起，誓死守城。崇焕又写下血书，激励士兵忠义报国，并为之向官兵下拜，所以将士都愿意出死力。于是烧毁城外的全部民房，把守备器械运进城中，等候大清军。命令同知程维木英拷问奸细，通判官金启亻宗管理士兵饮食，并隐蔽路上的行人，传檄前屯守将赵率教、山海守将杨麒，如有将士逃到那里去全部斩首，由此，人心才稳定下来。第二天，大清军开始攻城，戴着盾牌掘洞入城，弓箭和滚石不能打退大清军。崇焕命福建士兵罗立，发放西洋大炮，击伤城外的大清军。第二天，再次进攻，又被击退，于是宁远之围解除了。通判金启亻宗也因为点大炮而战死。
启亻宗起初是一个小官吏，官名叫经历，掌管赏功的事情，勤奋聪明而又有志向。承宗器重他，让他做通判官，核查兵马粮食的数量，监督修城工程，办理军民的诉讼案件，深得民心。死后，追赠为光禄少卿，后代享受世袭锦衣百户的待遇。
起初，朝廷听到边境的警报，兵部尚书王永光召集朝中大臣讨论战守问题，没有什么好策略。经略高第、总兵杨麒在山海关上有大量的部队，却不肯援救，朝廷官员认为宁远必定把守不住。等崇焕奏上捷报，满朝喜气洋洋，马上提升他为右佥都御史，熹宗用加盖玉玺的诏书奖励他，满桂等人也各有晋升。
大清兵刚解围，分兵数万进攻觉华岛，杀死参将金冠等以及军民数万。崇焕刚防卫宁远城，兵力已尽不能救援。高第镇守关门，一反承宗的政策，屈辱将领，使得将领们都离心离德。对待杨麒就如同他的偏裨军官一样，一次杨麒到来，发现高第侮辱他的士兵。到这个时候因为没有发兵援助宁远，高第、杨麒一齐被罢官去职，用王之臣取代高第，赵率教取代了杨麒。
我大清发兵，所到之处没有攻不破的，明朝将领不敢议论战守。讨论战守的事是从袁崇焕开始的。三月朝廷重设辽东巡抚，让崇焕来担任。魏忠贤派遣他的党羽刘应坤、纪用等前往坐镇。崇焕大胆地上疏反对，意见不被采纳。后来给评定功绩，晋升为兵部右侍郎，赏赐他不少银钱，并给他世代享有锦衣千户的封赏。
袁崇焕解围以后，渐渐骄傲起来，同满桂开始不和，请把他调往别处驻兵，朝廷就召满桂回去了。因为王之臣上书挽留满桂，又与王之臣不和，朝廷担心因此坏事，就命令之臣等专管关内的事，关外让崇焕分兵把守。崇焕担心朝中大臣忌妒自己，上书说：“陛下把关内外，分责给两个大臣把守，用辽人防守辽地，又要作战又要防守，又要建城又要屯田。屯田的收入，可以减少海运的需要。关外战略的大要在于以坚壁清野为主体，趁机袭击敌人为功用。这样战虽不足，守则有余；守既有余，战无不足，但是勇猛地攻打敌军，敌军一定仇视我；奋迅立功就有很多人会妒忌。不辞辛劳地干事就必定要蒙受怨恨，身被罪名的人才可能建立功勋。蒙受的怨恨不深，功劳就不显著，罪过不大，那么功勋就不能成就。诽谤我的奏书满箱子都是，诋毁我的话语陛下天天可以听到，自古以来就是这样了，我希望圣明的陛下您和朝廷大臣能有始有终地信任我。”熹宗皇帝用温和的诏书回答并赞扬了他。
这年冬天，崇焕同应坤、纪用、率教巡视锦州，大、小凌河，讨论大规模屯田，慢慢收复了高第以前放弃的领土。忠贤与应坤等一并因此得到世袭锦衣的封赏，崇焕将他们受到荫封的子孙任命为指挥佥事。然后上书说：“辽左的失败，固然是因为人心不稳，但也是因为失了有利的险要地势，不能稳定人心。士兵不利于野战，只有凭借坚固的城墙用大炮这个办法来守卫，现在山海的四城已经修建完毕，应当再修松山等城市，班军四万人，缺一不可。”熹宗皇帝回答说同意。
这以前，八月中旬，清太祖高皇帝逝世，崇焕派遣使节前往吊唁，并且利用这个机会窥测清朝内部的虚实。我清太宗文皇帝派遣使者回访了他，崇焕想议和，就写了一封信让使者带回来，我们大清部队将要讨伐朝鲜，打算用议和阻止他们的军队，以便能专心南下。七年(1627)正月，又派使者回答了他，于是，派兵渡过鸭绿江向南方进攻。朝中认为崇焕与之臣不和，召之臣回来，免除经略不再设置，关内外都交由崇焕监管，同监军的宦官应坤、纪用一起见机行事。崇焕坚决想要收复失地，于是趁大清军外出作战之机，调遣将士修缮锦州、中左、大凌三城，同时又派使者持书前去议和，恰巧朝鲜与毛文龙同时告急，朝廷命崇焕前去救援。崇焕派水军援救文龙，又派遣左辅、赵率教、朱梅等九位将领率九千精兵先后逼进三岔河，来牵制大清势力，而朝鲜已经被征服，各位将领于是返回。
