镇等驻扎在洋县，防止贼兵东逃；又发布檄文给练国事、卢象升、元默，要求他们分别把守要害地带，截击敌人逃窜。
贼寇见官军四面会集，十分害怕，全部逃进了兴安的车厢峡，李自成、张献忠等大头目都在里边。车厢峡四面山石陡峭，中间长达四十里，易进难出。贼兵误入其中，山上的居民扔下石头打击他们，有的扔下火把，山口垒起了石寨，切断了他们的通路。又下了二十天大雨，弓箭都丢失了，马没有草吃，死去的人数超过了一半。这个时候只要官军逼上去，可以全部歼灭他们。自成等看到形势逼迫，采用了他的同伙顾君恩的诡计，用重宝贿赂了奇瑜身边的人以及各位将领，假装求降。奇瑜没有深思，就同意了，先后收编了三万六千多贼兵，全部加以慰劳，然后遣送回乡务农。平均每一百人派一个安抚官护送，发布檄文要求所经过的州县拿出粮草供应他们，递接遣送他们还乡，各地将领不得拦截，以免破坏招安的事情。这些贼兵没有遭受大的损伤，投降并非真的，走过栈道后就不接受管制了，把五十多个安抚官杀了个净，然后攻占州县，关中一带又大为震动。
奇瑜后悔自己失策，就把罪名推到别人身上以求卸责。贼兵刚刚反叛时来到凤翔，哄骗驻军打开城门，守城的士兵知道他们是在诈骗，就骗说用绳索拉他们上去，杀死了先上去的三十六个人，其余的贼寇一哄而走了。他们进犯宝鸡，也被知县李嘉彦挫败。奇瑜就弹劾嘉彦及凤翔乡官孙鹏等破坏了招安的事局，抚按官也对招安怀有二心。庄烈帝恼了，严厉批评了抚按官，逮捕了嘉彦、孙鹏及士绅、百姓五十多人。奇瑜又请求朝廷传令陕西、郧阳、湖广、河南、山西的五位巡抚各自把守要害地带，有失守的就治他们的罪，试图以此来为自己分担过失。后来他又委罪于练国事，国事也被逮捕入狱。给事中顾国宝弹劾奇瑜贻误封疆大事，庄烈帝下诏让奇瑜解除官职，等候调查。御史傅永淳又弹劾奇瑜解陇州之围时虚报了斩敌人数，庄烈帝就下诏把奇瑜除了名，让锦衣官把他逮捕，加以审讯。九年六月，奇瑜被贬，充军边疆去了。
当初奇瑜在南阳做官时，唐王杀了他的长子，并且想一同废除其长子的儿子聿键。靠了奇瑜的帮助，长孙的地位才得以保住，后来聿键在福建自立为帝，想召奇瑜去做东阁大学士，因为道路遥远，奇瑜没有收到任命令，死在了家里。
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