备空虚杀死大清镇江的守将，向巡抚王化贞做了报告，没有告诉经略熊廷弼，由此两人开始有了怨恨。当时朝廷里掌权的人正赏识化贞，于是授职文龙为总兵官，逐渐加升到左都督，挂起将军印，赐尚方宝剑，像内地一样在皮岛上设立军镇。皮岛又叫东江，在登、莱沿岸的大海中，全长八十里，不生长草木，远离海岸，靠近北岸，北岸与大清界只相隔八十里的海面，他的东北海就属于朝鲜了。
不过，毛文龙占居的东江，形势虽然足以牵制大清兵，但他本人没有大的谋略，每次征战都失算，每年浪费的军饷无法计算，并且只顾征招商贾，贩卖禁物，名义上在援助朝鲜，实际上是妄出边塞，没有军事的时候就以变卖人参、布匹为职事，有战争，也很少得到过他的功用。工科给事中潘士闻弹劾文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队。兵部讨论认为不行。崇焕心里对文龙不高兴，曾上书请求派部臣到文龙处清理粮饷。文龙讨厌有文臣在身边牵制，上书反驳，崇焕很不高兴。等到文龙来拜访时，崇焕按宾客之礼迎接他，文龙又不谦让，崇焕除掉毛文龙的主意更加坚决了。
到了这个时候，崇焕就以阅兵为名，乘船到达双岛，文龙前来会面。崇焕同他设宴饮酒、行乐，每每到半夜才罢，文龙没有觉察崇焕的意思。崇焕同他商量更改营制，设立监司，文龙很不高兴。崇焕用离职返乡劝说他，文龙回答说：“以前有这个意思，但现在只有我了解东部战事，等东部战争完毕，朝鲜衰弱，可以一举而占有。”崇焕更加不高兴，就在六月五日这天邀请文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，命令参将谢尚政等安排身穿铠甲的士兵埋伏在帐外。文龙来后，他手下的士兵不能进帐里来。崇焕说：“我明天出发，海外的事情全寄托在您身上了，请受我一拜。”互相拜见之后，一起登上山来。崇焕问起他随从军官的姓名，多是姓毛的。文龙说：“这些人都是我的孙子。”崇焕笑了，说道：“你们在海外劳苦多日，每月禄米也只有那么一斛，说起来痛心呢，也请受我一拜，大家都为国家尽力。”这些人都叩头道谢。
崇焕就此诘问文龙几桩违令的事情，文龙做了对抗性的辩解。崇焕高声喝斥他，让人扒下他的帽子和袍带，把他捆了起来，文龙仍很倔强。崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。崇焕召他的部将来说：“文龙这样的罪状，该不该杀他？”大家都怕得唯唯诺诺，谁敢反对？中间有称道文龙数年劳苦的，崇焕训斥说：“文龙本是一个平民百姓罢了，官做得最高，全家都得以荫封，足够报他的辛劳了，他怎么就这样悖乱违逆呢！”接着就磕头请求皇帝的旨意说：“我今天杀文龙以整顿军纪。将领中间有和文龙一样的，都要杀了他们。我不能成功的话，请皇上也像杀文龙一样杀了我。”于是取下尚方宝剑在帐前把文龙的头砍了下来。出来告诉他的将士们说：“只杀文龙一个人，其他人都没有罪。”
这时候，文龙麾下凶猛强悍的官兵有数万人，都怕崇焕的威风，没有一个敢乱动的。崇焕命人用棺材埋了文龙。第二天，用肉酒等祭品祭奠他说：“昨天杀你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情。”并为他落下了泪。接着分拨文龙的士兵二万八千人为四协，任用文龙的儿子承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回文龙的敕印、尚方宝剑，令继盛代他掌管。又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了文龙的苛政。回到镇上以后，把文龙一事上书报告皇帝，末尾说：“文龙作为大将，不是我可以擅自诛杀的，所以我谨席橐待罪。”当时是崇祯二年(1624)五月。