崇焕当初开始议和时，朝廷里不知道。等到奏章送上，熹宗皇帝以赞赏的态度颁发诏书表示同意，后来认为不是好计策，又几次传旨告诫他。崇焕打算借此机会来修整旧疆域，所以坚持要议和。朝鲜及文龙受到大清军进攻，朝中的谏官于是说是因为崇焕议和而造成的。四月，崇焕上书说：“关外的四城虽绵延二百里，北面靠山南面临海，东西宽只四十里罢了。现在屯兵六万，商民数十万之多，可谓地狭人多，从哪里取得粮食呢？锦州、中左、大凌三城的修建一定不能停止。现在我已经迁移了部分商人和农民在那里大规模屯田。如果城墙不坚固而敌军到来，就必须撤回，这样等于放弃了将要成功的事业。所以趁敌人在江东作战之际，姑且以议和来延缓时间。等敌人知道时，三城已修建完毕。或守或战都在关门以外四百里的地方，我朝的边防也就可以固如金汤了。”熹宗以赞赏的口气回答说知道了。
当时率教驻军锦州，监护修筑城墙，朝廷任命尤世禄来取代他，又让左辅担任前锋总兵官，驻守大凌河。世禄没有到，左辅也没有入守大凌，五月十一日，大清军兵直抵锦州，四面围城。率教同宦官纪用环城防守，同时派使者议和，想赢得时间等来援兵，使者往返三次没有效果，大清兵的围困更加紧了。崇焕因为宁远的兵力不可以调动，就选精骑兵四千人，命令世禄、大寿带领，绕到大清军的后面开始决战。另外又派水兵在大清军东面作战，牵制清朝兵力。并且请求发动蓟镇、宣、大的兵力，在东面护守关门。朝廷已经命令驻守山海的满桂移驻前屯，驻守三屯的孙祖寿移驻山海，驻守宣府的黑云龙移驻一片石，蓟辽总督阎鸣泰移驻关城；又派昌平、天津、保定的军队奔赴上关；发书给山西、河南、山东等地的守臣整顿队伍随时听候调遣。世禄等将要出发时，大清已在二十八日分兵开往宁远。崇焕与宦官应坤、副史毕自肃督兵登城拒敌，派兵躲在壕沟内，用大炮击敌。而满桂、世禄、大寿在城外作战，伤亡累累，满桂身中数箭。大清军不久也就引退，派更多兵力攻打锦州，因为天热无法攻下，士兵损伤众多，六月五日也率兵归还，顺势摧毁大、小凌河两座城池。这次战役当时被称为宁锦大捷，满桂、率教立功最多。忠贤于是让他的党羽说崇焕不救锦州是暮年衰弱气象，崇焕于是请求辞职。朝廷内外正争着颂扬忠贤，崇焕没办法，也请求为他建立生祠，最终还是得不到忠贤的欢心。七月朝廷允许他离职，让王之臣接替他做督师兼辽东巡抚，驻兵宁远。等到论功时，文臣武将被晋级荫封者有几百人，忠贤的孙子也封了伯，而崇焕只是升了一级。尚书霍维华不平，上疏请求辞让给自己的荫封，忠贤不允许。
不多久，熹宗逝世，庄烈帝即位，忠贤被诛杀，削了过去冒领军功封赏者的官职。朝廷大臣争着请求召回崇焕，这年十一月，袁崇焕被提升为右都御史，掌管兵部添注左侍郎的事务。崇祯元年(1628)四月，被任命做兵部尚书兼右副都御史，督管蓟、辽两地军队，兼登、莱、天津的军务，上司敦促他走马上任。七月崇焕入都，先上疏陈述军事。庄烈帝在平台召见他，对他深加慰劳，并向他咨询用兵方略。他说：“用兵方略已经全部写在奏章中了。臣受陛下的特别宠信，希望能给我以便宜行事的权力，估计五年内，全辽可以恢复。”庄烈帝说：“你能收复辽地，我决不吝啬封侯之赏。你努力平息天下的动乱，你的子孙也会享你的福的。”崇焕磕头谢恩。庄烈帝退朝稍事休息的时候，给事中许誉卿向崇焕询问五年内收复辽地策略。崇焕说：“皇上为这事心中焦急，我姑且用这话安慰他罢了。”誉卿说：“皇上英明，你怎能随便回话呢？以后按期责取成功，你怎么办？”崇焕茫然不知所云。一会儿，皇帝出朝，崇焕上奏说：“辽东军事本来就不容易成功。陛下既然交由我来办，我怎么敢因难而推辞？只是在五年内，户部转给军饷，工部供给器械，吏部选派官员，兵部调兵遣将必须朝廷内外事事相互照应，才有可能取得成功。”庄烈帝按他所说，发布诏书告诫了四部大臣。
