万元吉，字吉人，南昌人。天启五年(1625)进士。初任潮州推官，后来调补归德。期间他捕获了大盗李守志，解散了他聚集起来的喽罗。崇祯四年(1631)全国官吏大考核，他被贬了官。十一年秋天，朝廷采纳曾樱对他的举荐，让他以永州检校的身份代理推官的职责。过了两年，督师杨嗣昌推荐他有才干，朝廷让他改任大理右评事，到杨嗣昌军队里负责监察军纪。嗣昌把他用作左右手，将领们也心悦诚服，他在部队里奔走劳作，未曾睡过一个晚上安生觉。嗣昌死后，元吉因为替母亲守丧回乡去了。十六年复出，担任南京职方主事，又升为郎中。
福王登基后，他仍旧担任郎中。因为四大兵镇不和，他请求让自己奉命前往开导，又请求拨一万两银子到扬州犒劳高杰，用大义教导他，命令他驻守江、淮。然后万元吉渡过长江奔赴各位大将的军营中去。高杰与黄得功、刘泽清三人当时正在争夺扬州，元吉给得功写了一封信，让他和大家一起辅佐朝廷，得功写了一封回信，和元吉的意思相同。元吉于是把得功的信抄给泽清、高杰两个看，他们三个人之间的嫌疑于是逐渐消释了。朝臣们讨论认为元吉能够安定各大兵镇，提拔他当了太仆少卿，让他监视长江以北的军务。元吉人在外边，却不忘朝廷，几次上书评议政事。他曾请求朝廷编写《建文实录》，恢复他的皇帝尊号，并把他给原先懿文太子追加的尊号予以归还，在他的陵园中祭祀他，用建文皇帝陪享，并且立即表彰当时死难的大臣们，以及近来京师失陷时殉难的四方臣僚，以便振作臣民忠心报国的勇气。福王听从了他。元吉还上书说：“先帝天资英武，立志振兴国家，可是事实上祸乱更加严重。这是由于政策宽大、严厉二者的运用双方面都偏轻偏重了，听取意见的方式太偏颇了。
“先帝当初惩治不法宦官的专权，任用群臣百官都力行宽大。大臣们习惯于此，就争论意见的异同，忽略了防患措施的准备，敌人打到京郊来，他们都束手无策了。先帝这下极为恼火，坏人就乘机引导他采用严厉的政策。于是廷杖用得越来越多，对地方上增派练饷，使得在朝官员救过不暇，下边的百姓无复聊生，朝廷说起来是振作了，但是敌人还是一样的强大，盗贼的祸害更加扩大了。在十多年时间里，小人主张的严厉政策无非如此。先帝自己后来也后悔了，又采用宽大政策，一反其规，天下人都认为可以实现太平了。大臣们又开始竞行贿赂，肆意欺骗先帝，政治风气每况愈下，又一次引发了先帝的怒火。先帝正忙着开杀戒，国家紧跟着就覆灭了。大概说来大臣们的忤逆，经常是利用了先帝宽大的政策；而先帝的严厉政策，也经常滋生了大臣们的轻慢。我所说的政策的宽大和严厉双方面的偏轻偏重就是这个样子。
“国家命运的艰难现在已到了极点。可是议论的人只求道理上讲得通，就是不看看形势的轻重；只喜欢发表自己的见解，根本不考虑事情的发展。朝堂上天天你争我吵不说，统兵在外的将领一举一动还要接受他们的遥控，一个人干事，却有许多张嘴巴在那里议论。就如孙传庭出守关中一事吧，明眼人都说不应让他轻易出击，可是已经有人议论他逗留、观望了。贼寇渡过黄河后，我告诉史可法、姜曰广赶快撤下山海关、宁远卫吴三桂的部队，随内阁大臣迎击贼寇。先帝召大臣问话时，群臣也曾讲到这一点，可是已经有人议论说这是放弃领土。等到贼寇的势力汹涌澎湃的时候，朝臣有的劝先帝到南方来，有的劝说让太子在南京开始监国，这些本来都是很好的权宜之计，可是已经有人议论说这是胡说八道。由事后来看，谁不恨这些议论的人亏害了国家。但是假使事情侥幸不失败的话，大家一定都佩服这些议论的人遵行常规。大概说来天底下的事没有完全有害的，也没有全是益处的，当事人除非质朴、诚实而且通晓万事万物，否则哪个敢违众独行呢？在一边提意见的人总是争意气长短，笔锋巧拙，一定要强迫别人听从自己才成。这哪成呢？我所说的听取意见的方式太偏颇就是这个样子。
“我请求陛下研究以前朝政的失误，作为今后政治事务的借鉴，要以宽大做主体，以严厉求功效。崇尚简易、真诚待人叫作宽大，滥赏无功、听凭放纵不叫作宽大；辨别邪正、综核名实叫作严厉，百般挑剔、吹毛求疵不叫作严厉。政策的宽大和严厉二者相辅相成，听取意见的方式才会适当。请任用办事官员时，仍旧经严格考核后才用，但宽着期限责取成功，不要让离间计再跟着坏人的信用而得逞，使我朝的军事人才久借燃灰，委任时经过严格考核，然后就可以用宽大的政策大胆地使用他了。”
福王下诏赞扬并听取了他的意见。
第二年，南京灭亡了，元吉跑到福建去归附唐王。六月，大清部队已经占领了南昌、袁州、临江、吉安。过了一个月，又占领了建昌。只有赣州孤零零地剩下在长江上流，城中兵力也很单薄。益王府里永宁王朱慈炎招降峒贼张安(他的部队号称龙武新军)后，这时收复了抚州。南赣巡抚李永茂于是命令副将徐必达扼守泰和，抗击大清部队。没几天战败，退到万安，必达见到了永茂。永茂接着逃到了赣州。
八月，叛将白之裔进入万安，江西巡抚旷
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