蛟被留下来驻守遵化。他的部下都是陕西兵，因想念家乡，有许多逃亡的人，变蛟对他们加以追捕、斩杀后军心才安定下来。这时张献忠、罗汝才投降以后又再次反叛，陕西又开战了。总督郑崇俭请求让变蛟率兵西去，庄烈帝不答应，不久任用变蛟当了东协总兵官。
十三年(1640)五月，锦州告急，变蛟跟随总督洪承畴出关，驻守宁远。七月，同援剿总兵官左光先、山海总兵马科、宁远总兵吴三桂、辽东总兵刘肇基在黄土台以及松山、杏山遇上大清部队，双方互有伤亡，大清部队退后驻扎到义州。承畴打算让变蛟、光先、马科的部队进关来养精蓄锐，留吴三桂、刘肇基的部队在松山、杏山之间活动，假装着进攻的样子。后来又请求解除刘肇基的官职，让王廷臣取代了他；派遣光先西归，以白广恩接替了他。兵部讨论后都同意了他的意见。然后承畴又请求调遣附近的边防部队联合关内外将士十五万人以备防守。承畴的意见认为，军队出征军粮也应随行，一定要凑足一年的粮草然后才能讨论增加兵力。庄烈帝认为是这样，就下令有关部门迅速凑齐供给他。
朝廷召集宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、密云总兵唐通，要他们各自挑选部下的精兵前往增援。他们在十四年三月同变蛟、马科、广恩先后出关，加上三桂、廷臣等共八员大将，十三万士兵，马匹四万，一起驻扎在宁远。
承畴主张用兵要谨慎稳重，而朝廷的意见认为这么多部队凑来粮饷也不容易，应速战速决。职方郎张若麒前来催促承畴出兵。承畴考虑到祖大宽被围困已很长时间了，于是决定立即援救锦州。七月二十八日，各军停驻在松山，在西北的山岗上扎了营。多次出战，始终不能解围。八月，国柱战死，山西总兵李辅取代了他的职务。承畴命变蛟在松山的北面、乳峰山的西面共扎下七个军营，周围环绕着长长的战壕。不久听说我们太宗文皇帝亲自来督阵，这些战将非常害怕，等到出战时，接连吃了败仗，运送粮草的道路又被切断。于是王朴先趁夜逃走，唐通、马科、三桂、广恩、辅明也相继逃跑了。他们从杏山往南沿着海边，东到塔山，受到大清兵的阻击，淹死在海中的人不计其数。变蛟、廷臣听说失败的消息后骑马赶来松山，同承畴一起牢牢防守。三桂、王朴逃出后占据了杏山。过了几天，想回到宁远来，走到高桥遇上了埋伏，大败，只保全了自家性命而已。这次战役，官军先后丧失士兵共五万三千七百多人。从这以后锦州的包围圈更加收紧了，松山又被包围，什么增援部队都没有了。
九月，承畴、变蛟等率领所有的骑兵和步兵想突围出去，失败而回。他们又继续防守了半年，到第二年二月，副将夏成德给大清部队做内应，松山于是被打了下来。承畴、变蛟、廷臣以及巡抚丘民仰，旧总兵祖大乐，兵备道张斗、姚恭、王三祯，副将江翥、饶勋、朱文德，以及参将以下共一百多军官都被抓获、杀死，只有承畴与大乐没有被杀。
三月里，大寿就把锦州交出投降了。杏山、塔山也接连失守，京师受到很大震动。
后来，朝廷颁布诏书，赐予殉难的各位大臣以祭奠、安葬，让有关部门为他们建立祠庙。变蛟的妻子请求给予追赠、封荫，朝廷追赠他为荣禄大夫、太子少保，荫封后世子孙为世袭锦衣指挥佥事。
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