崇焕又说：“依我的能力，制服全辽的疆土有余，可是统一众人的议论力量就不足了。我一出国门，就踏上了万里征途。朝中忌能妒功的，总是不乏其人。就是他们不能以权力牵制我，也能用意见来打乱我的谋略。”庄烈帝站起来侧耳倾听他的话，告诉他说：“您不必为此忧虑，我自有主张。”大学士刘鸿训等请收回之臣、满桂的尚方宝剑，赐给崇焕，并给他便宜行事的权力。庄烈帝都一一答应，并赐崇焕酒馔，然后散朝而去。崇焕因为以前熊廷弼、孙承宗都被人诬陷、排挤，不能实现他们的抱负，上书说：“收复辽地的计策，不外乎以前我用辽人守辽土，用辽土养辽人，守为正招，战为奇招，和为旁招的说法。实施之法在于逐步实行而不能求快，在于实实在在而不能务虚。这是我和守边的大臣们所能做到的。至于负责用人的大臣和任用有作为的官员，都由皇上您掌握其关键。怎样才能任而无贰，信而无疑？大概说来驾驭边臣与朝臣的办法不同，军队中可惊可疑的事特别多，皇上只应当看他成败的大局，没必要抓住边臣一言一行的小过错不放。边臣负担的责任重大，对他们的埋怨实在很多。凡是有利于边疆的举动，对将领自己都不利。何况攻敌紧急，敌人也会从中离间大将，所以当边疆守臣实在很难。陛下爱护我信任我，我何必过多疑虑惧怕呢？只是心中意识到自己有危险，不敢不报告。”庄烈帝以安慰的诏书回答了他，并赐给他蟒玉、银币，他上书辞让蟒玉，没有接受。
这个月，川、湖军队戍守宁远的，因为军饷缺发达四个月之久，起来喧闹，其余的十三个营起来响应他们，把巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳绑了去，囚禁在城墙上的碉楼里。自肃受重伤，兵备副使郭广刚到，亲自保护自肃，收集抚赏金和不动金二万两用以平息事态，数目不足，又从商人百姓那里借贷五万两给他们，事情才得以解决。自肃上书自行请罪，逃往中左所，自杀而死。崇焕在八月初抵达关防所，听说兵变就骑马前去同郭广密谋，宽恕了带头起事的杨正朝、张思顺，命令逮捕了十五人在街市上杀掉；斩知情不报的中军吴国琦，责问参将彭簪古，罢黜都司左良玉等四人。派正朝、思顺到前线立功赎罪，世荣、涵淳因贪污虐待下属导致事变，也被罢免。只有都司程大乐一营没有跟从兵变，特别为此给予奖励。由此当地才稳定下来。
关外大将四、五人，办起事情往往互相牵制，后来又规定只设二人，由朱梅镇守宁远，大寿仍然驻军锦州。到这个时候朱梅就要卸任了，崇焕请求合宁远、锦州为一镇，大寿仍然驻军锦州，提升中军副将何可刚都督佥事，接替朱梅驻守宁远，改派蓟镇的赵率教驻军关门，关内外只设两员大将。就此事在上疏中极力称赞他们三人的才干，说：“我自许五年内收复，就专靠这三个人了，应当让他们从头到尾辅助我。到时候没有成效，我就亲手杀了他们三个，我自己的命交由司法部门处理吧。”庄烈帝同意了他的意见。崇焕于是留下来镇守宁远。自肃已经死了，崇焕请求停止设巡抚一职。等到登莱巡抚孙国桢免职，崇焕又请求虚其位不再派人。庄烈帝也都回答可以。哈剌慎三十六家过去接受了明朝的安抚和封赏，后来被插汉所逼迫，又因收成不好，有叛改的意向。崇焕召他们在边境上相见，亲自安抚慰问他们，他们都顺服了。二年闰四月评叙春秋两防的战功，崇焕被加封太子太保，赐给蟒衣、银币，并得到荫封子孙锦衣千户的封赏。
崇焕上任一开始，就想杀掉毛文龙，文龙，仁和人。以都司之职率兵援助朝鲜，逗留在辽东一带，辽东失陷后，从海路逃回，乘守
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