庄烈帝突然听到这个消息，大吃一惊，但想到文龙既已死去，当时又靠着崇焕，所以就以赞扬的态度下诏书褒奖他。不久又传旨公开文龙的罪行，用以稳定崇焕的心；文龙埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。崇焕又上书说：“文龙一介匹夫，不守法竟至于这种程度，是因为海外便于作乱。他的部队连老带幼一起算有四万七千人，假称十万，并且中间有很多百姓，兵还不到两万，擅自设将领千人。现在不便于再设总帅，就以继盛代行其事，这样算来是方便的。”庄烈帝回答可以。
崇焕虽然杀了文龙，怕他的部下发动兵变，所以增加饷钱至十八万两银子。然而岛上的兵失去主帅后，渐渐地散了心，越发不可征用了。以后直至有背叛投敌的。崇焕上书说：“东江一镇，想牵制敌人还必须借助它。今定为两协，马军十营，步军五营，每年需饷银四十二万两，米十三万六千石。”庄烈帝因为兵减少粮饷增加很有点情绪，因为崇焕，就特别地按他的请求办了。
崇焕在辽东，和率教、大寿、可刚等确定兵制，渐渐推行到登、莱、天津，等到确定东江兵制以后，合计四镇兵共十五万三千有余，马匹八万一千有余，每年耗费饷银四百八十余万两，比过去减少了一百二十万。庄烈帝很赞赏他。
文龙死后才三个月，大清兵数十万分路进入龙井关、大安口。崇焕听说了，就督领大寿、可刚等去守卫。于十一月十日抵达蓟州，经过抚宁、永平、迁安、丰润、玉田等城市，都留下队伍防守，庄烈帝听说他到了，很高兴，用温和的诏书赞扬、鼓励他，颁发公款犒赏将士，并命令他统帅各路援军。不久听说率教战死，遵化、三屯营都被攻下，巡抚王元雅、总兵朱国彦自杀，大清兵越过蓟州向西去了。崇焕怕了，火速领兵入关保护北京，在广渠门外扎营。庄烈帝立刻召见他，慰劳了他一番，向他讯问战守策略，赐他御用的食品和貂裘。崇焕由于兵马疲惫，请允许进城中来休息，庄烈帝不同意，崇焕出去与清兵大战，互有杀伤。
当时大清兵所由进入的隘口是蓟辽总理刘策管辖的，崇焕听说事变就不远千里前来解救，所以自认为有功无罪。然而都城的人们突然遭到兵乱，怨言诽谤纷纷而起，说崇焕拥兵纵敌。朝廷大臣因为以前崇焕和大清军有过议和，诬蔑他引来敌人想逼朝廷议和，将要订立城下之盟。庄烈帝听了一些这样的话，心中不能不迷惑。恰好大清军又设了离间计，说崇焕和我们有秘密的和约，让他们所抓获的宦官知道后，又故意让他逃走。那宦官跑去告诉庄烈帝，庄烈帝深信不疑。十二月十五日又一次召崇焕问话时，就把他绑了下到京师的狱里。大寿当时在旁边，浑身哆嗦，不知所措，出来以后就带兵叛逃而去。大寿过去曾经有罪，孙承宗要杀他的时候，爱惜他的才能，就秘密地要崇焕解救他。大寿因此感激崇焕，怕被一齐杀了，就叛逃了。庄烈帝拿崇焕在监狱中亲手写的信，派人前往召大寿回来，他才归顺。
崇焕在朝廷时，曾和大学士钱龙锡谈话中间略略说到想杀毛文龙一事。等崇焕想和大清兵和议时，龙锡曾写信制止他。龙锡过去曾主管确定魏忠贤的逆案，忠贤的残余党羽王永光、高捷、袁弘勋、史翲等人策划制造大案，就以擅自主张议和、独断专杀大帅等事作为他们两个人的罪行，高捷首先上书竭力攻击，史翲、弘勋继之于后，一心想连龙锡一齐杀掉。法司定了崇焕谋叛的罪名，龙锡也定死罪。三年(1630)八月就把崇焕在街市上车裂而死。他的兄弟妻子都被流放三千里，并抄没了他的家。崇焕没有儿子，家中也没有多余的钱财，天下人都以为他死得冤屈。
崇焕被捕入狱后，大寿奔逃大清军去了。武经略满桂因为被催促甚急，与大清兵战斗，终于战死，这时离崇焕下狱才半个月时间。当初崇焕妄自杀了文龙，至此庄烈帝又误杀了崇焕。自从崇焕死后，边疆的战事更加无人可靠了，明朝灭亡的征兆也已决定无疑了。
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