，同士英、弘图是一起任用的，可法仍然掌管兵部的事务，士英仍然督军镇守凤阳，于是和北京过去一样又制定了京军制度，侍卫部队和锦衣卫各军都列入军队进行操练，锦衣卫东西两司房，以及南北两都的抚司官，不再全部设立，以防止告密，安定人心。
这个时候，马士英一天到晚想当首辅大臣。等到朝廷的命令发布后，他非常恼怒，就把可法以前列举福王不该立的七条理由进呈给福王。然后带兵入见福王，递上奏章就走了。可法于是请求统帅军队，外出镇守淮、阳两地。十五日，福王即位。第二天，可法入朝辞别，被加封为太子太保，改任兵部尚书、武英殿大学士。士英就在这一天入朝值勤，讨论把江北划分为四镇，东平伯刘泽清管辖淮、海等地，驻军泗水，经理开、归一路。总兵官刘良佐统辖凤、寿等地，驻扎在临淮，经理陈、杞一路。靖南伯黄得功统辖滁、和等地，驻军庐州，经理光州、固始一路。可法动身后，就派遣使臣寻访已故帝、后的灵柩以及太子、二王所在的地方，并奉命前往祭告凤、泗二陵。
可法离开后，士英、孔昭等更加肆无忌惮。孔昭因为慎言推举吴生生，在大殿上闹闹嚷嚷，并持刀追杀慎言。可法听说此事派骑兵上书劝解，孔昭最终卡住不让任用吴生生。可法祭二陵完后，上书说“：陛下刚登位时，恭恭敬敬地拜见孝陵，哭泣之声足见您心中的悲哀，路上的行人也为之感动。如果您亲自拜见凤、泗二陵，看到满目蒿莱，无鸡鸣狗吠的凄惨景象。想必会更加悲愤。我希望陛下能善始慎终，身居于高大舒适的宫殿时，能想到东北皇陵中先帝魂魄不能安息；享受宫廷的美餐时，能想到东北的皇陵中连麦子稀饭都没摆上一碗；当得到瑞应之图、吉祥符..时，能想到先帝储才防败，怎么还会忽然遭遇危亡？早朝晏席结束时，能想到先帝一生克俭克勤，怎么最终还是国破家亡？陛下如果办事小心谨慎，任何时候都不懈怠，已故皇上、皇后还有列祖列宗都会在冥冥之中帮助我朝中兴。假如晏乐、偏安于东南一隅，不考虑长远的策略，不辨贤人和奸人，决策不够灵活、明达，使老成的官吏离职而去，英雄豪杰裹足不前，列祖列宗在地下抱怨、担心，天命在不知不觉中他向转移，那么东南一隅也是无法保住的啊！”福王赞扬并回答了他。
得功、泽清、高杰争着想要驻军扬州。高杰率兵先到扬州边界，一路大肆奸淫掳掠，所经之地尸横遍野。城中开始惧怕，登上女墙守备，高杰攻打了两个月。泽清也在淮上大肆掠夺。临淮不接纳刘良佐的军队，也遭到攻击。朝廷命令史可法前往劝解，得功、良佐、泽清都听从命令，于是，到高杰那里去。高杰一向惧怕史可法，听说可法要来，他连夜掘出近百个土坑埋葬地面上的尸骸。第二天早上来到军营中拜见可法，脸色和言辞都变了，汗流浃背。可法却坦诚地接待他，跟他的偏将讲话也用温和的语气，高杰喜出望外，然而从这以后他也有点轻视可法，开始用自己的优势兵力防护左右，文檄也一定自己过目后才肯传递。可法简单地把他们的情况上报给福王，又把他的兵力驻守在瓜洲，高杰对此又非常高兴。等他离去后，扬州得以安定下来，可法于是在扬州开设府署。
六月，大清军队打败了反贼头领李自成，自成放弃北京率兵向西逃跑，青州等各郡县开始争先恐后地杀死他设立的伪官，占据城堡自卫。可法请求皇上颁布监国、登极两个诏书，安抚山东、河北军队和百姓的思想。并开设礼贤馆，招收各地有才智的人，让监纪推官应廷吉主管此事。八月，可法外出巡视淮安，检阅泽清的兵马。返回扬州，向朝廷请求粮饷，作为进取北方的费用。士英吝啬不肯送发，可法上疏皇帝催促他。借此对皇上说：“近来人才日益减少，入官门路日益混乱，由此慕名之心胜而务实之心少，议论的事情很多但成功的事情很少。现在的局势更和以往不同。一定要专心于讨伐乱贼，报复国仇才行。除却筹兵筹饷不应有什么别的议论，除却治兵治饷没有人才之可言。如有捡拾空虚词句，谋取高官厚禄的人，有罚无赦！”福王报以鼓励的诏书。
