率领总兵刘良佐等击败了他们，程度不同地得到记功奖赏。大典有保卫国家的功劳，但不能廉洁奉公，因而多次被给事中方士亮、御史郑昆贞等人弹劾，朝廷下令把他剥夺官籍，等候查处，事情还没有了结，东阳地方许都的事又发生了。
许都是一个学生，凭着意气，因愤恨县令搜刮百姓，在当地造反，围攻金华。大典的儿子朱万化招募勇敢的年青人抵御他们，剿平贼寇后招募的人员没有疏散。大典听说后，赶忙骑马回家。知县徐调元在查许都的叛军花名册时发现上面有万化的名字，就说大典纵容自己的儿子与贼兵勾结。巡抚御史左光先把这事报告了朝廷，奉旨逮捕大典父子治罪，把他的家产抄没充当军饷，并且命令督赋给事中韩如愈前往催促当地官员予以执行。
后来京都陷落，福王即位。有人在朝中替他辩白，而且大典也同马士英、阮大铖结好，于是被召为兵部左侍郎。过了一个月，晋升为尚书，总管长江上游的军务。左良玉举兵东下，福王命令他监督黄得功的军队抵御左良玉。福王逃往太平，大典与大铖在船中觐见，发誓竭力作战。得功死后，福王被俘，他和大铖两个人于是逃往杭州。恰好潞王也投降了，大典才回到家乡所在的金华郡，占据城堡顽强地防御。唐王听说后，就原地加封他为东阁大学士，督管浙东的军队。过了一年，城被攻下，大典全家与城共亡了。
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