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当时嗣昌提出了“四正六隅”的策略，增补了一大半官兵和军饷，试图一举消灭贼寇，贼兵相当害怕。等文灿来后，京军多次告捷，贼兵更加害怕了。只是文灿决心已定，要招降贼兵。才进驻安庆那阵，文灿就派人招降张献忠、刘国能，献忠与国能听从了招安。文灿于是大量张贴招降的檄文，又奏请把居民和粮食全都迁入城市里关闭起来，认为贼兵没有什么东西可以掠夺就会自行让步了。庄烈帝恼了，把文灿训斥了一番。嗣昌心里也不赞成文灿的办法，但既然已经任用了他，就只好设法替他辩解。根据文灿的申请，朝廷把畿辅、山西的部队各三千人拨给了他。
第二年，国能果然投降了，张献忠攻占了谷城。这时得功又在舞阳大败贼兵，马士秀、杜应金半夜里出降，信阳城拿了下来。献忠被良玉重创，几乎被抓获，他的部下饥饿、疲惫，逃走了很多人。献忠形势窘迫，也通过陈洪范投降了。这时嗣昌在评定功过时，贬了洪承畴、曹变蛟等，称赞了文灿的功绩。
后来京军解除了遂平之围，斩获了三千多贼兵首级。当时文灿在裕州，马进忠、罗汝才十三家贼兵聚结在南阳。文灿下令杀死归顺的贼兵要偿命，所以贼兵不肯听命时，官军就用金帛、酒肉犒劳他们，当时称为“求贼”。庄烈帝侦察到这种情况后说：“文灿说大话，并无其实。”文灿听说后很是害怕。孙传庭出关去攻击贼兵时，文灿没有去援救，而嗣昌这时已经进入政府中掌握了中央大权。九月，文灿驻军襄阳，贼兵分别盘踞在郧阳、襄阳一带的各处险要位置上。诸将请求出战，文灿主张兵分几路，卢九德说“：兵力分散后力量薄弱，一处失利，全军就会动摇，不如联合各部分力量一起攻打。”大家都说好，于是文灿让佥事张大任监督大将左良玉、陈洪范的军队，让通判孔贞会监督副将龙在田的军队，在双沟跟贼兵开战，大败贼兵，斩获两千多首级。罗汝才、惠登相率领的九营贼兵逃往均州，李万庆率领的三营逃往光山、固始去了。
十一月，京师戒严，朝廷召洪承畴、孙传庭入卫京师。汝才等以为要讨伐自己，非常害怕，就去求见太和山提督中官，请求接受文灿的招安，文灿同意了。他把汝才及一丈青、小秦王、一条龙四营安置在郧县，把惠登相及王国宁、常德安、杨龙贤、王光恩五营安置在均州。然后上书说“：我对李万庆、贺一龙、马光玉及临天王等主张剿灭，其他的都主张招安。我请求朝廷赦免汝才等人的罪过，授给他们一个官职。”朝廷批准了。
当时京军、良玉的军队都因入卫京师离开了，马士秀、杜应金就在许州反叛。早先，士秀等人投降后，良玉把他们的兵力安置在许州郊外。许州是个大州，良玉等将领都把自己的妻子、儿女和财物寄存在那里，良玉长久出征不回。士秀、应金在文灿的军队里，一天假装请假，借用了良玉的旗号混进许州城。夜半时分，贼兵从府中冲出，烧毁了城南的碉楼，抢劫了仓库，杀死官吏，带着财宝投奔了李万庆。万庆即贼首射塌天。
十二年(1639)三月，良玉班师回来，打败并收降了马进忠，又派刘国能进攻并招降了李万庆，士秀、应金也再次投降了。顺天王在此之前已经死去，他的同伙顺义王被部下杀死了。文灿于是上书说“：我的部队威震贼胆，投降过来的接连不断。十三家贼兵中只有革里眼、左金王及马光玉三部尚未得到应有的讨伐，不过一年半载也就可以平定了。”庄烈帝以赞许的口吻下诏书回答了他。
当初，张献忠投降后拥兵万人，盘踞在谷城，却向朝廷要十万人的粮饷。文灿及朝廷内外的要人都说给他。在他们替献忠向皇上请求官职，请求地盘，请得关防大印以后，献忠写下状子说愿意听候调遣。后来朝廷多次传檄召他的部队，他都不理，朝廷内外都知道献忠一定会反叛的。以后，汝才投降了，也不肯交出武器。等到进忠、万庆等也都投降时，文灿更自以为得法，以为天下从今往后将没有贼寇了。五月，献忠在谷城反叛，在房县劫持汝才后，九营贼兵都反了起来。最初，均州五营担心受到讨伐，犹豫不决，一起歃血结盟抵抗献忠，不久也反叛而去了。庄烈帝得知事变发生，大吃一惊，削去了文灿的官职，让他戴罪理事。七月，良玉在罗犭英山进攻献忠，被打败了。庄烈帝十分恼火，命令嗣昌来取代文灿。嗣昌来到军队中，就派遣使者把文灿逮捕入狱，判为死刑。文灿的亲戚姚明恭掌着大权也无法救他一命。十三年(1640)十月，文灿终于被处死于街市之上。
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