当初，可法担心高杰蛮横不法，派得功在仪真驻军防备他。九月初一，得功与高杰兵戎相加，高杰理亏。靠着可法的和解事情才得以解决。北京原来投降反贼的大臣们此时纷纷南下回朝，可法上书建议说：“原籍在北方的大臣，应该让他们到吏部、兵部听候录用，否则恐怕会使他们南下回朝之心绝灭。”又说“：北京的祸变，凡属臣子的都有罪愆。在北方的官吏如果都应当跟先帝一道去死，难道在南京的都不是先帝的大臣？即如我可法不才，在南京主管枢机，士英沾了国恩担任凤阳总督，都没有能率领东南的全部优势兵力迅速支援北都。镇守大臣泽清、高杰因兵力不能支持，倒过来向南方逃跑。如此说来，先应该追究的，是我们这些大臣的罪过。竟然因为圣明的陛下您入继王位，不仅没加诛杀，而且一次次得到恩典。南方的大臣如此，而单单对于在北方的大臣们毫毛不放，一概绳之以法，岂不是闲散小吏，罪责反比南枢、凤督还要重大了吗？我以为应该选择那罪状显著的降官，严加惩治，以示指教。如果大臣未曾接受乱贼的任命，或曾受乱贼刑罚的，可以撇开不加问罪。那些在北方逃避战乱，犹豫多时而后才到朝廷来的，允许他们戴罪入官，讨伐敌人，这些人可以到我领的军队里酌情录用。”朝廷经议论听取了他的意见。
高杰驻兵扬州，很不驯服，可法对他开诚布公，用君臣的大义启发、开导他，高杰终于感悟，接受上方的领导。十月，高杰率领军队北讨，可法到清江浦，派遣官吏在开封屯田，为经略中原地区做准备。各镇兵力划分防守地区。从王家营向北到宿迁一带最为要冲，可法亲自负责，沿黄河的南岸筑起了一道保垒。十一月四日，可法乘船驻于鹤镇，信使报告大清部队已进入宿迁地区，可法率兵进抵白洋河，命令总兵官刘肇基前往支援。大清部队回头攻打邳州，肇基又援助当地驻军，与大清军相持半个月才解邳州之围。当时，李自成逃往陕西，还未灭亡，可法请求皇帝颁布讨贼诏书，奏章中说：
“自今年三月以来，仇敌还在眼前，朝廷却不加剿灭，过去晋朝建都南京，君臣日思夜想要恢复中原，而仅仅保住江南而已；宋朝南渡后，君臣尽心尽力想保守楚、蜀，而仅仅保住临安而已。这样说来，偏安只能是为恢复而退步，没有志在偏安，就能自立于不败之地的。北京陷落之初，黎民百姓洒泪沾襟，官僚士绅悲愤哀痛，还有报仇雪耻的朝气。现在却是军队骄横，粮饷缺乏，文官安坐，武官嬉闹，顿时成了暮气沉沉。黄河上的防御设施，一切都还没办理，人心不够肃穆，命令不能执行。复仇的军队没有听说开向关、陕，讨贼的诏书至今没传到燕、齐。君父的大仇被置之度外。况且，就是人们能住草篷，吃粗食，卧薪尝胆，聚人才，养精神，枕戈待旦，动用全国的物力，破釜沉舟，决一死战，还怕无法解除国家的危亡哩。就我看朝廷中君臣的战略决策，大臣们的所作所为，很有不对的地方。将领用以克敌制胜的是人心中的勇气；君主用以驾驭将领的是伟大的志向。朝廷中志向不能激励，行伍间的勇气就不能鼓足。夏朝的少康不忘父王失国后从地穴中逃出性命的耻辱，汉朝的光武帝不忘兄长被杀后用柴草焚烧时的心情，所以都能有所成就。我愿陛下像少康、光武那样，不希望身边的大臣仅仅把晋元帝、宋高宗那样的说法进呈给您。
“先皇帝死于乱贼手下，恭皇帝也死于乱贼手下，这是千古不曾有过的哀痛。当时在北边的大臣忠节死难的不多；在南方的大臣讨伐贼寇的又少，这真是千古不曾有过的耻辱啊！平民百姓的家里，父母兄弟被人杀了，还想抛颅头、洒热血，杀了敌人方才甘心。对于朝廷来说，难道就这样置之于脑后了吗？我请求陛下迅速发布讨贼的诏书，授权我和各镇军官都挑选精锐的部队，一直打向秦、关，并请悬上等的爵位用以封赏有功的大臣，给各位将领便宜行事的权力用以敦取成功。对天下发布的诏书，应当痛切淋漓，以便使海内的忠臣义士，听读之后感动、发愤。
