战，赎免前罪，就应当星夜出动。可是他们却在那里仰声息于南京，争着空谈固守的策略，丢掉在地方上的兵权，抢夺辅立新君的大功，这是封疆诸臣应予诛杀的第二条理由。新君登基之后，本应该一天不耽搁，马上派遣北伐的军队，要不然，就应当立即派一名使节，从小路上北进，给河北父老发布檄文，召来塞上的名王，哭祭宗庙，安置先帝的灵柩，寻访诸王。再不然，可以起用福建大将郑芝龙，用海军进克直沽，九边总督再合谋共奋，事情或许还可以成功。可是诸臣不想到这些，这是满朝文武谋国不忠，应当诛杀的第三条理由。过去因罪被罢的大臣，朝廷酌情予以平反，本应当借先帝遗诏的名义进行，现在却一概使用新天子的名义。关于诛除阉党的案子，陛下与先帝的诏书前后冲突，这样势必要把那些穷凶极恶的坏人们都平反才罢休，这是满朝文武谋国不忠，应予诛杀的第四条理由。我认为现在办罪，应当从朝廷内外不称职的诸臣开始着手。”
福王命令接受他的奏章，交付史馆收存，朝廷内外因此受到了震动。马士英、高杰、刘泽清恨透了，更加想要杀掉宗周了。
宗周接连上书请假得不到回复，就抗言上书弹劾士英说：
“陛下从淮州一带起家当天子，事实上是老天给的大命，可是有人因为随从的一点点功劳就入内阁，进中枢，接受官衔世荫，似乎可以心安理得地接受这些，这个人不就是士英吗？从此李沾侈言辅立新君的功绩向廷臣挑战，刘孔昭认为功赏不均跟吏部长官大发怒火，朝堂上相互吵闹喧哗不已，一群小人们于是翩然而起，粉墨登场。假借懂军事的名义，逆党也可以死灰复燃了；放宽反正的门路，逃臣也可以拉来任职了，因而阁部诸臣逐渐都要申请弃官还乡去了。朝廷里边正忙于制造党论，哪有功夫算计河北的贼寇；立国的纪纲已被破坏殆尽，怎么考虑灭敌复国的策略。高杰是一个逃将，可是朝廷把他奉若赤子，慢慢就有尾大不掉的忧患了。淮州、扬州出了事，朝廷不难考虑派抚臣道臣过去向他们道歉，可是这样怎么能不长其桀骜？说到头来他们是靠着士英的庇护才如此。刘泽清、黄得功过去都有各自的驻防区域，可是他们像下棋一样把它抛到一边去，在那里斗鸡一般气势汹汹地争夺地盘，以至于朝廷把江北分划成四个兵镇来安置他们。这样做怎会不启其雄心？说到头这件事是由高杰引发的。京营自祖宗以来都是由勋臣来主持，兵部侍郎辅佐勋臣，陛下开国伊始，就任命了宦官卢九德，对这件事士英不能推卸他应有的责任。”
福王用口气婉转的诏书回答他，同时催促他赶快入朝。
士英大为恼火，当天就写下奏疏要辞职，又在朝廷里扬言说：“这位刘公自称草莽孤臣，不署新天子给他的任命，明明表示他不向天子称臣嘛。”他的私党朱统翷于是弹劾宗周上书请皇上移
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