巡抚顺天。不久，封任兵部右侍郎兼佥都御史，总督蓟门、辽东、保定军务。
此后宗龙因为一点小原因被剥夺了官职。过了很多年，十年十月流寇大举进入四川，攻下四川的三十多个州县，庄烈帝才拍着大腿想念宗龙说“：假使宗龙巡抚四川，贼兵怎么能达到这种地步！”于是催促兵部把宗龙从家里起复。宗龙到四川接替王维章后，与总兵罗尚文打退了贼兵。十二年(1639)五月，因为杨嗣昌的推荐，宗龙被召入朝中担任兵部尚书，离开了四川。宗龙自从平定贵州的乱贼以后，共十四年当中总是一会儿得到起用，用不久就又免除了官职。八月，宗龙到京师后进去朝见庄烈帝。他为人刚直不屈，不会顺着人的脾气讨好人。庄烈帝愤恨兵部长官不称职，嗣昌因为狡诈得到了庄烈帝的欣赏。宗龙为人朴直、忠厚，刚进见，就讲百姓困穷，国家财力虚竭。庄烈帝相当肯定这一点，只是宗龙不停地款诚讲论，庄烈帝于是不高兴地说“：你是来整顿军事的！”宗龙退出以后，庄烈帝对嗣昌说：“怎么回事？宗龙过去很会决策贵州，现在却只讲这些琐屑的事务，都是他人唾余的事，什么原因？”从此宗龙有所奏请，大都被驳回了。
熊文灿罢官以后，宗龙就上书讲：“过去贼兵东窜西逃，所以嗣昌提出划地剿灭的办法。现在流窜不停的贼兵都停在了各自的地盘上，请让我过去在短期内办成解救危急的功效吧！让总理只管辖湖北、河南，陕西总督兼管四川，凤阳总督兼管安庆，各自统率所属部队稳住本镇，我预期十二个月内取得成功。”进而推荐说湖广巡抚方孔昭可以接替文灿。庄烈帝不予采用，用嗣昌过去担任督师。
嗣昌外出担任督师以后，递上奏章请拨军粮，兵部不能完全供给他，嗣昌就弹劾尚书不称职。宗龙也弹劾嗣昌，说他白白耗费国家的财力，不能报效国家，还要盛气凌人，欺负朝臣。正好这时蓟辽总督洪承畴请任命刘肇基为团练总兵官，宦官高起潜又揭发肇基为人懦弱、胆小，宗龙没有立即答复他们。庄烈帝就发火了，批评他抵抗圣旨，要他回禀真相。宗龙的奏章交上后，又被看作是把封疆大事视同儿戏，就因此被关进了监狱。法司判为充军边疆，庄烈帝不同意，想把他处死。宗龙在监狱中呆了两年，十四年春季，嗣昌死了，尚书陈新甲推荐宗龙的才干，庄烈帝一时没有答话，过了很长时间才说：“他倒是朴实、忠厚。我用早先的心思任用他，他应该不计前嫌，为我尽死力才是。”于是把宗龙释放出来，让他以兵部右侍郎兼右佥都御史的官职去接替丁启睿，总督三边军务。
那个时候，李自成有兵马五十万，刚刚打下了河南、洛阳，又进犯开封。罗汝才又从南阳开赴邓州、淅州，与他会师。庄烈帝命令宗龙专门惩办自成。宗龙打算集结关中的全部军队、粮饷出关开战，但是所属的府县发生旱、蝗灾害，已经无法应征了。
九月四日，宗龙带领四川、陕西的两万部队开出潼关，驻扎在新蔡，与保定总督杨文岳的部队会合。然后由贺人龙、李国奇率领陕西部队，虎大威带领保定部队，一起架起浮桥，东渡汝宁，联合起来开赴项城。五日，两支部队都渡了过去，奔向龙口。自成、汝才也在上游架起浮桥，打算奔赴汝宁，侦察到两个总督的部队开来，就把精锐兵力都埋伏到树林中，佯装统领各路贼兵从浮桥上过河西去。人龙让后边的骑兵侦探敌情，骑兵回来禀报说：“贼兵要向汝宁去了，架起浮桥就要渡过河走了。”宗龙、文岳夜间召集诸将，决定明早开战。
六日，两支官军一起进兵，半路上一个骑兵跑回来说“：贼兵全渡过河了。”又往前走，一个骑兵跑回来报告：“贼兵渡过一大半，三分渡过两分了。”宗龙、文岳说“：往前追。”又走了三十里，来到孟家庄，时间已是正午。人龙、大威说“：马累了，明天再战，停止前进扎营休息吧。”各个部分都下马解甲，把武器靠到一边去了，大家四出到村子里寻找马草。贼兵暗中发觉后，猛然间从林子里杀了出来，伏兵都冲上来跟官兵搏斗。人龙有一千骑兵却不参战，国奇以自己的部下迎击贼兵，没能得胜，结果陕西部队、保定部队都败下阵来，人龙、大威逃往沈丘，国奇也跟着跑，三总兵的部队全败逃了。宗龙、文岳联合起来驻扎在火烧店，贼兵用步兵过来攻打他们的营寨。官军点燃大炮，炸死了一百多贼兵。天黑下来，贼兵引退了。宗龙的部队在西北向，文岳的部队在东南向，凭借战壕死守。保定部队当晚逃走了，保定总督的副将挟持着文岳的坐骑飞驰而去，当夜跑到了项城。宗龙又派出士兵到东南向扎下营，各将领分守壁堡，跟贼兵的战垒相持。
九日，宗龙传令人龙、国奇回兵来援救，这两个总兵不加响应。宗龙说：“他们避死，想必不来了，我难道也避死吗！”对他的部下讲：“宗龙老了，今天陷在贼兵包围中，我要和大家一道决一死战，不能像他人一样卷甲逃走。”又召裨校李本实过去挨着文岳守过的壁堡开挖战壕，堆起战垒用来拒击贼兵。贼兵也挖了两重战壕来包围他们。
十一日，陕西部队的粮食吃完了，宗龙杀了骡、马给他们吃。第二天，营中的骡马也没了，就杀贼后把尸体拿来分了吃。十八日，营中的火药、铅子、箭都放完了。宗龙清点士卒，除受伤、死亡的士兵以外，还有六千兵。半夜时分，宗龙率领这些部队偷袭贼营，杀死贼兵一千多人，突围而出。官军出来后散乱了，宗龙步行率领他们边战边走。十九日正午，他们走到离项城只有八里的地方，贼兵追上来，活捉了宗龙。然后到城门前喊道“：我们是陕西总督的护卫官兵，请打开城门让总督进去！”宗龙大声喊道“：我是陕西总督，不幸落在贼兵手里，左右都是贼呀。”贼兵向宗龙唾口水，宗龙骂他们说“：我是朝廷大臣，要杀就杀，怎肯替贼赚城门，苟延残喘！”贼兵抽出刀向宗龙砍来，宗龙被砍中头颅，倒下了，贼兵又割下他的耳朵、鼻子，宗龙就这样死在了城门之下。事情报送朝廷后，庄烈帝说“：宗龙这样，真可谓朴实、忠诚啊！”于是给他恢复官职为兵部尚书，加官太子少保，谥忠壮，荫封子孙为世袭锦衣百户，并对他予以公祭、公葬。
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