“国家在遭了这次祸变后，陛下才接着登上皇帝的宝位，所以与以前不同。大臣们只有该诛杀的罪过，没有什么值得登录的功劳。现在皇上您恩外又加恩典，使得武将腰缠宝玉，重臣滥饮如泥。今后应该慎重一些，务必把爵位、俸禄加封给实有功劳的人，以便使猛将武夫有所激励。另外军队在外，最怕的是没有粮草，搜括百姓既不能行，劝人捐助也很难维持。我请陛下把不紧要的工程，可以不花的费用，白日黑夜的晏乐，左右大臣的进贡，这一切都宣布停罢了吧。即使事关国家的典礼，也应该一概考虑节省。因为贼寇一日不灭亡，就是有幽静的宫殿，储秀的香阁，锦绣的衣服，美味的珍馐，陛下您能心安理得地享用吗？所以一定得时时刻刻以报仇为念，振奋举朝文武的精神，集聚四面八方的物力，一齐集中在选将练兵这件事上，以期人心鼓舞，众志成城，老天爷的心会重新向着我大明王朝。”
可法每次写好奏章，必定一遍又一遍地朗读，自己声泪俱下，身边的人听了也感动得流下眼泪。
等到大清兵已经打下邳州、宿松时，可法迅速递奏章向皇帝报告。士英对人说“：他不过是想为防河将士纪功罢了。”因此心下怠慢而未加思考。而各镇军队犹豫不决，都没有出兵救援的意思，而且相互之间几度开战。第二年，也就是大清顺治二年(1645)正月，粮饷缺乏，各军兵士都不胜饥饿。不久，黄河防线上传来警报。皇帝下诏书命令良佐、得功率军扼守颍、寿两地，高杰进军归、徐两地。高杰到达睢州，被许定国杀害。他部下的军队乱了套，把方圆近二百里的人民屠杀殆尽。可法听说此事，流着泪，跺着脚叹息说“：中原地区也无法保住了。”于是到徐州，命令总兵李本身当提督，统领高杰的部队，本身是高杰的外甥。任命胡茂顺为中军提督，李成栋做徐州总兵，每个将领分别管辖一地。又立高杰的儿子高元爵做世子，请朝廷对他加以抚恤，高杰的军队这才安定下来。由于高杰的军队不得已撤回，大梁以南的地方都失守了。士英妒忌可法的名声，晋升原中允官卫胤文为兵部右侍郎，总管兴平的军队，以此削弱可法的兵权。胤文是高杰的同乡，在北京曾陷于贼寇之手，后来南下回朝，高杰请他做自己的监军。高杰死后，胤文接到士英的指授，上书皇帝讥笑可法。士英大喜，所以才有这个任命，让他驻军扬州。二月，可法回扬州，还没到，得功率兵来袭击兴平军，扬州城中军民非常恐惧。可法派遣官员前往为双方调和，得功才率兵离去。
当时，大清兵已攻下山东、黄河南北的地区，逼进淮南。四月初一，可法率军转移，打算到泗水驻扎，护守明朝的祖陵。正打算去，左良玉叛乱，皇宫受到侵犯，朝廷召史可法前去支援。可法度江抵达燕子矶，得功已经把良玉的军队打败。可法于是率兵到天长去，传檄号召各地将领救援盱眙。不多时，探马来报，说盱眙已经投降大清，前往救援的泗州将领侯方严全军覆没。可法一天一夜飞奔而回防守扬州，当时谣言说许定国的军队要来歼灭高氏的部队，扬州城中士民全都砸坏城门，外出逃命，大小船只为之一空，可法传檄召各镇兵，没有一处前来响应。本月二十日，大清军大举而来，驻扎在斑竹园，第二天，总兵官李栖凤、监军副使高岐凤拔营投降了清军，城中力量更加单薄。可法命令文臣武将们分别登上城墙拒敌守城。扬州旧城的西门形势险要，可法亲自把守。可法又写信给母亲和妻子嘱咐说“：我死后把我安葬在高皇帝的坟墓边侧。”过了两天，清兵逼近城下，用火炮轰炸西北角，扬州城陷落。可法拔刀自杀而未死成，一参将护他从小东门出去，被清军抓住，可法大声呼叫说“：我是史督师。”就此被杀。扬州知府任民育，同知曲从直、王缵爵，江都知县周志畏、罗伏龙，两淮盐运史杨振熙，监管粮饷的知县吴道正，江都县丞王志端，赏功副将汪思诚，幕客卢渭等都一齐遇害。
可法最初因扶立福王，制定国策有功封少保兼太子太保，又因太后南来封少傅兼太子太傅，排定在江北的战功又晋升少师兼太子太师，因捉拿盗贼大头目程继孔而加封太傅，他都竭力辞让，福王不准。后来因宫殿建成，加封太师，他又辞让，这次得到允许。可法做督师时，外出不让
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